PDB-3oaz: A non-self sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oaz

タイトル

A non-self sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced antigenicity

要素

Fab 2G12, heavy chain
Fab 2G12, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-2M5

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Doores, K.J. / Fulton, Z. / Hong, V. / Patel, M.K. / Scanlan, C.N. / Wormald, M.R. / Finn, M.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Davis, B.G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: A nonself sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced antigenicity.
著者: Doores, K.J. / Fulton, Z. / Hong, V. / Patel, M.K. / Scanlan, C.N. / Wormald, M.R. / Finn, M.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Davis, B.G.

履歴

登録	2010年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oaz.cif.gz	364.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oaz.ent.gz	297.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oaz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oaz_validation.pdf.gz	494.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oaz_full_validation.pdf.gz	507.3 KB	表示
XML形式データ	3oaz_validation.xml.gz	46.5 KB	表示
CIF形式データ	3oaz_validation.cif.gz	69.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oaz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oayC 3ob0C 1op3 PDB 未公開エントリS 3oau C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3oay-2 3k1l-1 3zgi-d 3ob0-1 4mmm-d 5t59-d 3q01-d 3oay-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab 2G12, heavy chain

K: Fab 2G12, light chain

L: Fab 2G12, light chain

M: Fab 2G12, heavy chain

ヘテロ分子

96.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Fab 2G12, heavy chain

K: Fab 2G12, light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

L: Fab 2G12, light chain

M: Fab 2G12, heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.623, 72.092, 84.074
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
抗体 , 2種, 4分子 HMKL

#1: 抗体	Fab 2G12, heavy chain 分子量: 23716.609 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官 (発現宿主): ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab 2G12, light chain 分子量: 23201.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官 (発現宿主): ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 1種, 2分子

#5: 糖	ChemComp-2M5 / methyl 7-deoxy-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranoside / methyl 7-deoxy-L-glycero-alpha-D-manno-heptoside / methyl 7-deoxy-L-glycero-D-manno-heptoside / methyl 7-deoxy-L-glycero-manno-heptoside タイプ: D-saccharide / 分子量: 208.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₆O₆

-
非ポリマー , 3種, 1041分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1003 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.75→29.65 Å / Num. obs: 85554

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1OP3

1op3
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.75→29.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 4.91 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2175	4297	5 %	RANDOM
R_work	0.1761	-	-	-
obs	0.1782	85506	98.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.38 Å² / B_iso mean: 23.494 Å² / B_iso min: 2.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4 Å²	0 Å²	-0.91 Å²
2-	-	0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6534	0	116	1003	7653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	7052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.508	1.964	9658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.517	5	950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.669	24.113	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.927	15	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.719	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5210
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.745	1.5	4445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.338	2	7261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.393	3	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.541	4.5	2340

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	289	-
R_work	0.249	5736	-
all	-	6025	-
obs	-	-	94.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.126	0.5418	-0.1915	1.4004	-0.7288	1.306	0.0057	0.0203	-0.0043	0.0841	0.0187	-0.0443	-0.0576	-0.0167	-0.0244	0.059	0.0245	-0.0078	0.0119	0.0001	0.0116	63.2126	-6.9459	38.7264
2	0.805	-0.136	0.2947	1.1995	-0.4533	1.0771	0.0155	-0.0057	-0.1075	0.0663	0.0058	0.061	0.0576	0.0068	-0.0212	0.0426	-0.0006	0.0149	0.0458	-0.0566	0.0937	4.2728	-19.4726	14.3814
3	1.9575	-0.1063	1.5229	1.0351	-0.1878	2.7506	-0.2132	-0.3277	0.1806	0.107	0.0231	0.1617	-0.3037	-0.5178	0.1901	0.0775	0.0405	-0.0118	0.1098	-0.0333	0.0667	53.22	21.6882	23.0195
4	2.2165	0.8725	-0.0677	1.5052	-0.0967	1.049	-0.0203	0.1078	0.0308	-0.2187	-0.0973	-0.1052	-0.0062	0.1591	0.1176	0.0792	0.0298	0.0181	0.0508	0.0187	0.0648	16.854	9.8501	0.5602
5	3.1989	0.2732	0.7283	1.27	0.129	1.3762	0.0229	-0.0886	-0.1363	0.0573	-0.0588	0.0636	0.0607	0.0426	0.0359	0.0179	-0.0065	0.014	0.0366	0.0063	0.0214	24.1157	-18.0914	22.6388
6	2.4155	-0.0532	0.4978	1.0114	0.1464	0.8656	0.0453	0.0722	-0.0837	0.0368	-0.0201	0.0208	0.0748	-0.0359	-0.0252	0.0452	0.0245	0.0063	0.0682	0.0217	0.0127	43.8178	-12.4506	32.6663
7	1.7771	-0.4151	0.6182	1.2774	-0.4874	1.4869	-0.036	-0.0901	0.1211	0.035	-0.0176	-0.1024	-0.143	-0.0077	0.0536	0.0641	0.01	-0.0035	0.0148	-0.0059	0.0463	14.1779	16.1822	14.8468
8	3.0713	0.1186	0.25	1.7839	-0.5011	1.9515	0.0729	0.091	-0.1321	-0.0742	0.0394	0.1366	0.0835	-0.1891	-0.1123	0.0548	-0.0122	-0.0114	0.0339	0.0222	0.0473	53.5578	12.8795	8.8108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	K	1 - 107
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	111 - 211
4	X-RAY DIFFRACTION	4	K	111 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	M	1 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	1 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	117 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	M	117 - 226

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