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- PDB-3oa6: Human MSL3 Chromodomain bound to DNA and H4K20me1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oa6
タイトルHuman MSL3 Chromodomain bound to DNA and H4K20me1 peptide
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3')
  • H4 peptide monomethylated at lysine 20
  • Male-specific lethal 3 homolog
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Chromodomain / MSL3 / histone H4 tail / DNA backbone recognition / methyllysine recognition / H4K20me1 / aromatic cage / MSL complex / transcription upregulation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


MSL complex / Rpd3S complex / histone H4K16 acetyltransferase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / methylated histone binding / HATs acetylate histones / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain ...MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DNA / DNA (> 10) / MSL complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kim, D. / Huang, P. / Rastinejad, F. / Khorasanizadeh, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Corecognition of DNA and a methylated histone tail by the MSL3 chromodomain.
著者: Kim, D. / Blus, B.J. / Chandra, V. / Huang, P. / Rastinejad, F. / Khorasanizadeh, S.
履歴
登録2010年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年8月18日ID: 3M9P
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Male-specific lethal 3 homolog
B: Male-specific lethal 3 homolog
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*G)-3')
G: H4 peptide monomethylated at lysine 20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5518
ポリマ－48,4827
非ポリマー691
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.976, 44.094, 67.500
Angle α, β, γ (deg.)81.350, 89.840, 90.040
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A10 - 91
2112B10 - 91

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 4947.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*G)-3')


分子量: 4849.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Male-specific lethal 3 homolog / Male-specific lethal-3 protein-like 1 / MSL3-like 1 / Male-specific lethal-3 homolog 1


分子量: 13101.143 Da / 分子数: 2 / 断片: Chromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSL3, MSL3L1 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: Q8N5Y2
#4: タンパク質・ペプチド H4 peptide monomethylated at lysine 20


分子量: 2687.177 Da / 分子数: 1 / 断片: Histone H4 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 2種, 109分子

#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.04M Barium acetate, 0.05M sodium cacodylate, 18% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Barium acetate11
2sodium cacodylate11
32-methyl-2,4-pentanediol11
4Barium acetate12
5sodium cacodylate12
62-methyl-2,4-pentanediol12

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.99999 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40 Å / Num. obs: 17458 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.03
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.35-2.4420.4217421.20397.6
2.44-2.5420.29917851.04197.9
2.54-2.6620.22617231.00997.8
2.66-2.820.15817650.98898.3
2.8-2.9720.11117731.01298.3
2.97-3.220.08317591.0197.3
3.2-3.5220.07316981.00695
3.52-4.0320.04617611.01298
4.03-5.0820.03917421.01397.6
5.08-4020.02817101.00294.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→9.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 20.793 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2773 880 5.1 %RANDOM
Rwork0.2265 ---
obs0.229 16389 97.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.92 Å2 / Biso mean: 77.65 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å2-0.21 Å2-0.18 Å2
2--0.2 Å20.02 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→9.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1435 1300 5 108 2848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212928
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.942.5034215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.64134057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.535170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.58522.17978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.19815266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8721519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4732858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2452345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55731373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.27322070
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.07332842
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
485TIGHT POSITIONAL0.030.05
721MEDIUM POSITIONAL0.070.5
485TIGHT THERMAL0.130.5
721MEDIUM THERMAL0.092
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.408 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 61 -
Rwork0.312 1091 -
all-1152 -
obs--92.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0017-0.0243-0.08010.37450.96376.5049-0.1190.0381-0.00780.01040.01740.0693-0.04040.1160.10170.21320.16910.11220.0381-0.09160.0917-7.367-1.6468.829
20.2965-0.3116-0.4360.33220.58754.0979-0.037-0.0659-0.1910.2067-0.00340.00450.5442-0.00570.04040.27220.0960.122-0.12160.05480.100810.903-11.561-1.568
321.2686-5.193312.78948.46613.680914.12170.2827-0.1217-1.97811.4839-1.25560.32034.8634.90850.97281.0193-0.1920.13110.6373-0.14820.5324-0.574-9.80321.061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 91
2X-RAY DIFFRACTION1B10 - 91
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 16
4X-RAY DIFFRACTION2E1 - 16
5X-RAY DIFFRACTION2D1 - 16
6X-RAY DIFFRACTION2F1 - 16
7X-RAY DIFFRACTION3G18 - 22
8X-RAY DIFFRACTION3B102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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