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万見
- PDB-3o71: Crystal structure of ERK2/DCC peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o71
タイトルCrystal structure of ERK2/DCC peptide complex
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 1
  • Peptide of Deleted in Colorectal Cancer
キーワードTRANSFERASE/PROTEIN BINDING / protein-peptide complex / Kinase / DCC / TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Netrin-1 signaling / DCC mediated attractive signaling / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / netrin receptor activity / dorsal/ventral axon guidance / spinal cord ventral commissure morphogenesis / anterior/posterior axon guidance / phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation ...Netrin-1 signaling / DCC mediated attractive signaling / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / netrin receptor activity / dorsal/ventral axon guidance / spinal cord ventral commissure morphogenesis / anterior/posterior axon guidance / phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Growth hormone receptor signaling / Spry regulation of FGF signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Signal attenuation / NCAM signaling for neurite out-growth / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of the apoptosome activity / Signaling by Activin / Negative regulation of FGFR2 signaling / Signal transduction by L1 / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Negative regulation of MAPK pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interferon gamma signaling / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / growth cone membrane / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / MAP2K and MAPK activation / neural crest cell development / Recycling pathway of L1 / corpus callosum development / cellular response to toxic substance / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / cellular response to methionine / response to epidermal growth factor / positive regulation of macrophage proliferation / response to alcohol / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / regulation of Golgi inheritance / labyrinthine layer blood vessel development / RAF/MAP kinase cascade / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / optic nerve development / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / axon development / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of cytoskeleton organization / response to exogenous dsRNA / face development / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / response to testosterone / pseudopodium / Bergmann glial cell differentiation / androgen receptor signaling pathway / thyroid gland development / steroid hormone receptor signaling pathway / decidualization / MAP kinase activity / negative regulation of cell differentiation / regulation of ossification / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / phosphatase binding / Schwann cell development / progesterone receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade
類似検索 - 分子機能
Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Immunoglobulin domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain ...Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Immunoglobulin domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Mitogen-activated protein kinase 1 / Netrin receptor DCC
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ma, W.F. / Shang, Y. / Wei, Z.Y. / Wen, W.Y. / Wang, W.N. / Zhang, M.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Phosphorylation of DCC by ERK2 is facilitated by direct docking of the receptor P1 domain to the kinase
著者: Ma, W. / Shang, Y. / Wei, Z. / Wen, W. / Wang, W. / Zhang, M.
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
B: Peptide of Deleted in Colorectal Cancer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8014
ポリマ－44,6842
非ポリマー1162
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.178, 87.178, 94.459
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-511-

HOH

21A-521-

HOH

31A-532-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / Mitogen-activated protein ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / ERT1


分子量: 41330.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mapk1, Erk2, Mapk, Prkm1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63086, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Peptide of Deleted in Colorectal Cancer / Deleted in colorectal carcinoma / isoform CRA_a


分子量: 3353.870 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1140-1166 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in rats / 参照: UniProt: Q63155
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.1 M HEPES, pH 6.9, 18% PEG3350, and 0.12 M KSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 30642 / Num. obs: 30642 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 3.59 / Num. unique all: 1538 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→47.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.144 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1547 5 %RANDOM
Rwork0.19894 ---
all0.20097 29094 --
obs0.20097 29094 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.177 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2823 0 6 176 3005
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9761.9753955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7795352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.723.929140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.37315519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3181520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.19421759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08132850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.06841159
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.81961101
LS精密化 シェル解像度: 1.952→2.003 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 114 -
Rwork0.272 2137 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
126.5904-42.173214.120552.4541-18.95585.13990.59581.4641-0.3239-1.9486-0.64341.54060.64510.11080.04761.3151-0.6873-0.05511.8123-0.33970.3934-38.0724.2125.302
289.9946-7.350421.39581.997-3.039717.98931.19260.1927-2.9321-0.8625-0.29730.08851.3735-0.374-0.89530.8627-0.05320.2150.5648-0.01680.5121-17.518-16.0978.819
33.1472-2.5278-0.1155.10964.35725.4785-0.11930.04540.5889-0.3774-0.03960.22640.11590.34660.15890.86440.0771-0.25080.4427-0.06850.4844-28.9262.4737.7
48.75970.0892-2.08843.9081-1.97981.4584-0.10470.432-0.1849-0.07020.1020.13670.0679-0.19770.00280.1483-0.02980.00250.1471-0.05320.044-36.3655.40524.481
51.09490.3869-0.22232.99141.30934.2751-0.02070.03340.023-0.0512-0.0371-0.13570.12060.03570.05780.0212-0.02210.02820.0575-0.03360.1321-24.295-17.37230.251
60.574-0.0512-0.25011.3608-0.25121.0067-0.0192-0.1041-0.01980.14-0.0251-0.2660.02060.07130.04430.0328-0.0166-0.02510.0877-0.03670.1293-23.789-18.17137.596
70.6485-0.6676-0.27882.6708-0.26260.97850.00770.18380.0127-0.289-0.054-0.2099-0.0382-0.04190.04630.0629-0.04590.03060.1215-0.02740.0827-23.708-3.86721.838
82.135-1.7042-0.88554.16671.46381.33030.0629-0.08210.09290.0133-0.03160.0094-0.195-0.2368-0.03130.08630.00810.03070.1397-0.01280.0999-35.162-11.37436.399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2B1148 - 1155
3X-RAY DIFFRACTION3A20 - 50
4X-RAY DIFFRACTION4A51 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5A204 - 223
6X-RAY DIFFRACTION6A224 - 335
7X-RAY DIFFRACTION7A72 - 174
8X-RAY DIFFRACTION8A180 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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