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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oay | ||||||
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タイトル | A non-self sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced antigenicity | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Fab | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / beta-D-fructopyranose / MALONATE ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Doores, K.J. / Fulton, Z. / Hong, V. / Patel, M.K. / Scanlan, C.N. / Wormald, M.R. / Finn, M.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Davis, B.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A nonself sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced antigenicity. 著者: Doores, K.J. / Fulton, Z. / Hong, V. / Patel, M.K. / Scanlan, C.N. / Wormald, M.R. / Finn, M.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Davis, B.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 348.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 288.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 490.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 504.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23201.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23845.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #3: 化合物 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 81352 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.3 Å2 / Biso mean: 47.66 Å2 / Biso min: 28.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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