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- PDB-3ogo: Structure of the GFP:GFP-nanobody complex at 2.8 A resolution in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ogo
タイトルStructure of the GFP:GFP-nanobody complex at 2.8 A resolution in spacegroup P21212
要素
  • GFP-nanobody
  • Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GFP / GFP-nanobody / beta-barrel / antibody / LUMINESCENT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / FLUORESCENT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
CAMELUS DROMEDARIUS (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kubala, M.H. / Kovtun, O. / Alexandrov, K. / Collins, B.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / : 2010
タイトル: Structural and thermodynamic analysis of the GFP:GFP-nanobody complex.
著者: Kubala, M.H. / Kovtun, O. / Alexandrov, K. / Collins, B.M.
履歴
登録2010年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年8月25日ID: 3MIQ
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage ...database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
E: GFP-nanobody
F: GFP-nanobody
G: GFP-nanobody
H: GFP-nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,80011
ポリマ-167,6208
非ポリマー1803
5,621312
1
A: Green fluorescent protein
E: GFP-nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9653
ポリマ-41,9052
非ポリマー601
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein
G: GFP-nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9052
ポリマ-41,9052
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Green fluorescent protein
H: GFP-nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9052
ポリマ-41,9052
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Green fluorescent protein
F: GFP-nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0254
ポリマ-41,9052
非ポリマー1202
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.100, 147.600, 101.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
33
43

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain C and (resseq 3:64 or resseq 68:230 )
211chain D and (resseq 3:64 or resseq 68:230 )
112chain A and (resseq 3:64 or resseq 68:228 )
212chain B and (resseq 3:64 or resseq 68:228 )
113chain E and (resseq 3:116 )
213chain F and (resseq 3:116 )
313chain G and (resseq 3:116 )
413chain H and (resseq 3:116 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Green fluorescent protein


分子量: 28087.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 抗体
GFP-nanobody


分子量: 13817.321 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAMELUS DROMEDARIUS (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 4000, 20% isopropanol, 0.1M trisodium citrate dihydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→42.43 Å / Num. all: 52511 / Num. obs: 48206 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 42.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 73

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→42.432 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 2300 5.03 %5% random
Rwork0.2018 ---
obs0.2043 45703 86.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 13.186 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9691 Å20 Å2-0 Å2
2--1.2735 Å20 Å2
3----5.2426 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.432 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10879 0 12 312 11203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17515057
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9624122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051965
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11C1779X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D1779X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
21A1773X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B1773X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
31E884X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32F884X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
33G884X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
34H884X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8004-2.90050.33681590.26833095X-RAY DIFFRACTION63
2.9005-3.01660.34071950.26943333X-RAY DIFFRACTION68
3.0166-3.15380.32722180.27373713X-RAY DIFFRACTION76
3.1538-3.320.32222360.25344173X-RAY DIFFRACTION85
3.32-3.5280.29462630.22964659X-RAY DIFFRACTION94
3.528-3.80020.27142420.21034800X-RAY DIFFRACTION97
3.8002-4.18230.23842320.18084759X-RAY DIFFRACTION95
4.1823-4.78680.17612480.14234874X-RAY DIFFRACTION97
4.7868-6.02810.18732450.13834940X-RAY DIFFRACTION97
6.0281-42.43710.19612620.18165057X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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