PDB-3ogc: KcsA E71A variant in presence of Na+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ogc

タイトル

KcsA E71A variant in presence of Na+

要素

Voltage-gated potassium channel
antibody Fab fragment heavy chain
antibody Fab fragment light chain

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Voltage-gated channel / antibody fab complex

機能・相同性

機能・相同性情報

action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Streptomyces lividans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

McCoy, J.G. / Nimigean, C.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Mechanism for selectivity-inactivation coupling in KcsA potassium channels.
著者: Cheng, W.W. / McCoy, J.G. / Thompson, A.N. / Nichols, C.G. / Nimigean, C.M.

履歴

登録	2010年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3ogc.ent.gz	179.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ogc_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ogc_full_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示
XML形式データ	3ogc_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	3ogc_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2atkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3or6-1 3stl-1 2ih1-1 2itd-1 5ebw-1 1k4c-1 2hvj-1 2w0f-1 1k4d-1 2hvk-1 1r3j-1 6w0g-1 3or7-1 1r3l-1 2itc-1 1r3i-1 2p7t-3 5j9p-1 2boc-1 1s5h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: antibody Fab fragment heavy chain

B: antibody Fab fragment light chain

C: Voltage-gated potassium channel

ヘテロ分子

61 kDa, 3 ポリマー
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1

A: antibody Fab fragment heavy chain

B: antibody Fab fragment light chain

C: Voltage-gated potassium channel

ヘテロ分子

A: antibody Fab fragment heavy chain

B: antibody Fab fragment light chain

C: Voltage-gated potassium channel

ヘテロ分子

A: antibody Fab fragment heavy chain

B: antibody Fab fragment light chain

C: Voltage-gated potassium channel

ヘテロ分子

A: antibody Fab fragment heavy chain

B: antibody Fab fragment light chain

C: Voltage-gated potassium channel

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
244 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	154.735, 154.735, 75.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1000- NA
2	1	C-1001- NA

#1: 抗体	antibody Fab fragment heavy chain 分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	antibody Fab fragment light chain 分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質	Voltage-gated potassium channel 分子量: 14105.556 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 2-124 / Mutation: E71A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア) 遺伝子: kcsA, skc1 / プラスミド: pASK90 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P0A334
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 400, MgAcetate, MES, pH 6.5, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月24日

放射

モノクロメーター: Double silicon(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.8→38.7 Å / Num. obs: 8872 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
3.8-3.89	3.6	0.445	100
3.89-3.99	3.6	0.433	100
3.99-4.09	3.6	0.341	99.8
4.09-4.21	3.6	0.263	99.8
4.21-4.35	3.6	0.196	100
4.35-4.5	3.7	0.154	100
4.5-4.69	3.7	0.144	100
4.69-4.9	3.7	0.133	99.8
4.9-5.16	3.7	0.129	100
5.16-5.48	3.7	0.134	99.8
5.48-5.9	3.7	0.13	100
5.9-6.49	3.6	0.113	100
6.49-7.43	3.6	0.078	100
7.43-9.35	3.6	0.037	99.7
9.35-50	3.6	0.024	98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.93 Å	42.57 Å
Translation	3.93 Å	42.57 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ATK

2atk

解像度: 3.8→38.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.865 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.853 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 92.814 / SU ML: 0.591 / SU R Cruickshank DPI: 0.6761 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.761 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28289	423	4.8 %	RANDOM
R_work	0.24711	-	-	-
obs	0.24872	8449	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.148 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→38.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4072	0	2	0	4074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	4179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.791	1.942	5704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.829	5	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.032	23.438	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.64	15	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.566	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.031	1.5	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.064	2	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.113	3	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.211	4.5	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.801→3.9 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	28	-
R_work	0.269	580	-
obs	-	-	93.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.689	-1.1789	3.6728	5.575	-1.5081	12.5121	0.4653	-1.1039	-0.9239	0.0247	0.1488	1.0234	1.3833	-1.6465	-0.6141	0.3539	-0.221	-0.026	0.4107	-0.0253	0.7825	-37.4005	-15.6612	-26.3164
2	5.6683	-1.1926	-0.274	12.6405	6.5673	8.1902	0.2344	0.0914	0.6489	-0.4043	-0.1565	-0.1131	-0.0098	-0.2804	-0.0779	0.0402	-0.0322	-0.0492	0.4496	0.1048	0.5089	-29.3265	-7.872	-28.7296
3	4.0248	-3.1862	2.4331	5.9147	2.4284	7.1136	-0.4018	-0.4656	-0.0094	-0.3372	0.429	0.1278	-1.1227	-0.3478	-0.0273	0.2544	0.0151	-0.0394	0.8069	0.0907	1.0905	-37.4261	-5.6931	-28.0493
4	11.5217	-1.6964	8.7339	4.0991	0.7457	8.4638	0.4261	-0.5045	-0.846	-0.1417	0.0989	0.6459	0.3299	-0.9939	-0.525	0.1515	-0.1467	0.0244	0.5823	0.1044	0.6093	-32.8081	-14.1769	-32.8387
5	2.5584	-0.6868	-0.478	2.2284	2.5931	4.7199	-0.26	0.4053	-0.1679	-0.0673	-0.481	0.3736	0.7335	-0.8548	0.741	0.6683	-0.3059	-0.1442	0.9729	-0.1015	0.7863	-43.3704	-32.9977	-50.3351
6	5.3234	-0.9719	-2.0522	14.0206	2.5034	3.959	-0.2658	-0.1895	-0.3003	-0.3528	0.3172	0.8566	0.4042	-0.1782	-0.0514	0.6728	-0.3456	-0.1809	0.799	-0.1088	0.5534	-41.7574	-31.9641	-48.8479
7	11.189	0.6091	-0.5077	0.0565	-0.0205	0.053	0.6463	-0.9774	-2.7734	0.0707	-0.447	-0.3122	0.1354	-0.2261	-0.1993	1.8676	-1.6982	-0.274	2.5738	0.7263	1.8217	-50.2321	-37.8902	-49.2847
8	3.7611	0.7683	-0.8177	6.242	3.5002	6.7117	0.0442	0.6993	-0.2388	-0.5765	0.1938	-0.3081	0.1134	0.2583	-0.2381	0.262	-0.0057	-0.0617	0.3992	0.0157	0.3552	-13.59	-17.747	-38.5
9	3.2996	1.686	0.563	3.968	0.9872	3.9389	-0.0166	0.0964	-0.5723	0.477	0.164	0.1042	0.9899	0.219	-0.1474	0.3346	-0.0217	-0.0687	0.2933	0.0116	0.5446	-15.1958	-21.3424	-33.0116
10	0.042	0.0966	0.0371	2.3392	1.0632	0.5759	-0.0149	0.1947	-0.0834	-0.1447	0.2046	-0.0242	0.1346	-0.0893	-0.1897	0.8706	-0.2532	-0.2114	1.2105	-0.0393	0.6624	-33.7689	-29.8174	-54.9439
11	6.5829	-0.7682	1.8701	1.003	2.2304	7.498	0.1599	0.598	0.4009	-0.3117	-0.1814	0.0176	-0.2442	-0.4117	0.0215	0.967	-0.2423	-0.1414	0.6956	-0.1209	0.6952	-32.8633	-28.7429	-61.6458
12	5.3049	-1.7066	3.2548	3.9156	-2.0765	5.0896	0.086	0.3745	-0.7435	-0.7965	0.0048	0.6256	0.085	-0.3322	-0.0908	1.1404	-0.1501	-0.152	1.1076	-0.1732	0.6953	-41.4833	-32.2333	-68.3606
13	14.0127	-6.0632	21.4936	20.2174	-3.6876	34.7598	0.0919	-0.0823	-0.388	1.4829	0.6996	-0.4913	0.609	0.1003	-0.7915	0.3173	-0.1345	0.1076	0.3524	0.0269	0.6161	-12.031	-10.2461	13.4956
14	3.4845	-2.1328	6.7718	1.3369	-3.3398	34.0281	-0.0506	0.0862	-0.2577	0.0803	-0.1428	0.1705	1.1117	-2.1047	0.1934	0.0945	-0.1619	-0.0095	0.2865	0.009	0.5245	-19.6099	-6.4979	-9.6597
15	3.5038	0.0635	6.904	7.8966	-5.8799	18.1713	0.1955	0.4717	-0.021	-0.7888	0.1289	0.3523	0.9951	0.8321	-0.3244	0.1222	-0.0086	0.0625	0.2187	-0.0247	0.3464	-13.1768	-7.4171	-14.0384
16	28.4919	-17.4709	10.6695	16.4746	-1.0112	9.3054	-0.2753	0.185	0.484	0.1405	-0.1627	-0.0378	-0.1443	0.0208	0.438	0.401	-0.2684	0.0481	0.2119	0.0705	0.3906	-10.8581	0.4115	-12.9123
17	13.6542	-6.1066	18.3395	3.3845	-9.355	29.1964	-0.2737	-0.575	-0.3902	0.4977	0.0214	-0.1794	-0.065	-0.0174	0.2523	0.5993	-0.0258	-0.08	0.2538	-0.0152	0.5366	-3.9824	-4.4973	12.4426

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	63 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	89 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	121 - 165
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	166 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	209 - 219
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 41
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	42 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	98 - 130
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	131 - 173
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	174 - 212
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	22 - 35
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	36 - 54
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	55 - 73
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	74 - 88
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	89 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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