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- PDB-3ojy: Crystal Structure of Human Complement Component C8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ojy
タイトルCrystal Structure of Human Complement Component C8
要素
  • Complement component C8 alpha chain
  • Complement component C8 beta chain
  • Complement component C8 gamma chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MACPf / lipocalin / COMPLEMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / complement activation / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / extracellular vesicle ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / complement activation / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / extracellular vesicle / blood microparticle / killing of cells of another organism / immune response / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. ...Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Lipocalin family conserved site / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Complement component C8 alpha chain / Complement component C8 beta chain / Complement component C8 gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Lovelace, L.L. / Cooper, C.L. / Sodetz, J.M. / Lebioda, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of human C8 protein provides mechanistic insight into membrane pore formation by complement.
著者: Lovelace, L.L. / Cooper, C.L. / Sodetz, J.M. / Lebioda, L.
履歴
登録2010年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月26日Group: Database references
改定 1.32014年4月16日Group: Other
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement component C8 alpha chain
B: Complement component C8 beta chain
C: Complement component C8 gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,91713
ポリマ－143,3963
非ポリマー1,52110
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10110 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area56210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.575, 139.575, 127.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Complement component C8 alpha chain / Complement component 8 subunit alpha


分子量: 61782.992 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 31-584 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: plasma Cohn fraction III / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P07357
#2: タンパク質 Complement component C8 beta chain / Complement component 8 subunit beta


分子量: 61202.828 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 55-591 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: plasma Cohn fraction III / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P07358
#3: タンパク質 Complement component C8 gamma chain


分子量: 20410.105 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 21-202 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: plasma Cohn fraction III / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P07360
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 14-16% PEG 4K, 100mM TAPS pH 9.0, 400mM NaCl, 10mM SrCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 44803 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.929 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.541.80.41715471.042163.7
2.54-2.591.90.41816321.134168.8
2.59-2.641.90.41817781.569174.8
2.64-2.6920.42419981.303183.7
2.69-2.752.10.42421591.23190
2.75-2.822.40.42422841.41196
2.82-2.892.70.42323671.405198.5
2.89-2.963.10.44523671.758199.2
2.96-3.053.50.38723571.504199.3
3.05-3.153.70.32823871.465199.3
3.15-3.263.80.26623691.517199
3.26-3.393.90.2123871.629199.5
3.39-3.553.90.15423921.869199.2
3.55-3.733.80.12123522.093199.3
3.73-3.973.80.10223992.294199.5
3.97-4.273.80.0823912.428199.5
4.27-4.73.80.06523902.702199.4
4.7-5.383.70.05724092.533199.5
5.38-6.783.70.05124082.275199.5
6.78-503.70.03424302.366198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUISerguiデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RD7

2rd7


解像度: 2.51→45.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / WRfactor Rfree: 0.3204 / WRfactor Rwork: 0.2353 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.7231 / SU B: 14.368 / SU ML: 0.324 / SU R Cruickshank DPI: 0.839 / SU Rfree: 0.4114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3374 2267 5.1 %RANDOM
Rwork0.2488 ---
obs0.2532 44756 93.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.61 Å2 / Biso mean: 52.0136 Å2 / Biso min: 17.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20.35 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→45.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9144 0 90 0 9234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0219461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7741.97412799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2651134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.72723.697468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.69151583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6981576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.21354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.821.55676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56529099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.01633785
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3364.53700
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.575 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 103 -
Rwork0.309 2137 -
all-2240 -
obs--63.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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