PDB-3o9g: Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with af53

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o9g

タイトル

Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with af53

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
著者: Nalam, M.N. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Cao, H. / Anjum, S.G. / Altman, M.D. / Yilmaz, N.K. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2010年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月28日	Group: Refinement description
改定 1.2	2011年11月23日	Group: Structure summary
改定 1.3	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.4	2014年3月19日	Group: Other
改定 1.5	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.6	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.7	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o9g.cif.gz	94.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o9g.ent.gz	73.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3o9g_validation.pdf.gz	760.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o9g_full_validation.pdf.gz	761.2 KB	表示
XML形式データ	3o9g_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	3o9g_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3o99C 3o9aC 3o9bC 3o9cC 3o9dC 3o9eC 3o9fC 3o9hC 3o9iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oxr-d 1mer-d 3o9f-d 2qi1-d 1t7i-d 1t7j-d 3saa-d 6oy2-d 3nu6-d 1g2k-d 1mrw-d 4njs-2 3zpu-d 1met-d 3em3-d 3sa4-d 2qhy-d 1bv9-d 6b36-d 1bwa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.675, 57.816, 61.741
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 protease (UNP residues 1 to 99) / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: Q90K99, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-F53 / (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl {(1S,2R)-1-benzyl-3-[(2-ethylbutyl){[4-(hydroxymethyl)phenyl]sulfonyl}amino]-2-hydroxypropyl}carbamate 分子量: 590.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₂N₂O₈S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 22322 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.65-1.71	5.4	0.371	1	94.1
1.71-1.78	6.4	0.315	1	100
1.78-1.86	6.7	0.201	1	99.9
1.86-1.96	6.7	0.127	1	100
1.96-2.08	6.8	0.083	1	100
2.08-2.24	6.8	0.064	1	100
2.24-2.46	6.9	0.053	1	100
2.46-2.82	6.9	0.042	1	100
2.82-3.55	6.9	0.028	1	100
3.55-50	6.5	0.022	1	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DENZO		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry

解像度: 1.65→42.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.501 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.1044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20339	1142	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17594	-	-	-
obs	0.17738	21130	99.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.925 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.82 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1490	0	56	136	1682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	2.019	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.844	3	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.017	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.448	25.088	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.51	15	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.12	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.581	1.5	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.172	1.5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.995	2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.62	3	616
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.483	4.5	578
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.649→1.692 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	72	-
R_work	0.261	1420	-
obs	-	-	90.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9378	-0.8759	-0.6815	2.3922	0.5039	1.9579	-0.1756	-0.1649	0.0542	0.3251	0.1323	0.0109	0.0324	0.1539	0.0432	-0.0134	0.0242	0.0171	-0.0054	0.0053	-0.0577	20.764	25.437	29.629
2	2.9003	-2.23	0.1433	1.8224	-0.0244	2.7801	-0.0437	-0.0225	-0.2047	0.144	0.0827	0.1985	0.2889	-0.0993	-0.039	-0.0125	-0.0041	0.0259	-0.05	0.0154	-0.0132	19.67	17.362	23.15
3	1.6162	0.234	0.2264	0.718	-0.7262	0.8738	-0.0002	-0.0157	-0.0524	0.0444	-0.0431	-0.019	-0.061	-0.0074	0.0433	-0.0279	0.0066	-0.0073	-0.0041	0.0037	-0.0073	27.676	28.38	19.103
4	3.5749	0.7376	0.3281	2.7533	-0.3692	0.5861	0.0083	-0.0281	-0.0471	-0.0618	0.0294	0.0785	-0.0698	-0.0559	-0.0377	-0.0329	0.004	-0.0019	-0.0246	0.0076	-0.0224	12.426	26.765	18.764
5	4.0124	-2.0828	-1.9796	3.1931	1.8461	5.1773	-0.0268	-0.2595	0.0159	0.0439	0.0257	-0.4932	0.1089	0.3329	0.0011	-0.0521	-0.019	-0.0557	-0.015	0.0276	0.0492	39.586	30.456	24.199
6	10.146	-3.7334	-2.3216	1.4046	0.9271	0.703	0.0237	0.0698	-0.1731	0.0091	-0.0883	0.0364	0.0064	-0.1548	0.0647	-0.0468	-0.0146	-0.0007	0.0153	-0.0065	0.0117	0.885	21.499	17.948
7	2.332	-0.1759	0.5995	3.3878	2.5948	4.521	0.0724	0.1057	0.0563	-0.028	0.0824	-0.281	-0.1221	0.3187	-0.1548	-0.0645	-0.0105	0.0046	-0.008	0.033	0.0055	39.589	31.61	10.448
8	5.3593	-0.6979	-1.594	3.6728	1.9458	2.9116	0.0929	0.1433	-0.0514	-0.0438	-0.085	0.3583	0.0461	-0.4102	-0.0079	-0.0484	0.0113	-0.0075	0.0154	0.0454	-0.0198	0.395	34.402	13.494
9	6.7546	-0.9356	-0.6784	0.3579	-0.0348	2.1278	0.0058	0.1329	-0.0621	-0.0529	-0.0096	0.0214	-0.0228	0.055	0.0037	-0.0249	0.0125	0.0082	-0.0222	0.0064	-0.0127	27.532	30.976	4.448
10	9.4839	-1.9859	-2.3169	1.6539	-0.4973	1.3457	0.1477	0.0739	0.1139	-0.0466	-0.0091	0.0738	-0.0807	0.0169	-0.1386	-0.0292	0.0051	-0.0022	-0.0156	-0.0027	-0.0079	12.411	39.589	11.667
11	1.362	1.159	-1.5945	3.8092	-1.6924	3.1353	-0.0475	0.1178	0.0429	0.0207	0.044	0.1831	-0.0979	-0.0246	0.0035	-0.039	-0.0097	-0.0207	-0.0106	0.0203	-0.0096	28.975	33.349	14.578
12	2.4591	-1.2973	2.7412	2.4273	-2.0468	3.3332	0.0712	0.1286	-0.0506	-0.0804	0.0019	0.1043	0.1473	0.1539	-0.0731	-0.0347	0.0092	0.0023	-0.0091	0.0095	-0.0169	10.436	29.426	12.272
13	2.0589	0.1375	-0.7086	1.7012	-1.3284	1.2666	0.0286	-0.0326	-0.0689	0.0625	-0.0541	-0.0488	0.0665	0.0535	0.0254	-0.0253	0.0076	-0.0042	-0.0203	-0.0055	0.0091	28.631	19.399	19.453
14	2.042	-1.4334	-1.6504	1.8566	0.1632	2.499	-0.0057	-0.2509	-0.0128	-0.0301	-0.0223	0.144	0.0268	-0.0405	0.028	-0.0296	0.0189	0.006	0.0259	0.0011	-0.0095	11.735	28.658	27.346
15	2.091	-1.7189	3.2547	7.677	-7.9005	9.4244	0.0434	0.1174	-0.2695	-0.4072	-0.211	-0.1319	0.1027	0.3172	0.1676	-0.066	0.0357	0.0358	0.0122	0.0122	0.0121	38.888	23.317	10.481
16	3.9059	3.9399	-4.9883	4.5259	-3.7251	9.465	0.1809	-0.1092	0.2274	0.2248	0.0521	0.2216	-0.3412	-0.0036	-0.233	-0.0419	0.0404	0.0017	-0.0111	0.0198	0.0358	1.645	36.543	21.425
17	8.2892	-2.894	-1.6432	7.1821	2.1651	8.9495	0.1135	-0.113	0.3583	0.3469	-0.0106	-0.1638	-0.3947	0.1963	-0.1029	-0.0685	-0.0314	-0.0605	-0.0623	0.0061	0.017	37.457	24.125	24.503
18	9.6954	-4.0142	0.4378	4.8915	0.7275	4.1493	-0.0316	0.2776	-0.1195	-0.1302	-0.0848	0.0279	0.2312	0.0971	0.1164	-0.0349	0.0105	0.0155	-0.0041	0.0127	-0.0192	2.598	23.022	24.275
19	1.8138	-0.4645	1.2097	2.5168	-1.9832	5.0398	0.0542	0.0397	-0.0606	0.0176	-0.1596	-0.1847	-0.0015	0.1384	0.1054	-0.0584	-0.001	0.0087	-0.0517	0.0117	0.0117	35.67	21.812	18.419
20	1.9758	0.8333	-3.6452	5.7014	-2.3858	6.8595	-0.0254	-0.0475	0.0339	0.2316	0.1048	0.3023	-0.2035	0.0709	-0.0794	-0.0963	0.0239	-0.0218	-0.0049	0.0285	-0.0094	4.019	28.408	25.551

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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