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万見
- PDB-3o6r: Crystal Structure of 4-Chlorocatechol Dioxygenase from Rhodococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o6r
タイトルCrystal Structure of 4-Chlorocatechol Dioxygenase from Rhodococcus opacus 1CP in complex with pyrogallol
要素Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


: / catechol 1,2-dioxygenase activity / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / catechol-containing compound metabolic process / : / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-MYY / BENZENE-1,2,3-TRIOL / Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOCOCCUS OPACUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Briganti, F. / Kolomitseva, M. / Golovleva, L.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2013
タイトル: X-ray structures of 4-chlorocatechol 1,2-dioxygenase adducts with substituted catechols: new perspectives in the molecular basis of intradiol ring cleaving dioxygenases specificity.
著者: Ferraroni, M. / Kolomytseva, M. / Scozzafava, A. / Golovleva, L. / Briganti, F.
履歴
登録2010年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
B: Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5658
ポリマ－57,9592
非ポリマー1,6066
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.650, 89.650, 312.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Chlorocatechol 1,2-dioxygenase


分子量: 28979.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) RHODOCOCCUS OPACUS (バクテリア) / 株: 1CP
参照: UniProt: O67987, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-MYY / (2R)-3-(PHOSPHONOOXY)-2-(TETRADECANOYLOXY)PROPYL PALMITATE


分子量: 620.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H65O8P
#4: 化合物 ChemComp-PYG / BENZENE-1,2,3-TRIOL / PYROGALLOL / ピロガロ-ル


分子量: 126.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.65 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: ammonium sulphate, NaCl, TRIS, pH 9.0, vapor diffusion, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月13日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→32.97 Å / Num. obs: 19844 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.18 % / Biso Wilson estimate: 72.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 9.08
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.6-2.670.156.840531288174.8
2.67-2.740.1277.739491238174.3
2.74-2.820.1138.238881213173.6
2.82-2.910.1028.836981158173.1
2.91-30.0949.436111138173.4
3-3.110.0881034901089172.6
3.11-3.220.1059.734371101176.7
3.22-3.360.1518.841241272191.2
3.36-3.510.1948.940941259193.9
3.51-3.680.1649.238621196192.5
3.68-3.880.1839.337221154192.4
3.88-4.110.1359.433811062190.9
4.11-4.390.1069.431921008191.6
4.39-4.750.0929.83002953190.8
4.75-5.20.1102695840186.8
5.2-5.810.0859.52519801191.4
5.81-6.710.0829.72297726191.3
6.71-8.220.07210.21927607187.5
8.22-11.630.07110.21452472184.1
11.63-32.970.0739.7774269175.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / WRfactor Rfree: 0.3557 / WRfactor Rwork: 0.2588 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.736 / SU B: 15.092 / SU ML: 0.332 / SU R Cruickshank DPI: 0.8758 / SU Rfree: 0.4146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3162 388 2 %RANDOM
Rwork0.2254 ---
obs0.2271 19423 82.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.94 Å2 / Biso mean: 65.8616 Å2 / Biso min: 28.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.19 Å2-1.6 Å20 Å2
2---3.19 Å20 Å2
3---4.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4041 0 93 83 4217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9391.9535781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0425510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17223.535198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.68815622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8461528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8051.52553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4924149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.11831697
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4534.51632
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.663 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.493 29 -
Rwork0.288 1170 -
all-1199 -
obs--74.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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