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万見
- PDB-3o59: DNA polymerase D large subunit DP2(1-300) from Pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o59
タイトルDNA polymerase D large subunit DP2(1-300) from Pyrococcus horikoshii
要素DNA polymerase II large subunit
キーワードTRANSFERASE / alpha helical structure / DNA POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / intein-mediated protein splicing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / : / : / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2, central domain / DNA polymerase II large subunit DP2, catalytic domain / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. ...DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / : / : / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2, central domain / DNA polymerase II large subunit DP2, catalytic domain / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / HNH nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase II large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yokoyama, H. / Shen, Y. / Matsui, I.
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2011
タイトル: Novel structure of an N-terminal domain that is crucial for the dimeric assembly and DNA-binding of an archaeal DNA polymerase D large subunit from Pyrococcus horikoshii
著者: Matsui, I. / Urushibata, Y. / Shen, Y. / Matsui, E. / Yokoyama, H.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Subunit interaction and regulation of activity through terminal domains of the family D DNA polymerase from Pyrococcus horikoshii
著者: Shen, Y. / Tang, X.-F. / Matsui, I.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: DNA polymerase II large subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9101
ポリマ－33,9101
非ポリマー00
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.042, 54.042, 173.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase II large subunit / DNA polymerase D large subunit / Pol II


分子量: 33910.395 Da / 分子数: 1 / 断片: DP2 subunit, 1st part, Residues 1-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH0121 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O57861, DNA-directed DNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ACCORDING TO THE GENBANK NP_142130, THE FIRST THREE RESIDUES, M-V-L, ARE INCLUDED AS THE ORIGINAL ...ACCORDING TO THE GENBANK NP_142130, THE FIRST THREE RESIDUES, M-V-L, ARE INCLUDED AS THE ORIGINAL SEQUENCE. THE FRAGMENT INFROMATION IS ADJUSTED FOR IT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22.5% PEG 10000, 0.1M HEPES-NaOH, 40mM guanidine-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.9788, 0.9793, 0.9900
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月23日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.97931
30.991
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 13924 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 27.3 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 77.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.233 / Mean I/σ(I) obs: 14.4 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→43.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.434 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27168 1362 9.9 %RANDOM
Rwork0.20626 ---
obs0.21246 12379 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 0 0 107 2016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221939
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7741.9842614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7595243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1332485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.85615365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4721516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9891.51206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80521940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1273733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0124.5674
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 98 -
Rwork0.265 831 -
obs--93.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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