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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o31 | ||||||
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タイトル | E81Q mutant of MtNAS in complex with a reaction intermediate | ||||||
![]() | ThermoNicotianamine Synthase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Rossmann fold / thermonicotianamine synthase | ||||||
機能・相同性 | ![]() nicotianamine synthase activity / nicotianamine biosynthetic process / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dreyfus, C. / Pignol, D. / Arnoux, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystallographic structure of thermoNicotianamine synthase with a synthetic reaction intermediate highlights the sequential processing mechanism. 著者: Dreyfus, C. / Larrouy, M. / Cavelier, F. / Martinez, J. / Pignol, D. / Arnoux, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33603.453 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-265 / 変異: E81Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MTH675, MTH_675 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Bis-tris-propane, 20% (w/v) PEG3350, 200 mM NaBr, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97618 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→35 Å / Num. obs: 63699 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.438 / % possible all: 97.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.36 Å2 / Biso mean: 16.5022 Å2 / Biso min: 2.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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