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- PDB-3o3v: Crystal structure of ClbP peptidase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o3v
タイトルCrystal structure of ClbP peptidase domain
要素beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta / disulfide bridge
機能・相同性Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dubois, D. / Cougnoux, A. / Delmas, J. / Bonnet, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: ClbP x-ray structure, the prototype of a peptidase family associated to NRP production
著者: Dubois, D. / Baron, O. / Cougnoux, A. / Delmas, J. / Pradel, N. / Nougayrede, J.P. / Robin, F. / Oswald, E. / Bonnet, R.
履歴
登録2010年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactamase
B: beta-lactamase
C: beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4003
ポリマ－110,4003
非ポリマー00
水4,486249
1
A: beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8001
ポリマ－36,8001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8001
ポリマ－36,8001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8001
ポリマ－36,8001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.940, 149.930, 87.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
詳細BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN AS PER AUTHORS

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要素

#1: タンパク質 beta-lactamase / ClbP protein


分子量: 36800.004 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 38-372 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: IHE3034 / 遺伝子: clbp, ECOK1_2171 / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5D5I9, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: potassium phosphate 1.2M, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月28日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.94 Å / Num. obs: 39793 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24125 1993 5 %RANDOM
Rwork0.2042 ---
obs0.20604 37796 92.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.384 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2894 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7713 0 0 249 7962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0227885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9191.95810730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.34451004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.88924.176340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4151286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4361548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0951.55004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77328040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.63932881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0444.52689
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2565 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.060.5
Bmedium positional0.050.5
Cmedium positional0.050.5
Amedium thermal0.022
Bmedium thermal0.022
Cmedium thermal0.022
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 129 -
Rwork0.237 2834 -
obs--94.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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