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- PDB-3odo: Crystal Structure of the DH/PH Domains of p115-RhoGEF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3odo
タイトルCrystal Structure of the DH/PH Domains of p115-RhoGEF
要素Rho guanine nucleotide exchange factor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / regulation of RhoA GTPase / RhoGEF / DH / PH / Rho
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of small GTPase mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RHOA GTPase cycle / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / G alpha (12/13) signalling events ...regulation of small GTPase mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RHOA GTPase cycle / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / G alpha (12/13) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / RNA binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
p115RhoGEF, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Dbl homology (DH) domain superfamily ...p115RhoGEF, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen, Z. / Guo, L. / Sprang, S.R. / Sternweis, P.C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Modulation of a GEF switch: Autoinhibition of the intrinsic guanine nucleotide exchange activity of p115-RhoREF
著者: Chen, Z. / Guo, L. / Sprang, S.R. / Sternweis, P.C.
履歴
登録2010年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 1
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5392
ポリマ－87,5392
非ポリマー00
水00
1
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7701
ポリマ－43,7701
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7701
ポリマ－43,7701
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.049, 106.049, 125.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 1 / 115 kDa guanine nucleotide exchange factor / p115-RhoGEF / p115RhoGEF / Sub1.5


分子量: 43769.539 Da / 分子数: 2 / 断片: DH-PH domain RESIDUES 395-766 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF1 / プラスミド: pGEX-kG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92888

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.6-2.8M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double-crystal Si-111 & Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 30747 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X86

1x86


解像度: 2.9→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 47.33 / SU ML: 0.371 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1550 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.223 29151 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 109.613 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.98 Å20 Å20 Å2
2--5.98 Å20 Å2
3----11.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6068 0 0 0 6068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8331.988351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8665738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.72823.377302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.356151187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5221564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4931.53716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98726037
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76832467
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0454.52314
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3028 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.290.5
medium thermal0.422
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 110 -
Rwork0.372 2130 -
obs--98.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29810.72873.20742.91841.002812.1177-0.14650.29810.2725-0.1875-0.0299-0.167-1.19241.77190.17640.4653-0.15950.01960.4313-0.0320.413750.9418-37.477925.7482
28.789-3.4360.1927.6833-1.42634.7786-0.46840.26390.11660.89890.0735-0.15810.3166-0.01830.39490.8312-0.1631-0.05220.05680.00370.288124.0621-11.57181.4429
32.4557-0.64173.09962.8164-1.216511.8089-0.1002-0.35070.34280.1601-0.07240.1911-1.0785-1.80590.17270.44420.18340.01560.41820.00440.4322.093615.559-17.893
48.91243.3764-0.6167.58591.58814.8347-0.5108-0.4440.0661-0.90930.17160.13930.28710.10490.33920.82960.1657-0.06730.0901-0.00420.298628.964741.45376.4351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A392 - 609
2X-RAY DIFFRACTION2A610 - 761
3X-RAY DIFFRACTION3B392 - 609
4X-RAY DIFFRACTION4B610 - 761

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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