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- PDB-5cgz: Crystal structure of GalB, the 4-carboxy-2-hydroxymuconate hydrat... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cgz | ||||||
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Title | Crystal structure of GalB, the 4-carboxy-2-hydroxymuconate hydratase, from Pseuodomonas putida KT2440 | ||||||
![]() | 4-oxalmesaconate hydratase | ||||||
![]() | LYASE / GalB / hydratase / metalloenzyme / Rossmann fold / helical hairpin / gallic acid / hexamer | ||||||
Function / homology | ![]() 4-oxalomesaconate hydratase / gallate catabolic process / 4-oxalmesaconate hydratase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mazurkewich, S. / Brott, A.S. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y.K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and Kinetic Characterization of the 4-Carboxy-2-hydroxymuconate Hydratase from the Gallate and Protocatechuate 4,5-Cleavage Pathways of Pseudomonas putida KT2440. Authors: Mazurkewich, S. / Brott, A.S. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 129.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 101.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 444.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 447.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
2 | ![]()
| x 6||||||||
Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27056.742 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 20-258 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Truncation of the 4 N-terminal residues Source: (gene. exp.) ![]() Strain: KT2440 / Gene: galB, PP_2515 / Plasmid: pT7-7 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.31 Å3/Da / Density % sol: 80.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 25% Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jul 26, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→48.91 Å / Num. obs: 81108 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 35.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 17.88 / Num. measured all: 638484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.83 Å2 / Biso mean: 38.6597 Å2 / Biso min: 23.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.103→48.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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