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- PDB-3o6z: Structure of the D152A E.coli GDP-mannose hydrolase (yffh) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o6z
タイトルStructure of the D152A E.coli GDP-mannose hydrolase (yffh) in complex with Mg++
要素GDP-mannose pyrophosphatase nudK
キーワードHYDROLASE / nudix / GDP_mannose / biofilm
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-mannose hydrolase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate pyrophosphatase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / GDP-mannose pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Amzel, L.M. / Gabelli, S.B. / Boto, A.N.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structural studies of the Nudix GDP-mannose hydrolase from E. coli reveals a new motif for mannose recognition.
著者: Boto, A.N. / Xu, W. / Jakoncic, J. / Pannuri, A. / Romeo, T. / Bessman, M.J. / Gabelli, S.B. / Amzel, L.M.
履歴
登録2010年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-mannose pyrophosphatase nudK
B: GDP-mannose pyrophosphatase nudK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,93710
ポリマ－43,4592
非ポリマー4788
水5,927329
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area17450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.916, 69.333, 99.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GDP-mannose pyrophosphatase nudK


分子量: 21729.623 Da / 分子数: 2 / 変異: D152A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2467, JW2451, nudK, yffH / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P37128, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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非ポリマー , 5種, 337分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20-26% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 4 mM GDP-mannose at a ratio of 1:1 protein:reservoir, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→20.47 Å / Num. obs: 26521 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 2.956 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.03-2.15.60.37426082.24498.1
2.1-2.196.50.3126312.409100
2.19-2.296.60.23726732.475100
2.29-2.416.40.21626682.64599.9
2.41-2.566.40.14626702.84899.7
2.56-2.766.20.11626693.12499.5
2.76-3.036.10.08526263.42297.5
3.03-3.476.70.06227143.45599.7
3.47-4.375.30.05525563.6193.4
4.37-505.20.05327063.51493.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3O52

3o52


解像度: 2.05→20.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / WRfactor Rfree: 0.2731 / WRfactor Rwork: 0.2147 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7718 / SU B: 9.966 / SU ML: 0.152 / SU R Cruickshank DPI: 0.2777 / SU Rfree: 0.2387 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3033 1280 5.1 %RANDOM
Rwork0.2347 ---
obs0.2383 25302 96.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.34 Å2 / Biso mean: 34.263 Å2 / Biso min: 15.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.92 Å20 Å20 Å2
2---0.91 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2969 0 27 329 3325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.9754092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5615364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.40824.771153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.65715566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.611521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22014
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0490.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2730.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7771.51892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22622951
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81931293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6344.51141
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 90 -
Rwork0.246 1819 -
all-1909 -
obs--98.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68850.19570.09451.1555-0.31131.7739-0.0746-0.10370.28370.0169-0.06370.0118-0.2570.13290.1384-0.06940.0045-0.0483-0.1076-0.0188-0.098311.07336.99140.601
24.27941.1314-1.57945.30570.5041.2306-0.02160.61270.1758-0.4536-0.1253-0.5711-0.08010.41160.1469-0.051-0.03720.01440.10210.1109-0.047624.17938.60529.087
31.34940.35990.71060.6587-0.12862.034-0.06960.0853-0.0319-0.0870.0383-0.04330.07270.14370.0313-0.11460.0062-0.0027-0.1597-0.0107-0.12438.82425.67932.108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 141
2X-RAY DIFFRACTION2A150 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3B3 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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