[日本語] English
万見
- PDB-3o88: Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a sulfon... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o88
タイトルCrystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a sulfonamide boronic acid inhibitor
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Contains alpha helices and a beta sandwich / Beta-lactamase-like fold / AMPC beta-Lactamase / class C / cephalosporinase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BSH / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Eidam, O. / Romagnoli, C. / Karpiak, J. / Shoichet, B.K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Design, Synthesis, Crystal Structures, and Antimicrobial Activity of Sulfonamide Boronic Acids as beta-Lactamase Inhibitors
著者: Eidam, O. / Romagnoli, C. / Caselli, E. / Babaoglu, K. / Pohlhaus, D.T. / Karpiak, J. / Bonnet, R. / Shoichet, B.K. / Prati, F.
履歴
登録2010年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9975
ポリマ－79,1762
非ポリマー8213
水13,403744
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0463
ポリマ－39,5881
非ポリマー4582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9512
ポリマ－39,5881
非ポリマー3631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.030, 77.390, 97.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Cephalosporinase


分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 断片: Beta-lactamase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: POGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-BSH / 3-[(2R)-2-[(benzylsulfonyl)amino]-2-(dihydroxyboranyl)ethyl]benzoic acid


分子量: 363.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18BNO6S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 744 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 1.7 M Potassium Phosphate, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115872 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月21日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→30 Å / Num. all: 95186 / Num. obs: 95186 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1.99 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.05 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.64-1.720.4482.53886112732199.5
1.72-1.880.2454.45947119405199.6
1.88-2.030.1248.64023213133199.5
2.03-2.220.07214.23647111865199.2
2.22-2.480.05119.13326610886199.1
2.48-2.860.0424293029622198.7
2.86-3.490.0332240028071197.8
3.49-4.90.02338.2191046297197.5
4.9-300.0223893493175184.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.6_289位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1KE4

1ke4


解像度: 1.64→29.539 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.8535 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2103 1904 2 %Random
Rwork0.1806 ---
obs0.1812 95179 98.64 %-
all-95186 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.777 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 66.19 Å2 / Biso mean: 25.8915 Å2 / Biso min: 9.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0624 Å2-0 Å24.6707 Å2
2--2.8267 Å20 Å2
3----1.7643 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→29.539 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5515 0 55 744 6314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3748000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093871
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2722088
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.64-1.6810.27391370.26056717685499
1.681-1.72650.24541360.247366796815100
1.7265-1.77730.27881360.240666736809100
1.7773-1.83460.27411380.231867366874100
1.8346-1.90020.26651360.22566667680399
1.9002-1.97620.2291360.205166886824100
1.9762-2.06620.211380.190967406878100
2.0662-2.17510.21591370.1866705684299
2.1751-2.31130.19921360.1826660679699
2.3113-2.48970.23591370.18286727686499
2.4897-2.740.23511360.1946665680199
2.74-3.13620.22341360.18296674681098
3.1362-3.94970.18921360.14746663679998
3.9497-29.54360.15071290.14616281641091

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る