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- PDB-3o7u: Crystal structure of Cytosine Deaminase from Escherichia Coli com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o7u
タイトルCrystal structure of Cytosine Deaminase from Escherichia Coli complexed with zinc and phosphono-cytosine
要素Cytosine deaminase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / (beta-alpha)8 barrel / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosine catabolic process / isoguanine deaminase activity / cytosine deaminase / cytosine deaminase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / ferrous iron binding / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Amidohydrolase 3 / Amidohydrolase family / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...: / Amidohydrolase 3 / Amidohydrolase family / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O7U / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PXN / Cytosine deaminase / Cytosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.708 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Hall, R.S. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Three-dimensional structure and catalytic mechanism of Cytosine deaminase.
著者: Hall, R.S. / Fedorov, A.A. / Xu, C. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Raushel, F.M.
履歴
登録2010年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32012年3月7日Group: Structure summary
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月4日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,05613
ポリマ－47,6451
非ポリマー1,41112
水4,558253
1
A: Cytosine deaminase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,33678
ポリマ－285,8696
非ポリマー8,46772
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation16_454y-2/3,x+2/3,-z-1/31
crystal symmetry operation17_554x-y+1/3,-y+2/3,-z-1/31
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
Buried area40090 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area75160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.212, 145.212, 200.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-429-

ZN

21A-522-

HOH

31A-524-

HOH

41A-618-

HOH

51A-637-

HOH

61A-647-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytosine deaminase


分子量: 47644.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: codA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53ZC8, UniProt: P25524*PLUS

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非ポリマー , 6種, 265分子

#2: 化合物 ChemComp-PXN / (2S)-1-[3-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}-2,2-bis({[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}methyl)propoxy]propan-2-ol / PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH)


分子量: 368.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36O8
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-O7U / (2R)-2-amino-2,5-dihydro-1,5,2-diazaphosphinin-6(1H)-one 2-oxide


分子量: 147.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6N3O2P
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 35% Pentaerythritol Propoxylate, 0.05M Hepes, 0.2M Potassium Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.708→39.208 Å / Num. all: 86951 / Num. obs: 86951 / % possible obs: 98.94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 23.09 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K6W

1k6w


解像度: 1.708→39.208 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1931 4360 5.01 %
Rwork0.1731 --
obs0.1741 86951 98.94 %
all-86951 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.946 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0616 Å20 Å2-0 Å2
2--2.0616 Å2-0 Å2
3----4.1232 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.708→39.208 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3313 0 86 253 3652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0174732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5321288
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7077-1.72710.3115910.32931972X-RAY DIFFRACTION71
1.7271-1.74740.34241410.30472700X-RAY DIFFRACTION98
1.7474-1.76870.28861580.29322764X-RAY DIFFRACTION100
1.7687-1.79110.3041420.27992737X-RAY DIFFRACTION100
1.7911-1.81470.30551410.26182756X-RAY DIFFRACTION100
1.8147-1.83950.27011550.24592770X-RAY DIFFRACTION100
1.8395-1.86580.30241440.24722710X-RAY DIFFRACTION100
1.8658-1.89360.2531380.2382788X-RAY DIFFRACTION100
1.8936-1.92320.25961610.22052746X-RAY DIFFRACTION100
1.9232-1.95480.19781450.20682767X-RAY DIFFRACTION100
1.9548-1.98850.22071440.20282804X-RAY DIFFRACTION100
1.9885-2.02460.2261550.19332750X-RAY DIFFRACTION100
2.0246-2.06360.17451230.17442800X-RAY DIFFRACTION100
2.0636-2.10570.20291540.17722770X-RAY DIFFRACTION100
2.1057-2.15150.20231570.17572723X-RAY DIFFRACTION100
2.1515-2.20150.18351400.17162794X-RAY DIFFRACTION100
2.2015-2.25660.18241400.16592766X-RAY DIFFRACTION100
2.2566-2.31760.19011590.16192773X-RAY DIFFRACTION100
2.3176-2.38580.17931390.16092783X-RAY DIFFRACTION100
2.3858-2.46270.19341570.16032772X-RAY DIFFRACTION100
2.4627-2.55080.20291610.1582763X-RAY DIFFRACTION100
2.5508-2.65290.17271410.15632766X-RAY DIFFRACTION100
2.6529-2.77360.20431250.16182820X-RAY DIFFRACTION100
2.7736-2.91970.19681530.16172795X-RAY DIFFRACTION100
2.9197-3.10260.18281460.1572787X-RAY DIFFRACTION100
3.1026-3.3420.17881370.1482829X-RAY DIFFRACTION100
3.342-3.67810.15251410.13822802X-RAY DIFFRACTION100
3.6781-4.20980.14891600.13882812X-RAY DIFFRACTION100
4.2098-5.30190.15251510.1382840X-RAY DIFFRACTION100
5.3019-39.21840.17391610.17062932X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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