PDB-3olz: Crystal structure of the GluK3 (GluR7) ATD dimer at 2.75 Angstrom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3olz

タイトル

Crystal structure of the GluK3 (GluR7) ATD dimer at 2.75 Angstrom resolution

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

Presynaptic function of Kainate receptors / cochlear hair cell ribbon synapse / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / glutamate receptor activity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate receptor signaling pathway / kainate selective glutamate receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Kumar, J. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of the Glutamate Receptor Ion Channel GluK3 and GluK5 Amino-Terminal Domains.
著者: Kumar, J. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2010年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2021年3月31日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3olz.cif.gz	443.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3olz.ent.gz	374.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3olz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3olz_validation.pdf.gz	467 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3olz_full_validation.pdf.gz	481 KB	表示
XML形式データ	3olz_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	3olz_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/3olz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/3olz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3om0C 3om1C 3h6gS 3h6h S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qlv-3 3qlv-1 3qlv-2 3o8l-d 5ugs-d 1ebu-d 6u5s-d 6u6i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (10) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

ヘテロ分子

91.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

ヘテロ分子

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
184 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.211, 171.211, 68.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質

Glutamate receptor, ionotropic kainate 3 / Glutamate receptor 7 / GluR-7 / GluR7

分子量: 45352.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Glur7, Grik3 / プラスミド: pRK-IRES-EGFP / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI(-) / 発現宿主:

Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D3ZDH2, UniProt: P42264*PLUS

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

配列の詳細

THE SEQUENCE CORRESPONDS TO GLUTAMATE RECEPTOR SUBUNIT KAINATE SUBTYPE [RATTUS NORVEGICUS], GENE ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M MES, 10% Isopropanol, 5% PEG 4K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月24日
放射	モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→45 Å / Num. all: 29967 / Num. obs: 29967 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 54.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 2894 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H6G

3h6g

解像度: 2.75→43.307 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2525	1493	5.09 %	Random
R_work	0.1949	-	-	-
all	0.1978	29345	-	-
obs	0.1978	29345	98.02 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.177 Å² / k_sol: 0.406 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9174 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.9174 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.8348 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→43.307 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5975	0	72	14	6061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6188
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.956	8381
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.841	2282
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	934
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1068

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.8484	0.3465	144	0.2465	2746	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8484-2.9624	0.284	140	0.2351	2773	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9624-3.0972	0.3243	141	0.2217	2754	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0972-3.2604	0.3112	161	0.2256	2756	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2604-3.4646	0.3029	134	0.2055	2794	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4646-3.732	0.256	179	0.1961	2765	X-RAY DIFFRACTION	99
3.732-4.1073	0.2213	147	0.164	2806	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1073-4.701	0.1992	149	0.1558	2784	X-RAY DIFFRACTION	98
4.701-5.9203	0.2254	157	0.1857	2820	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9203-43.3127	0.2511	141	0.2121	2854	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3822	0.1643	0.1135	2.8734	1.8406	1.1225	-0.2621	0.0009	0.0463	0.2182	0.2079	-0.2361	0.1214	-0.2167	-0.0275	0.2268	-0.011	-0.0196	0.3311	0.0886	0.1952	33.938	83.2981	2.2517
2	0.498	0.9655	-0.0277	2.9752	0.5528	0.2906	-0.1005	-0.2593	0.1496	0.3024	0.0936	0.7857	-0.0263	0.0088	0.0013	0.1759	0.0779	0.0416	0.3666	0.0483	0.3022	18.3346	75.6439	4.4263
3	2.2127	-1.6331	0.1364	1.333	-0.6882	1.5991	-0.1886	0.2249	0.1022	0.0239	0.1562	-0.015	0.0385	-0.0697	0.0051	0.0464	0.0297	0.0489	0.1852	-0.0339	0.2271	26.8622	49.9302	8.7642
4	-0.0363	-0.311	0.1358	2.9845	-0.1462	0.9513	-0.0663	-0.0903	-0.0008	-0.3957	-0.0889	0.0875	0.0725	-0.0666	0.1095	0.1198	0.0515	0.0122	0.3246	0.0317	0.1314	26.3165	72.8689	-6.6007
5	2.5925	-0.5922	-0.8345	2.2224	-1.1095	1.2933	-0.1068	0.2382	0.4295	-0.0053	0.0447	0.1519	-0.1606	-0.4763	0.0338	0.2381	0.094	0.0196	0.3217	-0.0896	0.2625	10.7747	89.5753	30.5896
6	0.9475	0.8861	-0.2784	2.0668	-0.2028	-0.0229	0.4158	0.022	0.0195	-0.2339	-0.3626	-0.2164	-0.0346	0.0339	0.0138	0.2415	0.1402	-0.0339	0.3677	0.0064	0.2779	18.7979	71.854	27.1007
7	0.8968	0.3694	-0.1427	0.2954	0.6346	2.2989	-0.19	-0.1067	-0.0239	-0.0751	0.0328	-0.4139	0.0881	-0.0176	0.1222	0.1344	0.0178	0.0772	0.3891	0.1412	0.4679	0.1422	56.7014	21.0458
8	1.0234	0.883	-0.5943	1.1259	0.1707	0.9032	0.2066	-0.2289	-0.0123	0.3253	-0.1848	0.0972	-0.0216	-0.0604	0.011	0.0832	0.0759	-0.0345	0.3665	0.0294	0.0965	12.6156	74.7612	38.6426

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:90) or (chain E and resid 1)	A	3 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:90) or (chain E and resid 1)	E	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 91:130)	A	91 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 131:252) or (chain E and resid 2)	A	131 - 252
5	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 131:252) or (chain E and resid 2)	E	2
6	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 253:385) or (chain E and resid 3)	A	253 - 385
7	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 253:385) or (chain E and resid 3)	E	3
8	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 3:81)	B	3 - 81
9	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 82:139)	B	82 - 139
10	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 140:249) or (chain F and resid 1)	B	140 - 249
11	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 140:249) or (chain F and resid 1)	F	1
12	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 250:385) or (chain F and resid 2)	B	250 - 385
13	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 250:385) or (chain F and resid 2)	F	2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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