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- PDB-3o76: 1.8 Angstroms molecular structure of mouse liver glutathione S-tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o76
タイトル1.8 Angstroms molecular structure of mouse liver glutathione S-transferase mutant C47A complexed with S-(P-nitrobenzyl)glutathione
要素Glutathione S-transferase P 1
キーワードTRANSFERASE / TRANSFERASE(GLUTATHIONE)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neutrophil aggregation / Paracetamol ADME / Glutathione conjugation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of leukocyte proliferation / common myeloid progenitor cell proliferation / cellular response to cell-matrix adhesion / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / response to L-ascorbic acid ...negative regulation of neutrophil aggregation / Paracetamol ADME / Glutathione conjugation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of leukocyte proliferation / common myeloid progenitor cell proliferation / cellular response to cell-matrix adhesion / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / response to L-ascorbic acid / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / JUN kinase binding / oligodendrocyte development / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of JNK cascade / prostaglandin metabolic process / negative regulation of interleukin-1 beta production / cellular response to glucocorticoid stimulus / regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / animal organ regeneration / response to amino acid / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Neutrophil degranulation / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / cellular response to epidermal growth factor stimulus / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to nutrient levels / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to toxic substance / cellular response to insulin stimulus / response to estradiol / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / inflammatory response / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase P 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Canals, A. / Coll, M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Site-directed mutagenesis of mouse glutathione transferase P1-1 unlocks masked cooperativity, introduces a novel mechanism for 'ping pong' kinetic behaviour, and provides further ...タイトル: Site-directed mutagenesis of mouse glutathione transferase P1-1 unlocks masked cooperativity, introduces a novel mechanism for 'ping pong' kinetic behaviour, and provides further structural evidence for participation of a water molecule in proton abstraction from glutathione.
著者: McManus, G. / Costa, M. / Canals, A. / Coll, M. / Mantle, T.J.
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase P 1
B: Glutathione S-transferase P 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8294
ポリマ－46,9442
非ポリマー8852
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.612, 60.612, 233.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase P 1 / Gst P1 / GST YF-YF / GST-piB / GST class-pi / Preadipocyte growth factor


分子量: 23471.898 Da / 分子数: 2 / 変異: C47A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gstp1, Gstpib / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19157, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GTB / S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE


分子量: 442.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N4O8S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4
詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M sodium citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9114
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月25日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9114 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→20 Å / Num. obs: 43759 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.77→1.87 Å / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1GLQ

1glq


解像度: 1.77→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.464 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 3078 7.2 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 39924 98.5 %-
all-39924 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3306 0 60 409 3775
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223440
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1421.9954658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7565416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.4324.43158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55515580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8531520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4461.52153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.67123334
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.19231482
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7864.51324
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 185 -
Rwork0.252 2288 -
obs--78.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5664-0.3432-0.5661.30270.14732.1656-0.11660.1911-0.10540.2045-0.05130.24960.1504-0.43480.168-0.0449-0.03550.0932-0.0107-0.03790.015357.15532.043796.7905
20.93040.0247-0.77712.08260.11831.00310.1361-0.10710.05070.5465-0.02710.0092-0.04480.2263-0.10890.1194-0.01970.0249-0.0762-0.015-0.082175.120844.9657108.3586
34.298610.5871-7.999734.1302-27.233421.9283-0.53540.51630.4210.54341.19081.25060.1972-1.1322-0.65530.13690.02360.2114-0.06930.0469-0.003160.740725.8125108.6218
420.9923-3.3289-2.67560.8710.79760.74710.2067-0.63130.71420.5866-0.1893-0.2926-0.0385-0.2773-0.01750.18680.01180.1414-0.10730.0203-0.038563.497751.2304110.0951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 209
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3A210
4X-RAY DIFFRACTION4B210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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