PDB-3o70: PHD-type zinc finger of human PHD finger protein 13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o70

タイトル

PHD-type zinc finger of human PHD finger protein 13

要素

PHD finger protein 13

キーワード

PROTEIN BINDING / PHF13 / Structural Genomics Consortium / SGC / structural genomics / PHD-type zinc finger / zinc ion binding

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin-protein adaptor activity / mitotic chromosome condensation / histone H3K9me2/3 reader activity / : / chromosome segregation / mitotic cell cycle / cell division / DNA damage response / chromatin binding / zinc ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Lam, R. / Bian, C.B. / Xu, C. / Kania, J. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: PHF13 is a molecular reader and transcriptional co-regulator of H3K4me2/3.
著者: Chung, H.R. / Xu, C. / Fuchs, A. / Mund, A. / Lange, M. / Staege, H. / Schubert, T. / Bian, C. / Dunkel, I. / Eberharter, A. / Regnard, C. / Klinker, H. / Meierhofer, D. / Cozzuto, L. / ...

履歴

登録	2010年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2016年6月22日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o70.cif.gz	40 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o70.ent.gz	25.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3o70_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o70_full_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示
XML形式データ	3o70_validation.xml.gz	4.7 KB	表示
CIF形式データ	3o70_validation.cif.gz	5.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o70	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o7aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v2d-4 6yhz-d 2bf5-2 3ob9-5 1bqt-d 6cfn-6 1egl-d 5jbm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHD finger protein 13

ヘテロ分子

8.31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: PHD finger protein 13

ヘテロ分子

A: PHD finger protein 13

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.315, 58.315, 73.231
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	PHD finger protein 13 分子量: 7999.359 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD-type zinc finger (unp residues 232-281) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF13 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q86YI8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 20% PEG8000, 0.1M CHES pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月24日 / 詳細: double crystal monochromator

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 11409 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.5 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 16.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.89	14	0.496	1	99.9
1.89-1.94	15.6	0.398	1	100
1.94-1.99	15.8	0.314	1	100
1.99-2.05	16	0.23	1	100
2.05-2.12	15.9	0.181	1	100
2.12-2.19	16	0.136	1	100
2.19-2.28	16	0.111	1	100
2.28-2.39	15.9	0.095	1	100
2.39-2.51	15.9	0.074	1	100
2.51-2.67	15.9	0.065	1	100
2.67-2.87	15.8	0.062	1	100
2.87-3.16	15.7	0.067	1	100
3.16-3.62	15.5	0.06	1	100
3.62-4.56	15.2	0.036	1	100
4.56-50	13.6	0.035	1	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.85 Å / D res low: 29.16 Å / FOM acentric: 0.458 / FOM centric: 0.178 / Reflection acentric: 9304 / Reflection centric: 2013

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	1.85	29.16	9304	2013
ANO_1	0.576	0	1.85	29.16	9304	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	7.97-29.16	0	79	95
ISO_1	5.75-7.97	0	166	98
ISO_1	4.72-5.75	0	228	100
ISO_1	4.1-4.72	0	274	98
ISO_1	3.68-4.1	0	319	99
ISO_1	3.36-3.68	0	355	100
ISO_1	3.12-3.36	0	385	103
ISO_1	2.92-3.12	0	422	97
ISO_1	2.75-2.92	0	452	103
ISO_1	2.61-2.75	0	485	102
ISO_1	2.49-2.61	0	506	106
ISO_1	2.39-2.49	0	539	104
ISO_1	2.29-2.39	0	551	89
ISO_1	2.21-2.29	0	588	106
ISO_1	2.13-2.21	0	598	105
ISO_1	2.07-2.13	0	630	99
ISO_1	2.01-2.07	0	643	98
ISO_1	1.95-2.01	0	670	103
ISO_1	1.9-1.95	0	697	103
ISO_1	1.85-1.9	0	717	105
ANO_1	7.97-29.16	0.365	79	0
ANO_1	5.75-7.97	0.214	166	0
ANO_1	4.72-5.75	0.256	228	0
ANO_1	4.1-4.72	0.286	274	0
ANO_1	3.68-4.1	0.341	319	0
ANO_1	3.36-3.68	0.5	355	0
ANO_1	3.12-3.36	0.464	385	0
ANO_1	2.92-3.12	0.477	422	0
ANO_1	2.75-2.92	0.467	452	0
ANO_1	2.61-2.75	0.48	485	0
ANO_1	2.49-2.61	0.494	506	0
ANO_1	2.39-2.49	0.582	539	0
ANO_1	2.29-2.39	0.731	551	0
ANO_1	2.21-2.29	0.77	588	0
ANO_1	2.13-2.21	0.823	598	0
ANO_1	2.07-2.13	0.894	630	0
ANO_1	2.01-2.07	0.928	643	0
ANO_1	1.95-2.01	0.961	670	0
ANO_1	1.9-1.95	0.973	697	0
ANO_1	1.85-1.9	0.986	717	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	40.823	54.637	9.021	ZN	37.2	2.44
2	41.456	61.059	-2.566	ZN	39.59	2.34

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
7.97-29.16	0.725	0.224	79	95
5.75-7.97	0.745	0.183	166	98
4.72-5.75	0.655	0.22	228	100
4.1-4.72	0.659	0.176	274	98
3.68-4.1	0.61	0.151	319	99
3.36-3.68	0.552	0.153	355	100
3.12-3.36	0.567	0.152	385	103
2.92-3.12	0.572	0.183	422	97
2.75-2.92	0.594	0.194	452	103
2.61-2.75	0.598	0.22	485	102
2.49-2.61	0.601	0.187	506	106
2.39-2.49	0.564	0.188	539	104
2.29-2.39	0.471	0.168	551	89
2.21-2.29	0.449	0.187	588	106
2.13-2.21	0.41	0.165	598	105
2.07-2.13	0.354	0.175	630	99
2.01-2.07	0.318	0.147	643	98
1.95-2.01	0.279	0.155	670	103
1.9-1.95	0.254	0.167	697	103
1.85-1.9	0.236	0.163	717	105

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 11317

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
5.48-100	58.6	0.798	501
4.28-5.48	56.4	0.91	513
3.71-4.28	55.1	0.91	508
3.35-3.71	55	0.92	509
3.1-3.35	56.6	0.913	514
2.91-3.1	49.5	0.904	504
2.76-2.91	54	0.908	501
2.64-2.76	53.4	0.892	502
2.53-2.64	54.5	0.886	508
2.44-2.53	48.6	0.871	508
2.36-2.44	55.5	0.833	508
2.29-2.36	61.2	0.833	501
2.23-2.29	59.2	0.849	501
2.17-2.23	57	0.853	508
2.12-2.17	60.8	0.866	512
2.07-2.12	61.4	0.855	508
2.03-2.07	67.6	0.854	517
1.99-2.03	65.5	0.851	516
1.95-1.99	66.4	0.831	516
1.92-1.95	66.7	0.817	540
1.88-1.92	73	0.78	550
1.85-1.88	76.4	0.708	572

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC	refmac_5.6.0081	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MxDC		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→27.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.913 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18763	540	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18405	-	-	-
obs	0.18422	10775	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	443	0	14	41	498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	464
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.215	1.965	620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.435	5	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.148	22.632	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.189	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.227	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	33	-
R_work	0.213	788	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.696 Å / Origin y: 19.711 Å / Origin z: 34.077 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0948 Å²	-0.0131 Å²	0.0296 Å²	-	0.0337 Å²	-0.0199 Å²	-	-	0.0577 Å²
L	1.864 °²	-0.4929 °²	-0.5548 °²	-	1.1896 °²	0.3576 °²	-	-	3.1831 °²
S	0.0415 Å °	0.0492 Å °	-0.0618 Å °	-0.1132 Å °	-0.1485 Å °	0.1372 Å °	0.1948 Å °	-0.1676 Å °	0.107 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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