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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o60 | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of Lin0861 from Listeria innocua to 2.8A | ||||||
要素 | Lin0861 protein | ||||||
キーワード | Structural Genomics / Unknown function / PSI / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative | ||||||
機能・相同性 | Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Lin0861 protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Listeria innocua (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Stein, A.J. / Rakowski, E. / Feldmann, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The Crystal Structure of Lin0861 from Listeria innocua to 2.8A 著者: Stein, A.J. / Rakowski, E. / Feldmann, B. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o60.cif.gz | 79.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o60.ent.gz | 64.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o60.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3o60_validation.pdf.gz | 455.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3o60_full_validation.pdf.gz | 483.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3o60_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3o60_validation.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o60 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22227.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / プラスミド: pMCSG19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92DF2 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / pH: 6 詳細: 1.26M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月9日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.499 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 531 / % possible obs: 2.5 % / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→50 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / % possible all: 2.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→42.69 Å / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.21 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.91 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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