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- PDB-3oba: Structure of the beta-galactosidase from Kluyveromyces lactis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oba
タイトルStructure of the beta-galactosidase from Kluyveromyces lactis
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / TIM Barrel / Tetramer / GH2 / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 ...Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MANGANESE (III) ION / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Fernandez-Leiro, R. / Pereira-Rodriguez, A. / Becerra, M. / Gonzalez-Siso, I. / Cerdan, M.E. / Sanz-Aparicio, J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis of specificity in tetrameric Kluyveromyces lactis beta-galactosidase.
著者: Pereira-Rodriguez, A. / Fernandez-Leiro, R. / Gonzalez-Siso, M.I. / Cerdan, M.E. / Becerra, M. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2010年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
D: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,69018
ポリマ－474,5494
非ポリマー1,14114
水30,0131666
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19680 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area141600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.030, 153.340, 216.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 1025 / Label seq-ID: 9 - 1032

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2CB
3DC
4BD

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要素

#1: タンパク質
Beta-galactosidase / Beta-gal / Lactase


分子量: 118637.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: Y1140 / 遺伝子: KLLA0B14883g, LAC4 / プラスミド: YEPFLAG-1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ3505 / 参照: UniProt: P00723, beta-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-MN3 / MANGANESE (III) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24 % Polyethylen Glycol (PEG) 3350, 0.1 M BisTris pH 7.5, 0.2 M Sodium Tartrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→125.067 Å / Num. all: 121272 / Num. obs: 121272 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rsym value: 0.172 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.75-2.97.10.5361.4123972174990.536100
2.9-3.077.30.3862120391165900.386100
3.07-3.297.40.272.8115002156320.27100
3.29-3.557.40.1894107430145700.189100
3.55-3.897.40.1395.499032134620.139100
3.89-4.357.30.1116.689156121930.111100
4.35-5.027.20.0967.378012108040.096100
5.02-6.1570.1245.76424892070.124100
6.15-8.76.70.1016.94840071870.10199.9
8.7-62.53470.05312.22897141280.05399.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YQ2

1yq2


解像度: 2.75→62.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / WRfactor Rfree: 0.221 / WRfactor Rwork: 0.1881 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8572 / SU B: 12.922 / SU ML: 0.26 / SU Rfree: 0.3762 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2435 6092 5 %RANDOM
Rwork0.2067 ---
obs0.2085 121060 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.91 Å2 / Biso mean: 19.5681 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→62.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33300 0 64 1666 35030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02234294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1081.94146506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35654092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90724.6851776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.286155688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.40815136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.24832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02126716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4121.520404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.816233040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.024313890
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8624.513466
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8325 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ATIGHT POSITIONAL0.030.05
2CTIGHT POSITIONAL0.030.05
3DTIGHT POSITIONAL0.030.05
4BTIGHT POSITIONAL0.030.05
1ATIGHT THERMAL0.040.5
2CTIGHT THERMAL0.040.5
3DTIGHT THERMAL0.040.5
4BTIGHT THERMAL0.040.5
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 450 -
Rwork0.296 8390 -
all-8840 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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