PDB-3o8s: Crystal structure of an ADP-ribose pyrophosphatase (SSU98_1448) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o8s

タイトル

Crystal structure of an ADP-ribose pyrophosphatase (SSU98_1448) from STREPTOCOCCUS SUIS 89-1591 at 2.27 A resolution

要素

ADP-ribose pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY / NUDIX PROTEIN

機能・相同性

Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / ACETATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus suis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an ADP-ribose pyrophosphatase (SSU98_1448) from STREPTOCOCCUS SUIS 89-1591 at 2.27 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o8s.cif.gz	70.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o8s.ent.gz	51.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3o8s_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o8s_full_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示
XML形式データ	3o8s_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	3o8s_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/3o8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/3o8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5zta-1 1ipi-d 5uf4-3 3fer-2 5uf4-2 3pxe-3 5v3z-1 5v42-1 2qom-1 5hwb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 371505

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

A: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.780, 64.780, 108.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	ADP-ribose pyrophosphatase / NUDIX hydrolase 分子量: 23365.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 株: 89/1591 / 遺伝子: SsuiDRAFT_3457 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: B9WTJ0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.4 % 解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-MERGE, COMPLETENESS AND
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 50.0% ethylene glycol, 5.0% polyethylene glycol 1000, 0.1M sodium acetate pH 4.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97885

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月8日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97885 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→28.97 Å / Num. obs: 10944 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 52.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.09

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.27-2.35		0.761	2.3	7656	1982	98.9
2.35-2.44		0.57	2.9	7533	1945	99.1
2.44-2.56		0.4	4	8383	2155	98.2
2.56-2.69		0.286	5.7	7620	1952	98.2
2.69-2.86		0.185	8	7840	2010	98.5
2.86-3.08		0.11	12.6	7838	1999	98.1
3.08-3.39		0.064	19.9	7872	2002	97.8
3.39-3.87		0.039	29.6	7621	1931	97.4
3.87-4.87		0.026	41.6	7902	1998	96.9
	4.87	0.024	45.7	7765	1961	94

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER-TNT	BUSTER 2.8.0	精密化
XSCALE		data processing
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Rosetta		位相決定
PHASER		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.27→28.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9475 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9375 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. 1,2-ETHANEDIOL (EDO) AND ACETATE (ACT) FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITION ARE MODELED INTO THE STRUCTURE. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2179	959	8.78 %	RANDOM
R_work	0.1906	-	-	-
obs	0.1931	10920	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.35 Å² / B_iso mean: 61.3391 Å² / B_iso min: 32.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.4675 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.4675 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.9349 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→28.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1046	0	24	35	1105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	499	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	37	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	149	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1083	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	136	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1203	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1083	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1460	HARMONIC	2	1.07
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.69
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.87

LS精密化シェル

解像度: 2.27→2.49 Å / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2144	192	7.42 %
R_work	0.192	2394	-
all	0.1937	2586	-

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 16.6105 Å / Origin y: 36.7788 Å / Origin z: 51.912 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2379 Å²	0.0425 Å²	0.0089 Å²	-	0.1112 Å²	0.0088 Å²	-	-	-0.1745 Å²
L	3.1357 °²	0.0389 °²	-0.5016 °²	-	1.0587 °²	-0.4393 °²	-	-	6.8452 °²
S	-0.0629 Å °	-0.4622 Å °	0.047 Å °	-0.0718 Å °	0.0957 Å °	0.2468 Å °	-0.1676 Å °	-1.08 Å °	-0.0328 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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