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- PDB-6wgy: Crystal structure of a Putative citrate synthase 2 from Mycobacte... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wgy | ||||||
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Title | Crystal structure of a Putative citrate synthase 2 from Mycobacterium bovis in complex with citrate | ||||||
![]() | Putative citrate synthase 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SSGCID / citA / citrate synthase A / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() citrate synthase activity / citrate synthase (unknown stereospecificity) / tricarboxylic acid cycle Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a Putative citrate synthase 2 from Mycobacterium bovis in complex with citrate Authors: Abendroth, J. / Yano, J.K. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 699.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 481.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 63.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 90.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 41076.656 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: MyboA.00896.a.AE1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-935 / AF2122/97 / Gene: citA, BQ2027_MB0913C / Plasmid: MyboA.00896.a.AE1 Production host: ![]() ![]() Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P63778, citrate synthase (unknown stereospecificity) #2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Micolytic MCSG-1 screen, condition D7: 20% (w/V) PEG 3000, 100mM sodium citrate tribasic / citric acid pH 5.5: MyboA.00896.a.AE1.PS38615 (originally labelled as MythA.10611.a.AE1.PS38615) at ...Details: Micolytic MCSG-1 screen, condition D7: 20% (w/V) PEG 3000, 100mM sodium citrate tribasic / citric acid pH 5.5: MyboA.00896.a.AE1.PS38615 (originally labelled as MythA.10611.a.AE1.PS38615) at 34.35 mg/ml. For phasing the crystal was incubated for 20sec in a mix of 90% reservoir and 10% 2.5M NaI in ethylene glycol, followed by an incubation for 20sec in 80% reservoir and 20% 2.5M NaI in ethylene glycol. The sample was then vitirfied. tray 314035d7: cryo: 20% PEG with 2.5M NaI: puck dvf9-2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Feb 17, 2020 / Details: RIGAKU VARIMAX HF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 87868 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 14.398 % / Biso Wilson estimate: 46.634 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 19.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→47.43 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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