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- PDB-2rd7: Human Complement Membrane Attack Proteins Share a Common Fold wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rd7
タイトルHuman Complement Membrane Attack Proteins Share a Common Fold with Bacterial Cytolysins
要素
  • Complement component C8 alpha chain
  • Complement component C8 gamma chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Membrane attack system / Cleavage on pair of basic residues / Complement alternate pathway / Complement pathway / Cytolysis / EGF-like domain / Glycoprotein / Immune response / Innate immunity / Membrane attack complex / Polymorphism / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / complement activation / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / complement activation / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle / immune response / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. ...Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Lipocalin family conserved site / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement component C8 alpha chain / Complement component C8 gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Slade, D.J. / Lovelace, L.L. / Chruszcz, M. / Minor, W. / Lebioda, L. / Sodetz, J.M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of human C8 protein provides mechanistic insight into membrane pore formation by complement.
著者: Lovelace, L.L. / Cooper, C.L. / Sodetz, J.M. / Lebioda, L.
履歴
登録2007年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement component C8 alpha chain
C: Complement component C8 gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2823
ポリマ－62,2462
非ポリマー351
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.553, 126.087, 51.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Complement component C8 alpha chain / Complement component 8 subunit alpha


分子量: 41633.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C8A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07357
#2: タンパク質 Complement component C8 gamma chain / Complement component 8 subunit gamma


分子量: 20612.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C8G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07360
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 6% PEG 20,000, 0.1 M citric acid, 0.025 M Mg(NO3)2, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9565 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 32462 / Num. obs: 32462 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.24 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2876 / Rsym value: 0.315 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
RESOLVE位相決定
Oモデル構築
CCP4位相決定
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Lower resolution model solved by SAD

解像度: 2.15→34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 14.003 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Hydrogens have been added in the riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26086 1616 5 %RANDOM
Rwork0.20563 ---
all0.20827 30735 --
obs0.20827 30735 91.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.718 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2---1.59 Å20 Å2
3---1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3844 0 1 166 4011
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.9475328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88638014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3955493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38223.716183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55715630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4091522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02857
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.23487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21924
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.22329
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0810.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0221.52485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2271.51022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70523898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32331643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6134.51430
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 108 -
Rwork0.3 1850 -
obs--77.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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