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- PDB-3oc3: Crystal structure of the Mot1 N-terminal domain in complex with TBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oc3
タイトルCrystal structure of the Mot1 N-terminal domain in complex with TBP
要素
  • HELICASE MOT1
  • TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1)
キーワードHYDROLASE/TRANSCRIPTION / Transcription / Regulation of Transcription / HYDROLASE-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TBP-class protein binding / helicase activity / DNA-templated transcription initiation / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TATA-binding protein-associated factor Mot1 / TATA-Binding Protein / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / : ...TATA-binding protein-associated factor Mot1 / TATA-Binding Protein / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / Armadillo-like helical / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1) / Similarity to HELICASE MOT1
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wollmann, P. / Cui, S. / Viswanathan, R. / Berninghausen, O. / Wells, M.N. / Moldt, M. / Witte, G. / Butryn, A. / Wendler, P. / Beckmann, R. ...Wollmann, P. / Cui, S. / Viswanathan, R. / Berninghausen, O. / Wells, M.N. / Moldt, M. / Witte, G. / Butryn, A. / Wendler, P. / Beckmann, R. / Auble, D.T. / Hopfner, K.-P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure and mechanism of the Swi2/Snf2 remodeller Mot1 in complex with its substrate TBP.
著者: Wollmann, P. / Cui, S. / Viswanathan, R. / Berninghausen, O. / Wells, M.N. / Moldt, M. / Witte, G. / Butryn, A. / Wendler, P. / Beckmann, R. / Auble, D.T. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2010年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HELICASE MOT1
B: HELICASE MOT1
C: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1)
D: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,3586
ポリマ－232,9684
非ポリマー3902
水52229
1
A: HELICASE MOT1
C: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6793
ポリマ－116,4842
非ポリマー1951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area46260 Å2
手法PISA
2
B: HELICASE MOT1
D: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6793
ポリマ－116,4842
非ポリマー1951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area45990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.260, 147.820, 103.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HELICASE MOT1 / Mot1


分子量: 91981.445 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAT domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
遺伝子: ECU03_1530 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8SVZ5
#2: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1) / TBP / TATA box binding protein


分子量: 24502.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
遺伝子: ECU04_1440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ST28
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM Mes pH 6, 200mM Ammoniumacetate, 5% MPD, 4% PEG 3350, 200mM NDSB-201, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日
放射モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 54019 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→47.276 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2421 2700 5 %RANDOM
Rwork0.1871 ---
obs0.1899 54011 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.11 Å2 / ksol: 0.269 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5993 Å20 Å2-2.3321 Å2
2--3.7942 Å2-0 Å2
3----3.1948 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14968 0 24 29 15021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00515294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86620628
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.385792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0632351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032605
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0972-3.15350.34811340.2941256896
3.1535-3.21410.38761430.26462721100
3.2141-3.27970.30841420.24882690100
3.2797-3.3510.35231420.24312700100
3.351-3.42890.2761420.22422701100
3.4289-3.51470.28021400.2142668100
3.5147-3.60970.28571430.21052709100
3.6097-3.71580.24991420.19442708100
3.7158-3.83570.25181420.19482697100
3.8357-3.97280.25921430.18662710100
3.9728-4.13170.25451420.17912697100
4.1317-4.31960.21551420.1632692100
4.3196-4.54720.22821420.15352702100
4.5472-4.83190.18221410.14742693100
4.8319-5.20450.21631440.15982725100
5.2045-5.72740.25081430.18752720100
5.7274-6.55430.28031430.21162726100
6.5543-8.25060.25331440.18162733100
8.2506-47.28150.16811460.1691275199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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