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- PDB-3oje: Crystal Structure of the Bacillus cereus Enoyl-Acyl Carrier Prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oje
タイトルCrystal Structure of the Bacillus cereus Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (Apo form)
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (FabL) (NADPH)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Enoyl-ACP reductase / Apo form / Rossmann fold / NAD binding
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / NADP+ binding / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / small molecule binding / catalytic complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Kim, S.J. / Ha, B.H. / Kim, K.H. / Hong, S.K. / Suh, S.W. / Kim, E.E.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: Dimeric and tetrameric forms of enoyl-acyl carrier protein reductase from Bacillus cereus
著者: Kim, S.J. / Ha, B.H. / Kim, K.H. / Hong, S.K. / Shin, K.J. / Suh, S.W. / Kim, E.E.
履歴
登録2010年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (FabL) (NADPH)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7721
ポリマ－27,7721
非ポリマー00
水1629
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (FabL) (NADPH)

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (FabL) (NADPH)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5452
ポリマ－55,5452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554x,-y,-z-11
Buried area2800 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.148, 95.528, 67.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (FabL) (NADPH) / Enoyl-ACP Reductase


分子量: 27772.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579/DSM31 / 遺伝子: BC_1216 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q81GI3, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M sodium citrate, 8% PEG 10000, 0.4M magnesium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.12174 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月21日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12174 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 5485 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 30.7 / Num. measured all: 74044
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 77.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→24.74 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2705 522 9.3 %RANDOM
Rwork0.2687 ---
all-5046 --
obs-4524 80.7 %-
溶媒の処理Bsol: 36.6309 Å2
原子変位パラメータBiso max: 131.43 Å2 / Biso mean: 76.3706 Å2 / Biso min: 38.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.124 Å20 Å20 Å2
2--40.389 Å20 Å2
3----31.265 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→24.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1697 0 0 9 1706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.553
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.2992
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.2772.5
LS精密化 シェル解像度: 3.018→3.096 Å / Rfactor Rfree: 0.421 / Rfactor Rwork: 0.412
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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