+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s7v | ||||||
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Title | Lipoteichoic acids flippase LtaA | ||||||
Components | MFS transporter | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Lipoteichoic acids / Flippase | ||||||
Function / homology | Function and homology information lipoteichoic acid biosynthetic process / antiporter activity / lipid transport / transmembrane transporter activity / : / membrane => GO:0016020 / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.301 Å | ||||||
Authors | Zhang, B. / Perez, C. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2020 Title: Structure of a proton-dependent lipid transporter involved in lipoteichoic acids biosynthesis. Authors: Zhang, B. / Liu, X. / Lambert, E. / Mas, G. / Hiller, S. / Veening, J.W. / Perez, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6s7v.cif.gz | 162.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6s7v.ent.gz | 134.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6s7v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/6s7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/6s7v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42504.953 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: BTN44_07740, FA040_03480, RK64_05390 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: A0A2I7Y6V2, UniProt: Q2FZP8*PLUS |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.38 Å3/Da / Density % sol: 71.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 9.5 / Details: Glycine: MgAcetate:PEG300 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 289 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.9794 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 10, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.3→19.996 Å / Num. obs: 10414 / % possible obs: 83.9 % / Redundancy: 14 % / Biso Wilson estimate: 93.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.466 / Net I/σ(I): 12.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.301→19.996 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 32.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 269.85 Å2 / Biso mean: 104.9877 Å2 / Biso min: 13.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.301→19.996 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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