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万見
- PDB-3o1x: High resolution crystal structure of histidine triad nucleotide-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o1x
タイトルHigh resolution crystal structure of histidine triad nucleotide-binding protein 1 (Hint1) C84A mutant from rabbit complexed with adenosine
要素Histidine triad nucleotide-binding protein 1
キーワードHYDROLASE / HINT PROTEIN / HIT PROTEIN / ADENOSINE 5'-MONOPHOSPHORAMIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylylsulfatase activity / purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / sulfur compound metabolic process / deSUMOylase activity / protein desumoylation / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ ...adenylylsulfatase activity / purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / sulfur compound metabolic process / deSUMOylase activity / protein desumoylation / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / hydrolase activity / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Dolot, R.M. / Ozga, M. / Krakowiak, A.K. / Nawrot, B. / Stec, W.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Histidine Triad Nucleotide-binding Protein 1 (HINT-1) Phosphoramidase Transforms Nucleoside 5'-O-Phosphorothioates to Nucleoside 5'-O-Phosphates.
著者: Ozga, M. / Dolot, R. / Janicka, M. / Kaczmarek, R. / Krakowiak, A.
履歴
登録2010年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9723
ポリマ－13,6821
非ポリマー2902
水3,783210
1
A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子

A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9446
ポリマ－27,3642
非ポリマー5804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.765, 39.765, 141.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / P13.7


分子量: 13681.770 Da / 分子数: 1 / 変異: C84A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: HINT1, HINT / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P80912, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.79 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, O.1M sodium acetate, protein concentration 10 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→50 Å / Num. obs: 49845 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.15
反射 シェル解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique all: 2434 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP10.2.31位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LLJ

3llj
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.08→23.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 0.815 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17139 2522 5.1 %RANDOM
Rwork0.14146 ---
all0.14296 49924 --
obs0.14296 47232 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.216 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→23.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数883 0 20 210 1113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0211135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2721.9821562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2195155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.68624.78346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56215195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.595154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6641.5711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.80821169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8023424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6844.5393
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.58331135
LS精密化 シェル解像度: 1.08→1.108 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 189 -
Rwork0.303 3415 -
obs-3415 99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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