PDB-3ofm: Structure of a human CK2alpha prime, the paralog isoform of the c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ofm

タイトル

Structure of a human CK2alpha prime, the paralog isoform of the catalytic subunit of protein kinase CK2 from Homo sapiens

要素

Casein kinase II subunit alpha'

キーワード

transferase/transferase inhibitor / eukaryptic protein kinase fold / phospho transferase / ATP binding / Phosphorylation / Cytoplasm and nucleus / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of mitophagy / regulation of chromosome separation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bischoff, N. / Olsen, B. / Raaf, J. / Bretner, M. / Issinger, O.-G. / Niefind, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of the reduced affinity between the protein kinase CK2 subunits CK2alpha prime and CK2beta
著者: Bischoff, N. / Olsen, B. / Raaf, J. / Bretner, M. / Issinger, O.G. / Niefind, K.

履歴

登録	2010年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ofm.cif.gz	161.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ofm.ent.gz	126.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ofm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ofm_validation.pdf.gz	911.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ofm_full_validation.pdf.gz	913.8 KB	表示
XML形式データ	3ofm_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	3ofm_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3ofm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3ofm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pvrS 1jwh 3bqc 3e3b S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hmb-d 6tew-d 6tgu-d 6l20-3 3nga-2 4grb-d 5ooi-2 5m4f-d 5m4c-d 5m44-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Casein kinase II subunit alpha'

ヘテロ分子

41.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.690, 47.570, 50.570
Angle α, β, γ (deg.)	112.40, 89.49, 91.30
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Casein kinase II subunit alpha' / CK II alpha' 分子量: 41261.176 Da / 分子数: 1 / 変異: C336S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CK2A2, CSNK2A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P19784, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-4B0 / 3-(4,5,6,7-tetrabromo-1H-benzotriazol-1-yl)propan-1-ol 分子量: 492.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇Br₄N₃O
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein stock solution: 6 mg/ml protein, 25 mM Tris/HCl, pH 8.5, 500 mM sodium chloride, 1 mM inhibitor 3-(4,5,6,7-tetrabromo-1H-benzotriazol-1-yl)propan-1-ol Reservoir: 28 % PEG6000, 500 mM ...詳細: Protein stock solution: 6 mg/ml protein, 25 mM Tris/HCl, pH 8.5, 500 mM sodium chloride, 1 mM inhibitor 3-(4,5,6,7-tetrabromo-1H-benzotriazol-1-yl)propan-1-ol Reservoir: 28 % PEG6000, 500 mM lithium chloride, 100 mM Tris/HCl, pH 8.5 Drop: mixture of 0.5 uL protein solution plus 0.5 uL reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.11 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein stock solution: 6 mg/ml protein, 25 mM Tris/HCl, pH 8.5, 500 mM sodium chloride, 1 mM inhibitor 3-(4,5,6,7-tetrabromo-1H-benzotriazol-1-yl)propan-1-ol Reservoir: 28 % PEG6000, 500 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月6日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→33.03 Å / Num. all: 27265 / Num. obs: 23663 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.083 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 12.61
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 47.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PVR

2pvr

解像度: 2→33.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 7.974 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20721	1184	5 %	RANDOM
R_work	0.17197	-	-	-
obs	0.17378	22479	86.8 %	-
all	-	27265	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.698 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.01 Å²	-0.2 Å²	0.34 Å²
2-	-	-0.26 Å²	-1.11 Å²
3-	-	-	-1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→33.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2749	0	18	227	2994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	2859
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.975	1.957	3863
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.776	3	4834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.1	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.102	23.355	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.425	15	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.052	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	618
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.46	6	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.591	6	654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.208	6	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.89	9	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.127	9	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.2	48
R_work	0.196	913

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.052	-3.5088	-0.2334	4.0564	-0.683	0.5713	0.2033	0.5906	0.4662	-0.1701	-0.1313	0.1494	-0.1926	0.0008	-0.0719	0.1382	-0.0273	-0.0379	0.2022	0.0883	0.4143	14.591	9.49	-5.092
2	3.1173	3.2758	-2.2706	4.3218	-2.7719	2.5552	-0.1863	0.1243	0.0177	-0.2564	0.1444	-0.0632	0.3117	-0.048	0.0419	0.1064	0.0444	-0.0032	0.0377	-0.0128	0.1905	8.996	-17.053	3.995
3	0.9572	-0.3525	-0.2158	1.4289	0.1561	1.535	-0.0601	-0.0301	-0.0884	0.1481	0.0267	0.0107	0.2145	-0.063	0.0334	0.0429	-0.0155	-0.0282	0.0187	0.0201	0.1371	3.181	-4.959	5.157
4	1.8819	-0.0461	-0.6142	1.0996	0.0767	2.3397	-0.0202	0.3573	0.0351	-0.1466	0.0396	0.0556	0.0538	-0.2487	-0.0193	0.0205	-0.0153	-0.0267	0.0796	0.0293	0.1338	-7.425	5.274	-11.855
5	2.4965	0.0973	-0.3729	1.3474	0.6032	2.3688	0.0003	0.0261	0.1663	0.0599	-0.0085	0.0326	-0.1562	-0.1233	0.0082	0.057	0.0117	-0.0231	0.0011	0.0294	0.1815	-8.097	14.188	3.173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	193 - 278
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	279 - 332

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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