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万見
- PDB-3o56: Catalytic domain of human phosphodiesterase 4b2b in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o56
タイトルCatalytic domain of human phosphodiesterase 4b2b in complex with a 5-heterocycle pyrazolopyridine inhibitor
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE / HYDROLASE / PHOSPHODIESTERASE / cAMP Binding / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration ...negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration / cAMP catabolic process / excitatory synapse / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / calcium channel regulator activity / cellular response to epinephrine stimulus / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-2 production / Z disc / positive regulation of type II interferon production / synaptic vesicle / cellular response to xenobiotic stimulus / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / centrosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENIC / Chem-ZG1 / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Somers, D.O. / Neu, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Pyrazolopyridines as potent PDE4B inhibitors: 5-heterocycle SAR.
著者: Mitchell, C.J. / Ballantine, S.P. / Coe, D.M. / Cook, C.M. / Delves, C.J. / Dowle, M.D. / Edlin, C.D. / Hamblin, J.N. / Holman, S. / Johnson, M.R. / Jones, P.S. / Keeling, S.E. / Kranz, M. / ...著者: Mitchell, C.J. / Ballantine, S.P. / Coe, D.M. / Cook, C.M. / Delves, C.J. / Dowle, M.D. / Edlin, C.D. / Hamblin, J.N. / Holman, S. / Johnson, M.R. / Jones, P.S. / Keeling, S.E. / Kranz, M. / Lindvall, M. / Lucas, F.S. / Neu, M. / Solanke, Y.E. / Somers, D.O. / Trivedi, N.A. / Wiseman, J.O.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5089
ポリマ－40,5841
非ポリマー9248
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.531, 94.592, 105.089
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B / DPDE4 / PDE32


分子量: 40583.949 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 324-675 / 変異: S482A, S487A, S489A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4B, DPDE4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q07343, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase

-
非ポリマー , 6種, 132分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ARS / ARSENIC / ひ素


分子量: 74.922 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: As
#5: 化合物 ChemComp-ZG1 / 1-ethyl-5-[3-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-N-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-4-amine


分子量: 425.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14-18% PEG 3000, 10% Glycerol, 50mM Sodium Cacodylate pH 6.5, 100mM Sodium Acetate, 1M Sodium Chloride, 1% DMF, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→29.703 Å / Num. obs: 17117 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 52.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.42-2.487.30.3792917012530.379100
2.48-2.557.40.3242.3907612340.324100
2.55-2.627.30.3062.3864211800.306100
2.62-2.717.30.2512.8852811620.251100
2.71-2.797.40.2043.5822611170.204100
2.79-2.897.30.1694.1793010840.169100
2.89-37.30.1434.6769110530.143100
3-3.127.30.1215.372679940.121100
3.12-3.267.30.1036.270999740.103100
3.26-3.427.30.0886.968189360.088100
3.42-3.617.30.0787.564458880.078100
3.61-3.837.20.0718.160448400.071100
3.83-4.097.20.072856547860.072100
4.09-4.427.20.0727.754127540.072100
4.42-4.847.10.078748016790.078100
4.84-5.4170.0866.543816280.086100
5.41-6.256.90.0866.638235570.086100
6.25-7.656.50.0786.831104750.07899.9
7.65-10.825.70.0856.619823490.08592.5
10.82-29.7034.60.0896.67951740.08979.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.1.20データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3D3P

3d3p


解像度: 2.42→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2592 / WRfactor Rwork: 0.2008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7846 / SU B: 9.207 / SU ML: 0.211 / SU R Cruickshank DPI: 0.38 / SU Rfree: 0.2703 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2601 865 5.1 %RANDOM
Rwork0.1962 ---
obs0.1993 17097 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.61 Å2 / Biso mean: 57.0208 Å2 / Biso min: 9.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.19 Å20 Å20 Å2
2---3.21 Å20 Å2
3---9.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2705 0 48 124 2877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212821
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.9593825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9053.0014528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9375336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59525140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.16315491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0431513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.74131677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4643671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.06642719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.72251144
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.61171105
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.482 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 66 -
Rwork0.299 1165 -
all-1231 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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