ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHASER | 1.3.1位相決定 | | PHENIX | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | MAR345 | softwareデータ収集 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.367→34.033 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / SU ML: 0.12 / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 16 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1678 | 1600 | 5.1 % | random |
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Rwork | 0.1456 | - | - | - |
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obs | 0.1467 | 31382 | 93.79 % | - |
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all | - | 33444 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.974 Å2 / ksol: 0.422 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 51.1 Å2 / Biso mean: 14.5199 Å2 / Biso min: 0.75 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.3203 Å2 | 0.494 Å2 | 0.2071 Å2 |
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2- | - | -0.8605 Å2 | 0.0188 Å2 |
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3- | - | - | -1.3115 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.367→34.033 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1430 | 0 | 4 | 229 | 1663 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 3188 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.022 | 5755 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.086 | 241 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 534 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.701 | 780 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.3667-1.4108 | 0.2146 | 141 | 0.1704 | 2575 | 2716 | 89 | 1.4108-1.4613 | 0.187 | 147 | 0.168 | 2671 | 2818 | 93 | 1.4613-1.5198 | 0.1734 | 143 | 0.152 | 2635 | 2778 | 92 | 1.5198-1.5889 | 0.1802 | 136 | 0.1504 | 2715 | 2851 | 93 | 1.5889-1.6727 | 0.1722 | 149 | 0.1488 | 2644 | 2793 | 92 | 1.6727-1.7775 | 0.1604 | 136 | 0.1459 | 2666 | 2802 | 92 | 1.7775-1.9147 | 0.1489 | 139 | 0.1378 | 2710 | 2849 | 94 | 1.9147-2.1074 | 0.1442 | 148 | 0.13 | 2820 | 2968 | 97 | 2.1074-2.4123 | 0.1542 | 150 | 0.1347 | 2797 | 2947 | 98 | 2.4123-3.0389 | 0.1761 | 155 | 0.1469 | 2823 | 2978 | 98 | 3.0389-34.0432 | 0.1657 | 156 | 0.1445 | 2726 | 2882 | 95 |
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