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- PDB-3ogi: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis H37Rv EsxOP c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ogi
タイトルCrystal structure of the Mycobacterium tuberculosis H37Rv EsxOP complex (Rv2346c-Rv2347c)
要素
  • Putative ESAT-6-like protein 6
  • Putative ESAT-6-like protein 7
キーワードStructural Genomics / Unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / WXG100 / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ESAT-6-like protein, Mycobacterium / ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ESAT-6-like protein EsxO / ESAT-6-like protein EsxP / ESAT-6-like protein EsxP / ESAT-6-like protein EsxO
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.549 Å
データ登録者Arbing, M.A. / Chan, S. / Zhou, T.T. / Ahn, C. / Harris, L. / Kuo, E. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Heterologous expression of mycobacterial Esx complexes in Escherichia coli for structural studies is facilitated by the use of maltose binding protein fusions.
著者: Arbing, M.A. / Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Zhou, T.T. / Ahn, C.J. / Nguyen, L. / He, Q. / Lu, J. / Menchavez, P.T. / Shin, A. / Holton, T. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
履歴
登録2010年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ESAT-6-like protein 6
B: Putative ESAT-6-like protein 7
C: Putative ESAT-6-like protein 6
D: Putative ESAT-6-like protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0584
ポリマ－45,0584
非ポリマー00
水63135
1
A: Putative ESAT-6-like protein 6
B: Putative ESAT-6-like protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5292
ポリマ－22,5292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
2
C: Putative ESAT-6-like protein 6
D: Putative ESAT-6-like protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5292
ポリマ－22,5292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.383, 66.383, 162.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Putative ESAT-6-like protein 6 / EsxP


分子量: 11031.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT2411, MTCY98.15c, Rv2346c / プラスミド: pMAPLe3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P95242, UniProt: P9WNI7*PLUS
#2: タンパク質 Putative ESAT-6-like protein 7 / EsxO


分子量: 11497.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT2412, MTCY98.16c, Rv2347c / プラスミド: pMAPLe3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P95243, UniProt: P9WNI5*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Reservoir: 9.0% isopropanol, 200 mM CaCl2, 90 mM sodium acetate trihydrate pH 4.6. Protein buffer: 50 mM HEPES pH 7.8, 150 mM NaCl. Ratio = 2:1 protein solution to reservoir solution, VAPOR ...詳細: Reservoir: 9.0% isopropanol, 200 mM CaCl2, 90 mM sodium acetate trihydrate pH 4.6. Protein buffer: 50 mM HEPES pH 7.8, 150 mM NaCl. Ratio = 2:1 protein solution to reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918, 0.97938
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月26日
放射モノクロメーター: CRYO-COOLED SI(111) DOUBLE CRYSTAL
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979181
20.979381
反射解像度: 2.55→100 Å / Num. obs: 25291 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 55.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.549→28.307 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 666 4.86 %Random
Rwork0.216 ---
obs0.2181 13697 96.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.073 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.64 Å2-0 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.549→28.307 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2082 0 0 35 2117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0672857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.987783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5494-2.74610.31491380.27682492X-RAY DIFFRACTION95
2.7461-3.02220.31661260.23682607X-RAY DIFFRACTION98
3.0222-3.45880.24111280.2112649X-RAY DIFFRACTION99
3.4588-4.35520.25161310.19312653X-RAY DIFFRACTION98
4.3552-28.30830.25081430.21992630X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7040.0999-0.41650.6128-0.1880.3407-0.1619-0.1955-0.0924-0.03720.13950.1003-0.0019-0.0709-0.04550.30480.18530.00510.48550.02980.2665-14.43483.610570.3348
21.7202-0.5503-0.73622.8645-0.51880.5322-0.2213-0.13040.0271-0.38760.38440.1068-0.0132-0.2153-0.12050.41170.2-0.08490.4044-0.0160.2662-11.716914.530463.0197
30.4950.4362-0.02480.82760.19991.3459-0.1493-0.1520.0919-0.15550.19840.0546-0.08890.3394-0.05580.39730.13270.01720.4599-0.08630.32777.59731.829774.6162
43.22-1.3213-0.42393.8855-0.50241.247-0.1403-0.0468-0.2199-0.68010.2106-0.07680.11990.1993-0.0210.37350.16060.01640.3073-0.02560.19517.0602-8.429964.8124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 13:69)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 5:97)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 13:68)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 7:97)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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