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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oku | ||||||
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タイトル | Human Carbonic Anhydrase II in complex with 2-Ethylestrone-3-O-sulfamate | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
キーワード | LYASE / mixed alpha/beta fold / Reversible hydration of Carbon dioxide to bicarbonate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Sippel, K.H. / Stander, B.A. / Robbins, A.H. / Tu, C.K. / Agbandje-McKenna, M. / Silverman, D.N. / Joubert, A.M. / McKenna, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: LETT.DRUG DES.DISCOVERY / 年: 2011 タイトル: Characterization of Carbonic Anhydrase Isozyme Specific Inhibition by Sulfamated 2-Ethylestra Compounds 著者: Sippel, K.H. / Stander, B.A. / Robbins, A.H. / Tu, C.K. / Agbandje-McKenna, M. / Silverman, D.N. / Joubert, A.M. / McKenna, R. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Structures of human carbonic anhydrase II/inhibitor complexes reveal a second binding site for steroidal and nonsteroidal inhibitors. 著者: Cozier, G.E. / Leese, M.P. / Lloyd, M.D. / Baker, M.D. / Thiyagarajan, N. / Acharya, K.R. / Potter, B.V. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Design of a carbonic anhydrase IX active-site mimic to screen inhibitors for possible anticancer properties. 著者: Genis, C. / Sippel, K.H. / Case, N. / Cao, W. / Avvaru, B.S. / Tartaglia, L.J. / Govindasamy, L. / Tu, C. / Agbandje-McKenna, M. / Silverman, D.N. / Rosser, C.J. / McKenna, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3oku.cif.gz | 133.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3oku.ent.gz | 102.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3oku.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/3oku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/3oku | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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-非ポリマー , 5種, 345分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-VZ4 / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.23 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 8 詳細: 1.4 M Sodium citrate, 100mM Tris, 7.5 mM 2-Ethylestrone 3-O-sulfamate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月9日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 40524 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 16.24 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 28.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 80.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ILI 解像度: 1.45→23.13 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: TLS / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.89 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: INDIVIDUAL COORDINATE AND ADP REFINEMENT, RIGID BODY, TLS, RIDING HYDROGEN, OCCUPANCY
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.05 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.448 Å2 / ksol: 0.506 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→23.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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