PDB-3ob6: Structure of AdiC(N101A) in the open-to-out Arg+ bound conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ob6

タイトル

Structure of AdiC(N101A) in the open-to-out Arg+ bound conformation

要素

AdiC arginine:agmatine antiporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Amino acid antiporter / Arginine / Membrane / Transmembrane Antiporter / APC-T / 5+5 Inverted Repeat

機能・相同性

arginine:agmatine antiporter activity / : / cellular stress response to acidic pH / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / plasma membrane / ARGININE / : / Arginine/agmatine antiporter

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Carpena, X. / Kowalczyk, L. / Ratera, M. / Valencia, E. / Vazquez-lbar, J.L. / Fita, I. / Palacin, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Molecular basis of substrate-induced permeation by an amino acid antiporter.
著者: Kowalczyk, L. / Ratera, M. / Paladino, A. / Bartoccioni, P. / Errasti-Murugarren, E. / Valencia, E. / Portella, G. / Bial, S. / Zorzano, A. / Fita, I. / Orozco, M. / Carpena, X. / Vazquez-Ibar, J.L. / Palacin, M.

履歴

登録	2010年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ob6.cif.gz	328.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ob6.ent.gz	273.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ob6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ob6_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ob6_full_validation.pdf.gz	476.3 KB	表示
XML形式データ	3ob6_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
CIF形式データ	3ob6_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3ob6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3ob6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lrbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5j4i-d 5j4n-d 3lrc-2 6qxg-d 7nqv-d 3kx3-d 6rzq-d 1jpz-d 1uc2-d 4key-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AdiC arginine:agmatine antiporter

B: AdiC arginine:agmatine antiporter

ヘテロ分子

94 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.071, 77.204, 104.451
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.79, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	TRP	TRP	3	A	A	5 - 170	5 - 170
2	1	ALA	ALA	TRP	TRP	3	B	B	5 - 170	5 - 170
1	2	GLY	GLY	LEU	LEU	3	A	A	275 - 339	275 - 339
2	2	GLY	GLY	LEU	LEU	3	B	B	275 - 339	275 - 339
1	3	SER	SER	ALA	ALA	3	A	A	355 - 440	355 - 440
2	3	SER	SER	ALA	ALA	3	B	B	355 - 440	355 - 440
1	4	ALA	ALA	ALA	ALA	3	A	A	181 - 265	181 - 265
2	4	ALA	ALA	ALA	ALA	3	B	B	181 - 265	181 - 265
1	5	ARG	ARG	ARG	ARG	4	A	C	450
2	5	ARG	ARG	ARG	ARG	4	B	D	450

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	AdiC arginine:agmatine antiporter / AdiC 分子量: 46826.234 Da / 分子数: 2 / 変異: N101A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: adiC, B21_03947 / プラスミド: pTTQ18-His6-AdiC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5WBZ6, UniProt: P60061*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 24-28% PEG400, 2mM Cymal-5, 1mM LDAO, 0.1M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→30 Å / Num. all: 25006 / Num. obs: 24681 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 73.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
DNA		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LRB

3lrb

解像度: 3→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 51.527 / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.447 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27202	1255	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24328	-	-	-
obs	0.24473	23349	92.96 %	-
all	-	23349	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.695 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.01 Å²	0 Å²	-1.97 Å²
2-	-	7.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6411	0	24	0	6435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6601
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	1.959	9030
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.063	3	10346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.665	5	863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.67	22.011	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.656	15	975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.245	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.381	1.5	4287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.07	1.5	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.745	2	6885
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.024	3	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.694	4.5	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	967	tight positional	0.04	0.05
2	377	tight positional	0.03	0.05
3	507	tight positional	0.04	0.05
4	497	tight positional	0.04	0.05
5	25	medium positional	0.76	0.5
1	1099	loose positional	0.05	5
2	367	loose positional	0.03	5
3	605	loose positional	0.07	5
4	486	loose positional	0.06	5
1	967	tight thermal	0.07	0.5
2	377	tight thermal	0.06	0.5
3	507	tight thermal	0.07	0.5
4	497	tight thermal	0.07	0.5
5	25	medium thermal	0.13	2
1	1099	loose thermal	0.06	10
2	367	loose thermal	0.06	10
3	605	loose thermal	0.07	10
4	486	loose thermal	0.07	10

LS精密化シェル

解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.409	70	-
R_work	0.37	1239	-
obs	-	-	67.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1436	-0.4146	0.9486	1.0561	-0.8136	2.216	0.0949	0.3265	-0.2069	0.1277	-0.1219	-0.0959	0.0043	0.3777	0.027	0.2734	0.0237	0.0397	0.1079	-0.0909	0.2633	38.9334	-6.1723	27.6921
2	3.1774	-0.2071	0.5029	2.1336	0.503	1.9682	-0.0277	0.127	0.0457	0.1273	-0.179	0.2645	-0.2501	-0.5534	0.2067	0.2605	0.0155	-0.0304	0.2712	-0.118	0.1769	0.7927	6.5877	21.4669

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 440
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	450
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 440
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	450

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関連情報:EMDBヘッダ

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