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- PDB-3ofn: Structure of four mutant forms of yeast F1 ATPase: alpha-N67I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ofn
タイトルStructure of four mutant forms of yeast F1 ATPase: alpha-N67I
要素(ATP synthase subunit ...) x 5
キーワードHYDROLASE / ATP SYNTHASE / ATP PHOSPHATASE / F1F0 ATPASE / ATP SYNTHESIS / ADP / PO4 / MITOCHONDRIA
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Mitochondrial protein degradation / : / : / : / mitochondrial nucleoid / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase ...: / Mitochondrial protein degradation / : / : / : / mitochondrial nucleoid / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / ATP Synthase; domain 1 / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / Atp Synthase Epsilon Chain; Chain: I; / : / Fungal epsilon subunit of F1F0-ATP synthase C-terminal domain / ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 ...ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / ATP Synthase; domain 1 / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / Atp Synthase Epsilon Chain; Chain: I; / : / Fungal epsilon subunit of F1F0-ATP synthase C-terminal domain / ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / : / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Helix Hairpins / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Beta Barrel / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP synthase subunit beta, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase subunit delta, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / Molrep / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Arsenieva, D. / Symersky, J. / Wang, Y. / Pagadala, V. / Mueller, D.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of mutant forms of the yeast f1 ATPase reveal two modes of uncoupling.
著者: Arsenieva, D. / Symersky, J. / Wang, Y. / Pagadala, V. / Mueller, D.M.
履歴
登録2010年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP synthase subunit alpha
B: ATP synthase subunit alpha
C: ATP synthase subunit alpha
D: ATP synthase subunit beta
E: ATP synthase subunit beta
F: ATP synthase subunit beta
G: ATP synthase subunit gamma
H: ATP synthase subunit delta
I: ATP synthase subunit epsilon
J: ATP synthase subunit alpha
K: ATP synthase subunit alpha
L: ATP synthase subunit alpha
M: ATP synthase subunit beta
N: ATP synthase subunit beta
O: ATP synthase subunit beta
P: ATP synthase subunit gamma
Q: ATP synthase subunit delta
R: ATP synthase subunit epsilon
S: ATP synthase subunit alpha
T: ATP synthase subunit alpha
U: ATP synthase subunit alpha
V: ATP synthase subunit beta
W: ATP synthase subunit beta
X: ATP synthase subunit beta
Y: ATP synthase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,105,44455
ポリマ－1,097,48725
非ポリマー7,95830
水00
1
A: ATP synthase subunit alpha
B: ATP synthase subunit alpha
C: ATP synthase subunit alpha
D: ATP synthase subunit beta
E: ATP synthase subunit beta
F: ATP synthase subunit beta
G: ATP synthase subunit gamma
H: ATP synthase subunit delta
I: ATP synthase subunit epsilon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)375,54319
ポリマ－372,8909
非ポリマー2,65310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
J: ATP synthase subunit alpha
K: ATP synthase subunit alpha
L: ATP synthase subunit alpha
M: ATP synthase subunit beta
N: ATP synthase subunit beta
O: ATP synthase subunit beta
P: ATP synthase subunit gamma
Q: ATP synthase subunit delta
R: ATP synthase subunit epsilon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)375,54319
ポリマ－372,8909
非ポリマー2,65310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
S: ATP synthase subunit alpha
T: ATP synthase subunit alpha
U: ATP synthase subunit alpha
V: ATP synthase subunit beta
W: ATP synthase subunit beta
X: ATP synthase subunit beta
Y: ATP synthase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,35917
ポリマ－351,7067
非ポリマー2,65310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.019, 290.619, 188.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
ATP synthase subunit ... , 5種, 25分子 ABCJKLSTUDEFMNOVWXGPYHQIR

#1: タンパク質
ATP synthase subunit alpha


分子量: 55006.457 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP RESIDUES 36-545 / 変異: N67I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ATP1, YBL0827, YBL099W / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P07251, H+-transporting two-sector ATPase
#2: タンパク質
ATP synthase subunit beta


分子量: 52009.965 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP RESIDUES 34-511 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ATP2, J2041, YJR121W / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P00830, H+-transporting two-sector ATPase
#3: タンパク質 ATP synthase subunit gamma / F-ATPase gamma subunit


分子量: 30657.160 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 34-311 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ATP3, ATP3a, ATP3b, YBR039W, YBR0408 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38077, H+-transporting two-sector ATPase
#4: タンパク質 ATP synthase subunit delta / F-ATPase delta subunit


分子量: 14565.385 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 23-160 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ATP16, D2935, YD8119.03, YDL004W / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12165, H+-transporting two-sector ATPase
#5: タンパク質 ATP synthase subunit epsilon / ATPase subunit epsilon


分子量: 6618.359 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-62 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ATP15, P0345, YPL271W / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P21306, H+-transporting two-sector ATPase

-
非ポリマー , 2種, 30分子

#6: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

構成要素の詳細CHAIN A, J, S: ALPHA SUBUNIT (E) CHAIN B, K, T: ALPHA SUBUNIT (TP) CHAIN C, L, U: ALPHA SUBUNIT (DP) ...CHAIN A, J, S: ALPHA SUBUNIT (E) CHAIN B, K, T: ALPHA SUBUNIT (TP) CHAIN C, L, U: ALPHA SUBUNIT (DP) CHAIN D, M, V: BETA SUBUNIT (DP) CHAIN E, N, W: BETA SUBUNIT (E) CHAIN F, O, X: BETA SUBUNIT (TP) CHAIN G, P, Y: GAMMA SUBUNIT CHAIN H, Q, Z: DELTA SUBUNIT CHAIN I, R, 1: EPSILON SUBUNIT

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 5.5% PEG 6000, 10% GLYCEROL, 4% METHANOL, 0.05M SODIUM ACETATE, 0.5MM NICKEL SULPHATE, 0.5MM AMP/PNP, 0.025 MM ADP, 2MM MAGNESIUM CHLORIDE, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 173078 / Num. obs: 173078 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 92.5 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rsym value: 0.55 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: Molrep
開始モデル: PDB ENTRY 2HLD

2hld


解像度: 3.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 58.611 / SU ML: 0.458 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.584 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27599 3557 2 %RANDOM
Rwork0.2103 ---
all0.2116 173078 --
obs0.2116 173078 91.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å2-0.61 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----2.07 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.584 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数70001 0 480 0 70481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02271594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1641.98697279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5159388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.68624.4992832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.5851511679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.29315444
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.211551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02153294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.221.546673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.426274616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.663324921
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1864.522663
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.279 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 239 -
Rwork0.302 12146 -
obs-12146 87.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4146-0.48710.78586.9184-1.06531.7785-0.1025-0.5469-0.09210.41460.1002-0.39170.06250.14610.0023-0.27970.064-0.10890.0095-0.0541-0.410822.6190.93382.5836
22.48560.3969-0.57921.40030.50662.008-0.0749-0.0755-0.17850.0920.00730.16640.1017-0.04190.0676-0.50450.0369-0.0049-0.4175-0.0603-0.411-4.72883.331568.1726
33.9383-0.1969-0.06793.0903-0.15542.5734-0.06650.61210.0527-0.60960.07550.54290.2279-0.5624-0.009-0.3654-0.0287-0.11590.0147-0.1119-0.0791-29.97818.988751.5037
46.3308-0.9213-3.07461.1226-0.47022.3450.0192-0.5264-0.60220.02280.0095-0.41020.25310.1189-0.0287-0.13120.2119-0.1116-0.19750.01420.132536.8185-30.600959.5503
50.75380.5106-0.12441.68460.22782.2897-0.11680.3005-0.4787-0.23780.217-0.13240.45170.0359-0.1002-0.1853-0.00010.0106-0.2133-0.2423-0.012223.4475-31.718932.0677
62.06330.8225-0.06012.6081-0.81032.5132-0.00180.56720.0598-0.6230.04130.28460.0634-0.3714-0.03950.2028-0.1421-0.09850.3732-0.23670.03677.0716-31.99026.2765
74.916-0.4445-0.47247.43273.55534.153-0.0452-0.1343-0.05120.2850.1668-0.4671-0.06860.4644-0.1216-0.538-0.0236-0.038-0.1007-0.1231-0.05753.96416.989155.6119
81.9094-0.0389-0.16282.73140.19810.75090.06160.26840.1473-0.4328-0.0220.0621-0.22130.0248-0.0396-0.2751-0.09010.0577-0.1989-0.1044-0.268536.365323.338736.1484
90.9959-1.04490.64121.60150.13171.6938-0.02860.36280.1833-0.34830.07080.5424-0.201-0.3866-0.04220.3792-0.0151-0.10540.33620.02290.233817.102235.52315.2943
105.9082-1.1995-1.75195.3235-0.42526.561-0.0243-0.75280.19520.6770.137-0.4092-0.54850.6122-0.1127-0.5323-0.0256-0.1031-0.05-0.2216-0.171239.366117.283172.2928
111.99940.576-0.14521.7751-0.17961.42390.058-0.02130.5349-0.08620.06130.0312-0.4596-0.0846-0.1194-0.3739-0.04050.0136-0.2837-0.1159-0.201415.413429.343659.2547
121.22010.79850.06840.6969-0.18433.22230.01390.80910.2898-0.59420.05450.1117-0.4869-0.6694-0.06840.08550.1353-0.04320.30670.05060.2053-7.518533.081238.8019
133.39971.52190.53744.85320.26943.562-0.0749-0.5152-0.59710.59980.3107-0.36450.67520.3004-0.2359-0.13680.1974-0.0895-0.19030.1248-0.162219.727-22.28476.4595
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32X-RAY DIFFRACTION32N83 - 357
33X-RAY DIFFRACTION33N358 - 475
34X-RAY DIFFRACTION34O7 - 82
35X-RAY DIFFRACTION35O83 - 357
36X-RAY DIFFRACTION36O358 - 475
37X-RAY DIFFRACTION37S27 - 97
38X-RAY DIFFRACTION38S98 - 382
39X-RAY DIFFRACTION39S383 - 510
40X-RAY DIFFRACTION40T25 - 97
41X-RAY DIFFRACTION41T98 - 382
42X-RAY DIFFRACTION42T383 - 510
43X-RAY DIFFRACTION43U26 - 97
44X-RAY DIFFRACTION44U98 - 382
45X-RAY DIFFRACTION45U383 - 510
46X-RAY DIFFRACTION46V7 - 82
47X-RAY DIFFRACTION47V83 - 357
48X-RAY DIFFRACTION48V358 - 381
49X-RAY DIFFRACTION49W8 - 82
50X-RAY DIFFRACTION50W83 - 357
51X-RAY DIFFRACTION51W358 - 475
52X-RAY DIFFRACTION52X7 - 82
53X-RAY DIFFRACTION53X83 - 357
54X-RAY DIFFRACTION54X358 - 475
55X-RAY DIFFRACTION55G1 - 25
56X-RAY DIFFRACTION55G234 - 276
57X-RAY DIFFRACTION56G26 - 233
58X-RAY DIFFRACTION56H10 - 136
59X-RAY DIFFRACTION56I4 - 61
60X-RAY DIFFRACTION57P1 - 25
61X-RAY DIFFRACTION57P234 - 276
62X-RAY DIFFRACTION58P26 - 233
63X-RAY DIFFRACTION58Q11 - 136
64X-RAY DIFFRACTION58R4 - 61
65X-RAY DIFFRACTION59Y1 - 25
66X-RAY DIFFRACTION59Y234 - 276
67X-RAY DIFFRACTION60Y26 - 233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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