PDB-3oay: A non-self sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oay

タイトル

A non-self sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced antigenicity

要素

Fab 2G12, heavy chain
Fab 2G12, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / beta-D-fructopyranose / MALONATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Doores, K.J. / Fulton, Z. / Hong, V. / Patel, M.K. / Scanlan, C.N. / Wormald, M.R. / Finn, M.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Davis, B.G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: A nonself sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced antigenicity.
著者: Doores, K.J. / Fulton, Z. / Hong, V. / Patel, M.K. / Scanlan, C.N. / Wormald, M.R. / Finn, M.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Davis, B.G.

履歴

登録	2010年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oay.cif.gz	353.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oay.ent.gz	289 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oay.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oay_validation.pdf.gz	484.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oay_full_validation.pdf.gz	494.7 KB	表示
XML形式データ	3oay_validation.xml.gz	45.8 KB	表示
CIF形式データ	3oay_validation.cif.gz	62.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oay	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oazC 3ob0C 3oau C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3oaz-2 3ob0-2 3ob0-1 4ae0-d 3zqs-d 2b26-1 1tox-2 3oaz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

K: Fab 2G12, light chain

M: Fab 2G12, heavy chain

H: Fab 2G12, heavy chain

L: Fab 2G12, light chain

ヘテロ分子

94.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

K: Fab 2G12, light chain

H: Fab 2G12, heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: Fab 2G12, heavy chain

L: Fab 2G12, light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.905, 93.258, 169.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体

Fab 2G12, light chain

分子量: 23201.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

Fab 2G12, heavy chain

分子量: 23845.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)

#3: 化合物

ChemComp-MLI / MALONATE ION

分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄

#4: 糖

ChemComp-BDF / beta-D-fructopyranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.43 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 81352

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
REFMAC	5.4.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 6.628 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2226	4103	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1818	-	-	-
obs	0.1838	81125	89.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.3 Å² / B_iso mean: 47.66 Å² / B_iso min: 28.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6526	0	38	565	7129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6869
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.582	1.957	9374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.628	5	899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.287	23.977	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.594	15	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.319	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	5121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.71	1.5	4349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.293	2	7063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.279	3	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.433	4.5	2282

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	224	-
R_work	0.235	4107	-
all	-	4331	-
obs	-	-	65.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0864	-1.5759	1.0666	2.825	-1.4414	3.235	-0.0166	0.0648	0.0734	-0.1632	-0.0195	-0.1647	-0.0372	0.1782	0.0361	-0.1196	-0.0042	0.0102	-0.1346	0.02	-0.1977	42.4462	-2.4528	-43.4569
2	2.0412	-1.2888	-1.4997	2.7031	0.8867	2.8295	-0.0137	-0.1208	-0.0489	0.0612	-0.0146	-0.0687	0.1811	0.0235	0.0283	-0.1568	-0.0267	0.0092	-0.124	0.0067	-0.204	24.1215	-24.4383	14.7231
3	2.4365	-0.4521	-2.0977	3.59	-1.2444	5.5837	-0.022	-0.3156	0.0832	0.7846	0.4507	0.6112	-0.6475	-0.3386	-0.4288	0.0922	0.0934	0.1162	0.0362	0.1294	-0.0692	16.9184	18.913	-31.5693
4	3.2885	-1.0598	0.3615	2.737	-1.5588	4.6983	0.3851	0.4714	0.3029	-0.3095	-0.1741	0.1845	-0.3942	-0.1064	-0.211	0.0564	0.0652	0.0703	-0.1103	0.0112	-0.1205	1.1688	0.7975	4.4901
5	2.2751	-0.2851	-0.6633	2.409	-0.3875	3.3023	0.0082	0.057	0.0673	0.0119	0.0158	0.0029	-0.0235	0.005	-0.024	-0.1578	0.0244	0.0315	-0.1484	0.0228	-0.213	30.6966	-19.3766	-4.9803
6	1.7884	-0.6844	-0.936	2.4913	0.048	3.1104	-0.0317	0.0275	-0.0387	0.0524	-0.0109	0.1084	0.0806	-0.0189	0.0426	-0.1608	0.0312	0.0034	-0.147	0.0177	-0.2165	38.3172	-10.3423	-23.9895
7	3.8638	0.4005	-2.0794	3.3314	0.0126	7.4267	0.6806	-0.1437	0.8846	-0.0312	-0.2054	-0.1053	-0.9328	0.2394	-0.4752	0.2566	-0.0573	0.2234	-0.0966	-0.0181	0.1377	13.7826	11.0786	7.1083
8	4.7517	-0.846	1.2645	4.8534	-2.8812	7.4151	-0.153	0.1431	-0.0123	-0.2812	0.9136	1.198	0.0277	-1.4256	-0.7606	-0.0371	-0.0771	-0.0304	0.4044	0.3871	0.2867	6.5824	6.4208	-34.0793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	K	1 - 107
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	111 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	K	111 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	M	1 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	1 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	117 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	M	117 - 228

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関連情報:EMDBヘッダ

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