PDB-3ogq: Crystal Structure of 6s-98S FIV Protease with Lopinavir bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ogq

タイトル

Crystal Structure of 6s-98S FIV Protease with Lopinavir bound

要素

FIV protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / aspartyl protease / HIV-like FIV chimera / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lin, Y.-C. / Perryman, A.L. / Elder, J.H. / Stout, C.D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structural basis for drug and substrate specificity exhibited by FIV encoding a chimeric FIV/HIV protease.
著者: Lin, Y.C. / Perryman, A.L. / Olson, A.J. / Torbett, B.E. / Elder, J.H. / Stout, C.D.

履歴

登録	2010年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ogq.cif.gz	107.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ogq.ent.gz	84.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ogq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ogq_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ogq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3ogq_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	3ogq_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ogpC 1b11 2hah C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ogp-d 2h2d-d 5m2q-1 2j71-1 3k2d-2 1b11-1 3wsj-d 2fiv-d 4gn5-2 5uh0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: FIV protease

B: FIV protease

ヘテロ分子

27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.790, 81.790, 33.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	FIV protease / Protease / Retropepsin 分子量: 13228.286 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 39-154 / 変異: I37V, N55M, V59I, I98S, Q99V, P100N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol, PR / プラスミド: PET-21A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)PLYSS 参照: UniProt: P16088, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-AB1 / N-{1-BENZYL-4-[2-(2,6-DIMETHYL-PHENOXY)-ACETYLAMINO]-3-HYDROXY-5-PHENYL-PENTYL}-3-METHYL-2-(2-OXO-TETRAHYDRO-PYRIMIDIN-1-YL)-BUTYRAMIDE / ABT-378 / LOPINAVIR / ロピナビル分子量: 628.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₈N₄O₅ コメント: 抗レトロウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å

検出器

タイプ: MARmosaic325 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月22日 / 詳細: Rh coated flat mirror

放射

モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97945 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.515
1	1	h,-h-k,-l	2	0.485

反射

解像度: 1.8→70.84 Å / Num. all: 21978 / Num. obs: 21978 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 24.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2912 / R_sym value: 0.401 / % possible all: 84.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→70.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / WR_factor R_free: 0.2686 / WR_factor R_work: 0.2137 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8133 / SU B: 8.897 / SU ML: 0.118 / SU R Cruickshank DPI: 0.0356 / SU R_free: 0.0346 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2794	1186	5.4 %	RANDOM
R_work	0.2246	-	-	-
obs	0.2276	20791	93.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.15 Å² / B_iso mean: 28.567 Å² / B_iso min: 2.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→70.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1778	0	54	145	1977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.408	1.977	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.122	7.5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.912	24.318	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.676	15	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.553	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.647	1.5	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.042	2	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.684	3	800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.349	4.5	766

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.439	80	-
R_work	0.388	1374	-
all	-	1454	-
obs	-	-	84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0001	0	0	0	0	0	0.1111	0.0477	-0.2287	-0.2078	-0.0647	0.3151	0.2878	-0.4211	-0.0463	0.1852	0	0	0.1852	0	0.1852	-19.2999	18.188	3.3335
2	0.063	0.1448	0.2568	0.3331	0.5907	1.0476	-0.0174	-0.0708	0.0212	0.1473	-0.0793	0.1755	0.0801	-0.2209	0.0968	0.1317	0.0001	0.0003	0.1292	0.0022	0.1318	-10.5916	13.4076	2.6871
3	0.8176	0.5103	0.0129	1.8676	0.2369	1.067	0.0053	0.0427	-0.1346	0.0222	0.0015	-0.0365	0.148	-0.0128	-0.0068	0.0806	0.0059	-0.0037	0.106	0.0048	0.0948	-6.7544	12.9659	-6.7641
4	1.3491	0.19	0.3005	1.7575	1.0394	2.531	0.0324	0.0798	-0.0874	-0.0718	-0.01	0.0308	0.1696	-0.0188	-0.0225	0.0976	0.0014	0.0062	0.1073	0.0032	0.1195	0.0478	8.3039	-14.1019
5	0.105	0.2394	0.5974	0.5456	1.3616	3.3982	0.0021	-0.115	0.1122	0.0937	0.1249	-0.2057	-0.1413	0.3174	-0.1269	0.2051	-0.0003	0.0011	0.2036	0.0028	0.2092	5.2505	22.8245	-11.7958
6	0.3888	0.7033	0.9553	1.2725	1.7283	2.3475	-0.0162	-0.173	0.2	0.1161	0.053	-0.1862	-0.2563	0.2601	-0.0367	0.2095	0.0036	-0.0007	0.2091	0.0024	0.2128	8.432	20.6688	-8.8145
7	1.681	-0.6496	-0.3297	0.8416	0.3068	1.9425	-0.0206	-0.01	-0.0501	0.0977	0.0293	0.1736	0.1149	-0.2068	-0.0088	0.1305	0.0079	-0.0121	0.1147	-0.0049	0.1213	-8.6837	10.9272	-15.0183
8	1.7102	1.2427	-1.9313	0.9029	-1.4033	2.181	-0.0587	-0.0881	-0.2143	0.153	0.0912	0.3293	0.3383	-0.4453	-0.0324	0.2278	0.0058	-0.0026	0.2248	-0.0013	0.2318	-20.7443	8.3415	-7.9702
9	0.5995	-0.2703	-0.7145	1.2583	0.2875	1.0562	0.0253	0.0228	-0.0671	-0.0194	-0.015	-0.0983	0.1223	0.1366	-0.0104	0.0984	-0.01	0.0042	0.0881	0.0016	0.0984	-1.6402	15.5618	-8.7902
10	1.324	-0.4101	-1.2491	0.1419	0.5206	2.382	-0.0084	-0.094	0.0775	0.1304	-0.0585	0.2024	-0.0937	-0.2305	0.0669	0.1374	-0.0001	-0.0036	0.1323	0.0052	0.1396	-16.8916	22.5152	-6.2133
11	0.1301	-0.0941	-0.1123	0.4401	-0.1324	0.2196	0.0166	-0.1329	0.1005	0.2469	-0.0048	0.3718	-0.0311	-0.3706	-0.0117	0.1592	-0.0009	-0.002	0.16	-0.0016	0.1573	-14.9535	30.2355	-5.6572
12	0.3906	-0.1756	0.2822	0.8719	0.0396	0.7846	0.0044	0.0244	0.1271	-0.128	-0.0208	0.0533	-0.1711	-0.0473	0.0165	0.1002	-0.0039	0.0068	0.1162	0.0023	0.112	-7.4323	34.6985	5.5172
13	1.3185	0.1953	1.4729	3.2364	1.8005	2.426	-0.0063	0.1544	0.2726	-0.1778	-0.0082	0.0048	-0.2333	0.1219	0.0146	0.0722	0.0052	0.0027	0.0834	0.0006	0.081	2.719	37.1143	8.2658
14	0.6061	0.7613	-0.0549	1.0197	-0.4719	2.5712	0.0021	-0.0712	-0.1154	0.0952	-0.0053	-0.1175	0.1074	0.1381	0.0031	0.1434	-0.0089	-0.0027	0.1639	-0.003	0.16	0.3216	36.3244	17.8698
15	0.2527	0.3613	0.2443	0.6511	0.2181	0.3638	-0.004	0.0302	-0.1573	0.0017	-0.0184	0.108	0.2349	-0.1793	0.0225	0.2639	0.0021	0.0001	0.2662	0.0005	0.2671	7.11	22.3258	5.506
16	2.5169	-0.1128	0.6916	2.0954	-0.4307	2.3856	0.1124	0.177	-0.0188	-0.1928	-0.0628	0.1393	-0.0132	-0.0947	-0.0497	0.173	-0.0242	0.0156	0.1339	-0.0098	0.1373	-6.2038	35.305	13.808
17	0.6758	-0.3192	0.8778	0.1508	-0.4146	1.1403	-0.0573	0.079	0.1821	-0.2003	0.0694	0.3303	-0.3051	-0.4289	-0.0122	0.2188	-0.0029	0.0021	0.2174	0.0002	0.2214	-17.9651	37.0547	10.8876
18	0.1887	-0.0602	0.0243	0.3554	-0.0832	0.8111	-0.0099	0.0538	0.0308	-0.0488	-0.001	-0.2119	-0.1414	0.21	0.0108	0.0955	0.0047	0	0.0899	-0.0017	0.0954	-0.2549	31.5241	7.2832
19	1.7597	-0.4945	-1.4496	2.9679	-0.538	1.5101	-0.0063	-0.0844	-0.0157	0.1038	0.0017	0.2714	0.0225	-0.2792	0.0046	0.1121	-0.0005	-0.0021	0.1131	-0.0008	0.1098	-15.3151	27.4533	10.5586
20	2.1657	1.287	1.2072	1.5906	0.2169	0.9762	0.0046	0.0484	-0.0699	-0.0061	-0.0366	0.1195	0.106	-0.1044	0.0319	0.179	0.0024	0.0006	0.178	0.0066	0.1796	-18.7095	22.1811	1.2346

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 18
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	19 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	37 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	51 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	60 - 66
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	67 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	77 - 85
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	86 - 106
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	107 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	5 - 13
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	14 - 36
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	37 - 41
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	42 - 54
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	55 - 63
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	64 - 77
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	78 - 88
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	89 - 106
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	107 - 111
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	112 - 116

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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