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- PDB-3o8j: Crystal structure of 2-methylcitrate synthase (PrpC) from Salmone... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o8j
タイトルCrystal structure of 2-methylcitrate synthase (PrpC) from Salmonella typhimurium
要素2-methylcitrate synthase
キーワードTRANSFERASE / Short chain fatty acids / propionate metabolism / 2-methylcitric acid cycle / PrpC or 2-MCS / GltA or CS / Citrate synthase / 2-methylcitrate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-methylcitrate synthase / 2-methylcitrate synthase activity / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / citrate synthase activity / citrate synthase (unknown stereospecificity) / : / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase ...2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methylcitrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Chittori, S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of Salmonella typhimurium 2-methylcitrate synthase: Insights on domain movement and substrate specificity
著者: Chittori, S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2010年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-methylcitrate synthase
B: 2-methylcitrate synthase
C: 2-methylcitrate synthase
D: 2-methylcitrate synthase
E: 2-methylcitrate synthase
F: 2-methylcitrate synthase
G: 2-methylcitrate synthase
H: 2-methylcitrate synthase
I: 2-methylcitrate synthase
J: 2-methylcitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)450,80321
ポリマ－449,79010
非ポリマー1,01311
水21,2221178
1
A: 2-methylcitrate synthase
B: 2-methylcitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1424
ポリマ－89,9582
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area26980 Å2
手法PISA
2
C: 2-methylcitrate synthase
D: 2-methylcitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0503
ポリマ－89,9582
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area26940 Å2
手法PISA
3
E: 2-methylcitrate synthase
F: 2-methylcitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3266
ポリマ－89,9582
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
4
G: 2-methylcitrate synthase
H: 2-methylcitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1424
ポリマ－89,9582
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area27100 Å2
手法PISA
5
I: 2-methylcitrate synthase
J: 2-methylcitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1424
ポリマ－89,9582
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.068, 118.159, 120.659
Angle α, β, γ (deg.)60.84, 67.77, 81.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
2-methylcitrate synthase / PrpC / Methylcitrate synthase / Citrate synthase 2


分子量: 44978.984 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
株: enterica serovar Typhimurium / 遺伝子: prpC, STM0369 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q56063, 2-methylcitrate synthase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M Bicine, 18% PEG 4000, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M trisodium citrate , pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月6日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 160794 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 22.17
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 4.18 / % possible all: 72.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: N- (1-12) and C- terminal (361-378) deletion construct of the AbGltA (PDB: 1A59) dimer

1a59


解像度: 2.41→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 22.088 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28247 7257 5 %RANDOM
Rwork0.21762 ---
obs0.22094 137700 91.02 %-
all-159324 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.815 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.71 Å20 Å20.1 Å2
2---0.05 Å21.47 Å2
3----3.17 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.367 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27985 0 66 1178 29229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02128712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.94738971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.44353611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.84923.4531286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.784154603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.38715191
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.24303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02121887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4111.517992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.762228869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.086310720
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7514.510102
LS精密化 シェル解像度: 2.406→2.469 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 438 -
Rwork0.24 8698 -
obs--77.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68090.0376-0.0780.4690.18530.58110.00420.03540.0545-0.06630.0227-0.09340.01040.0839-0.02690.0166-0.00140.02830.0275-0.0050.0718-39.0331-65.9082-79.342
20.5838-0.078-0.06960.3840.08070.94230.03430.0861-0.0452-0.0945-0.05320.0132-0.0161-0.17620.01880.02530.01090.00080.0524-0.02770.0618-69.3846-73.8132-81.534
30.70520.03070.0960.5579-0.07370.75480.01130.0065-0.02730.0737-0.0042-0.11440.15770.3239-0.00710.04790.0724-0.01690.1453-0.01350.0649-26.7913-82.5697-40.4181
40.63830.0580.0510.76060.14910.84140.0080.0519-0.10060.0137-0.0027-0.02640.34290.019-0.00530.1550.00190.00140.0072-0.01020.0593-52.4305-99.1818-50.1646
50.45460.16840.06760.6681-0.04030.7112-0.0173-0.0802-0.00210.1203-0.0018-0.0725-0.06930.05930.01910.0320.0025-0.02030.0240.0020.0325-43.4502-56.6706-8.8096
60.49940.04710.13930.7006-0.09110.67270.0008-0.0483-0.07240.09860.01630.08540.1435-0.0123-0.0170.05430.00390.01720.00940.02050.0505-62.7562-81.1714-11.2173
70.6408-0.0935-0.06480.58810.12210.79290.0057-0.02960.12-0.02030.0161-0.0377-0.2069-0.0144-0.02180.05780.00240.00770.0039-0.00560.048-64.7795-23.7861-27.7793
80.5362-0.0665-0.01680.43740.13830.6209-0.0284-0.02390.00210.0766-0.02360.08070.0084-0.13650.0520.01640.00250.02380.03390.00080.0739-86.1579-44.9345-18.7477
90.3898-0.02690.14320.5449-0.04610.73430.0130.08040.0814-0.0691-0.0296-0.0177-0.15570.07180.01660.0507-0.0030.01610.0210.02250.0599-62.3173-29.5171-71.7214
100.67550.0108-0.01050.6376-0.11180.5925-0.00580.00190.00910.02820.02740.1454-0.1474-0.209-0.02160.03810.04920.00980.0813-0.00110.0674-90.5197-40.3252-62.855
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 389
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 389
3X-RAY DIFFRACTION3C26 - 388
4X-RAY DIFFRACTION4D28 - 389
5X-RAY DIFFRACTION5E26 - 389
6X-RAY DIFFRACTION6F26 - 389
7X-RAY DIFFRACTION7G26 - 389
8X-RAY DIFFRACTION8H28 - 389
9X-RAY DIFFRACTION9I28 - 389
10X-RAY DIFFRACTION10J26 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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