PDB-3o42: Complex of an alpha/beta-peptide based on the gp41 CHR domain bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o42

タイトル

Complex of an alpha/beta-peptide based on the gp41 CHR domain bound to gp41-5

要素

alpha/beta-peptide based on HIV gp41 CHR domain sequence
gp41-5

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV fusion inhibitor / mixed alpha-peptide / beta-peptide backbone

機能・相同性

ISOPROPYL ALCOHOL

機能・相同性情報

生物種

Artificial gene (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Horne, W.S. / Johnson, L.M. / Gellman, S.H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Chimeric and Non-Chimeric Foldamer Mimics of the CHR Segment of HIV Protein gp41: Evidence for the Importance of a Large Binding Interface in Six-Helix Bundle Formation
著者: Horne, W.S. / Johnson, L.M. / Gellman, S.H.

履歴

登録	2010年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o42.cif.gz	108.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o42.ent.gz	83.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o42	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o3yC 3o3xS 3o3z 3o40 3o43 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ka6-d 3f4y-d 3o43-d 3wfv-1 5hfm-1 2989 5ka5-1 5zt7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: gp41-5

B: alpha/beta-peptide based on HIV gp41 CHR domain sequence

ヘテロ分子

27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.407, 57.162, 102.178
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	gp41-5 分子量: 22246.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	alpha/beta-peptide based on HIV gp41 CHR domain sequence 分子量: 4596.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Na citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% v/v iPrOH , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 6128 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 16.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MD2	diffractometer software	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3O3X

3o3x

解像度: 3→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 42.155 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.514 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29044	291	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20171	-	-	-
obs	0.20578	5600	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.199 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1844	0	10	10	1864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	1.958	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.537	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.161	26.465	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.491	15	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.646	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.019	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.206	1.5	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.431	2	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.393	3	740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.392	4.5	727
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	32	-
R_work	0.171	393	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -4.5744 Å / Origin y: 10.36 Å / Origin z: -9.7505 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0475 Å²	-0.0097 Å²	-0.0023 Å²	-	0.21 Å²	0.0784 Å²	-	-	0.1697 Å²
L	2.0656 °²	-0.1405 °²	0.0754 °²	-	4.232 °²	2.427 °²	-	-	4.2828 °²
S	0.0454 Å °	-0.093 Å °	0.1002 Å °	0.0261 Å °	-0.1242 Å °	0.0812 Å °	-0.0268 Å °	-0.1717 Å °	0.0788 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 35

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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