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- PDB-3o60: The Crystal Structure of Lin0861 from Listeria innocua to 2.8A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o60
タイトルThe Crystal Structure of Lin0861 from Listeria innocua to 2.8A
要素Lin0861 protein
キーワードStructural Genomics / Unknown function / PSI / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative
機能・相同性Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Lin0861 protein
機能・相同性情報
生物種Listeria innocua (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stein, A.J. / Rakowski, E. / Feldmann, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Lin0861 from Listeria innocua to 2.8A
著者: Stein, A.J. / Rakowski, E. / Feldmann, B. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lin0861 protein
B: Lin0861 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8386
ポリマ－44,4542
非ポリマー3844
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.457, 95.457, 96.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Lin0861 protein


分子量: 22227.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / プラスミド: pMCSG19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92DF2
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 297 K / pH: 6
詳細: 1.26M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月9日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.499
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 531 / % possible obs: 2.5 % / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.8→50 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / % possible all: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-3000位相決定
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→42.69 Å / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 1092 5.35 %
Rwork0.22 --
obs0.217 21502 94.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.21 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.125 Å20 Å2-0 Å2
2--10.125 Å20 Å2
3----20.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2897 0 20 0 2917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2194042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2031050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8005-2.9480.32861410.32812464X-RAY DIFFRACTION81
2.948-3.13230.30491540.29012653X-RAY DIFFRACTION86
3.1323-3.37370.25731470.25172777X-RAY DIFFRACTION91
3.3737-3.71230.25031610.23122800X-RAY DIFFRACTION92
3.7123-4.24740.24521570.21372882X-RAY DIFFRACTION94
4.2474-5.34320.21481530.18062900X-RAY DIFFRACTION94
5.3432-25.6170.2211470.18822855X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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