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- PDB-3oda: Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oda
タイトルHuman PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA
要素
  • 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
  • Poly [ADP-ribose] polymerase 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / protein-DNA complex / PARP zinc finger / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / carbohydrate biosynthetic process / positive regulation of single strand break repair ...NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / carbohydrate biosynthetic process / positive regulation of single strand break repair / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / vRNA Synthesis / negative regulation of adipose tissue development / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / mitochondrial DNA metabolic process / DNA ADP-ribosylation / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / positive regulation of necroptotic process / regulation of catalytic activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / replication fork reversal / transcription regulator activator activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / NAD+ ADP-ribosyltransferase / cellular response to zinc ion / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / positive regulation of mitochondrial depolarization / response to aldosterone / mitochondrial DNA repair / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / protein poly-ADP-ribosylation / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear replication fork / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / site of DNA damage / R-SMAD binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / macrophage differentiation / protein autoprocessing / decidualization / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / nucleosome binding / protein localization to chromatin / negative regulation of innate immune response / telomere maintenance / nucleotidyltransferase activity / mitochondrion organization / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to nerve growth factor stimulus / nuclear estrogen receptor binding / response to gamma radiation / protein-DNA complex / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / DNA Damage Recognition in GG-NER / protein modification process / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / histone deacetylase binding / positive regulation of protein localization to nucleus / cellular response to amyloid-beta / cellular response to insulin stimulus / regulation of protein localization / cellular response to UV / NAD binding / double-strand break repair / nuclear envelope / site of double-strand break / cellular response to oxidative stress / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / nuclear body / DNA repair / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, PARP-type / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / : / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1 ...Zinc finger, PARP-type / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / : / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger, PARP-type / WGR domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Poly [ADP-ribose] polymerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Pascal, J.M. / Langelier, M.-F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) Zinc Fingers Bound to DNA: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHTS INTO DNA-DEPENDENT PARP-1 ACTIVITY.
著者: Langelier, M.F. / Planck, J.L. / Roy, S. / Pascal, J.M.
履歴
登録2010年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
E: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
F: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
G: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
H: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
I: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
J: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
K: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
L: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
M: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
N: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
O: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
P: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,70624
ポリマ－129,18316
非ポリマー5238
水4,197233
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
I: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
J: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4266
ポリマ－32,2964
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
K: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
L: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4266
ポリマ－32,2964
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
F: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
M: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
N: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4266
ポリマ－32,2964
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
H: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
O: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
P: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4266
ポリマ－32,2964
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.812, 107.334, 86.998
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H
13B
23A
33D
43F
53H
14C
24E
34G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A' and (resseq 7:9 or resseq 11:38 or resseq...A0
211chain 'C' and (resseq 7:9 or resseq 11:38 or resseq...C0
311chain 'E' and (resseq 7:9 or resseq 11:38 or resseq...E0
411chain 'G' and (resseq 7:9 or resseq 11:38 or resseq...G0
112chain 'B' and (resseq 7:9 or resseq 11:38 or resseq...B0
212chain 'D' and (resseq 7:9 or resseq 11:38 or resseq...D0
312chain 'F' and (resseq 7:9 or resseq 11:38 or resseq...F0
412chain 'H' and (resseq 7:9 or resseq 11:38 or resseq...H0
113chain 'B' and (resseq 39:47) and (not element H) and (not element D) and backboneB0
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313chain 'D' and (resseq 39:47) and (not element H) and (not element D) and backboneD0
413chain 'F' and (resseq 39:47) and (not element H) and (not element D) and backboneF0
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NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.991952, 0.042233, 0.119362), (0.05383, -0.993957, -0.095665), (0.1146, 0.101321, -0.988231)21.921301, 93.544998, 76.982803
2given(0.990774, -0.016573, 0.134504), (-0.00112, -0.993461, -0.114164), (0.135516, 0.11296, -0.984315)-1.87424, 88.976196, 115.935997
3given(0.998634, -0.019534, -0.04846), (0.020387, 0.999645, 0.01716), (0.048107, -0.018124, 0.998678)45.682701, -11.5554, -40.965801
4given(0.992906, -0.006149, 0.118743), (-0.020396, -0.992668, 0.119137), (0.11714, -0.120713, -0.985752)26.9881, 84.348701, 90.0224
5given(0.987538, 0.035505, 0.153321), (0.013307, -0.989569, 0.143446), (0.156815, -0.139618, -0.97771)-6.26136, 67.205399, 127.366997
6given(0.998995, -0.01284, -0.042939), (0.012574, 0.9999, -0.006471), (0.043017, 0.005925, 0.999057)41.994801, -9.41443, -43.106602
7given(-0.683511, -0.095243, 0.7237), (0.356998, -0.908401, 0.217623), (0.636683, 0.407107, 0.654903)9.09951, 43.797001, -10.9409
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12given(0.96618, 0.101086, 0.237228), (0.077696, -0.991329, 0.105976), (0.245883, -0.08396, -0.965656)-12.9245, 92.2658, 130.367004

-
要素

#1: タンパク質
Poly [ADP-ribose] polymerase 1 / PARP-1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ADPRT 1 / Poly[ADP-ribose] synthase 1


分子量: 13101.821 Da / 分子数: 8 / 断片: PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADPRT, PARP1, PPOL / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta2 / 参照: UniProt: P09874, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: DNA鎖
5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*C)-3'


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized DNA
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月18日
放射モノクロメーター: silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 33279 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.64-2.74.30.50916431.037199.9
2.7-2.744.20.516571.0451100
2.74-2.84.30.42516630.9921100
2.8-2.854.20.36416491.0371100
2.85-2.924.20.31116610.9861100
2.92-2.984.30.27716700.972199.9
2.98-3.064.30.2316320.9551100
3.06-3.144.30.18316731.0361100
3.14-3.234.20.12416561.0141100
3.23-3.344.20.09616621.012199.9
3.34-3.464.20.08216720.985199.9
3.46-3.64.30.07916431.0031100
3.6-3.764.20.06516771.0351100
3.76-3.964.20.05716710.972199.9
3.96-4.214.20.05116480.966199.9
4.21-4.534.20.04916610.964199.9
4.53-4.994.20.04916700.976199.9
4.99-5.714.20.04816851.0071100
5.71-7.194.20.05716770.974199.9
7.19-5040.03817090.962199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→42.42 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8008 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 1677 5.05 %
Rwork0.1963 --
obs0.1989 33211 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.345 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 103.21 Å2 / Biso mean: 35.0196 Å2 / Biso min: 10.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.3484 Å2-0 Å22.1462 Å2
2---9.9649 Å2-0 Å2
3---1.6165 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5695 1616 8 233 7552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28810687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721092
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Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A556X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
12C556X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
13E557X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
14G548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
21B551X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
22D551X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
23F552X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
24H552X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
31B36X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.264
32A36X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.264
33D36X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.182
34F36X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.245
35H36X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.186
41C36X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.253
42E36X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.253
43G36X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.199
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6411-2.73540.32711400.25563084322497
2.7354-2.84490.30291560.251431613317100
2.8449-2.97440.35231740.242431593333100
2.9744-3.13120.27981870.229531273314100
3.1312-3.32730.26691600.19813145330599
3.3273-3.5840.26751650.19231543319100
3.584-3.94450.24321640.18231803344100
3.9445-4.51470.22191760.161631473323100
4.5147-5.68590.18171680.151731943362100
5.6859-42.42670.17641870.16343183337099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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