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万見
- PDB-3ofj: Crystal structure of N-methyltransferase NodS from Bradyrhizobium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ofj
タイトルCrystal structure of N-methyltransferase NodS from Bradyrhizobium japonicum WM9
要素Nodulation protein S
キーワードTRANSFERASE / NODS / N-METHYLTRANSFERASE / SAH / SAM / NOD FACTOR / NODULATION / NITROGEN FIXATION / SYMBIOSIS / alpha/beta structure / variant of Rossmann fold / SAM-dependent N-methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine (SAM) / lipochitooligosaccharide / Methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide biosynthetic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Nodulation protein S, NodS / SAM-dependent methyltransferase, NodS-like / Nodulation protein S (NodS) / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nodulation protein S
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium sp. (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Cakici, O. / Sikorski, M. / Stepkowski, T. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of NodS N-Methyltransferase from Bradyrhizobium japonicum in Ligand-Free Form and as SAH Complex.
著者: Cakici, O. / Sikorski, M. / Stepkowski, T. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of NodS N-methyltransferase from Bradyrhizobium japonicum WM9
著者: Cakici, O. / Sikorski, M. / Stepkowski, T. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
履歴
登録2010年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nodulation protein S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1521
ポリマ－24,1521
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.700, 48.700, 141.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Nodulation protein S


分子量: 24152.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The crystallized protein has a heptapeptide tag (GIDPFTM-) attached at the N-terminus (residues -6 through 0). The first codon of the nodS sequence (gtg) has been translated in this NodS ...詳細: The crystallized protein has a heptapeptide tag (GIDPFTM-) attached at the N-terminus (residues -6 through 0). The first codon of the nodS sequence (gtg) has been translated in this NodS protein as Val1, which is different from the Met1 residue occurring in NodS isolated from Bradyrhizobium japonicum WM9. The present protein is therefore a single-site variant of the natural polypeptide.
由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: WM9 / 遺伝子: nodS / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODONPLUS(DE3)RIPL
参照: UniProt: Q9AQ22, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT VAL1 IS THE FIRST RESIDUE OF THE PROTEIN SEQUENCE AND CORRESPONDS TO ...THE AUTHORS STATE THAT VAL1 IS THE FIRST RESIDUE OF THE PROTEIN SEQUENCE AND CORRESPONDS TO STANDARD TRANSLATION OF THE GTG CODON AS VALINE, EVEN THOUGH IN THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE THIS POSITION IS OCCUPIED BY METHIONINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 28% PEG 3350, 0.1 M magnesium chloride, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8086 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8086 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→20 Å / Num. obs: 6954 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.74 % / Biso Wilson estimate: 59.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.42→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NodS from NodS-SAH complex (3OFK)

3ofk


解像度: 2.43→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 24.485 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: R-FREE / σ(I): -3 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2764 768 12.7 %RANDOM
Rwork0.2033 ---
obs0.2127 5300 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.922 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1326 0 0 18 1344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211349
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8431.9491837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9055177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.21224.18255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.85515212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.501158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9551.5883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9342.51406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1715466
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.84310431
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9812-1.6537-0.36712.50850.64686.71020.0879-0.2462-0.14450.1253-0.15540.1820.1543-0.43880.06760.09-0.0695-0.0170.1702-0.01340.184824.67-6.46214.44
29.44270.1398-0.773.02260.58656.39160.1961-0.2794-0.13630.1798-0.16080.44420.0011-0.7893-0.03520.48880.0895-0.02260.3152-0.06940.378615.2464.37216.056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2A149 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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