PDB-3o10: Crystal structure of the HEPN domain from human sacsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o10

タイトル

Crystal structure of the HEPN domain from human sacsin

要素

Sacsin

キーワード

CHAPERONE / all-helical domain / homodimerization

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of inclusion body assembly / cell body fiber / low-density lipoprotein particle receptor binding / proteasome binding / Hsp70 protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / axon / dendrite / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Gehring, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of defects in the sacsin HEPN domain responsible for autosomal recessive spastic ataxia of Charlevoix-Saguenay (ARSACS).
著者: Kozlov, G. / Denisov, A.Y. / Girard, M. / Dicaire, M.J. / Hamlin, J. / McPherson, P.S. / Brais, B. / Gehring, K.

履歴

登録	2010年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o10.cif.gz	237.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o10.ent.gz	195.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2iq7-5 2i53-d 3vo9-1 2xvz-d 3byu-d 5taj-d 3ori-3 3p7p-d 6d5t-d 6d5n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (3) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sacsin

B: Sacsin

C: Sacsin

D: Sacsin

ヘテロ分子

64.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sacsin

B: Sacsin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sacsin

D: Sacsin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.581, 72.581, 201.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-86- HOH

#1: タンパク質	Sacsin / DnaJ homolog subfamily C member 29 / DNAJC29 分子量: 16156.999 Da / 分子数: 4 / 断片: HEPN domain residues 4440-4579 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SACS, KIAA0730 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NZJ4
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 7% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月9日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 46702 / Num. obs: 45815 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 86.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→45.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 5.549 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	2441	5.1 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.186	45815	98.1 %	-
all	-	46702	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	-0.08 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4382	0	21	407	4810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4506
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.96	6099
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.144	5	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.617	24.037	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.749	15	794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.062	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	3118
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.16	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.815	1.5	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.276	2	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.131	3	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.235	4.5	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	149	-
R_work	0.182	2955	-
obs	-	-	86.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3516	0.1743	0.0898	2.0365	-1.4923	3.0241	-0.0348	0.1368	0.1031	-0.087	0.0939	0.0426	-0.0799	-0.0572	-0.0591	0.0303	-0.0139	-0.009	0.035	0.0033	0.0699	-18.618	-8.931	25.027
2	3.0428	-0.8174	-0.7697	6.9707	-1.592	5.1144	0.0014	0.4851	-0.0148	-0.4452	-0.0714	-0.1962	-0.0207	0.1101	0.07	-0.0033	-0.0129	0.038	0.0416	-0.0037	0.0538	-6.095	-6.87	18.79
3	1.5028	0.1049	-0.2064	2.143	0.3039	1.1822	-0.0225	0.0451	-0.0096	-0.0802	-0.0056	-0.0777	0.0253	0.0088	0.0281	-0.0225	0.0079	-0.0023	0.0006	0.0039	0.0707	-8.109	-23.525	33.147
4	0.8895	-0.1347	0.2898	4.6929	-2.375	4.0619	-0.0272	0.0219	0.0515	0.1025	0.0164	-0.1612	-0.3683	-0.028	0.0107	0.0098	-0.0019	0.0069	0.0213	-0.0124	0.0954	-10.579	-5.392	31.065
5	2.131	-0.9429	0.1195	3.5311	-0.0981	1.1175	-0.0252	0.0465	-0.2385	0.1073	0.0047	-0.0643	0.0749	-0.0102	0.0205	0.019	-0.0225	0.0114	0.0493	0.0016	0.0874	-20.416	-29.226	36.088
6	3.5779	0.6952	0.0029	4.7021	-0.443	1.5183	-0.015	0.3482	-0.4009	-0.2721	0.1121	-0.2192	0.0805	0.1406	-0.097	-0.0187	-0.0322	0.0131	-0.0033	-0.059	0.0869	-26.379	-39.732	28.736
7	1.2765	1.1956	-0.8851	2.7636	-1.3415	1.5226	-0.129	0.1513	-0.0324	-0.2335	0.1024	0.0533	0.0798	-0.1672	0.0265	0.0025	-0.0299	-0.0315	0.0438	0.0089	0.0076	-28.724	-18.457	22.342
8	1.3181	-0.3468	0.0194	4.452	-1.3127	2.2785	-0.0769	0.095	-0.0417	0.2962	0.0007	0.0576	0.0341	-0.0834	0.0762	0.007	-0.03	0.0071	0.0638	-0.0175	0.085	-31.14	-28.724	36.278
9	47.0184	-48.9868	3.5829	74.3632	-30.1201	30.1238	-0.8556	-1.5099	-1.0097	-0.1704	1.1719	1.3078	0.2015	-0.6386	-0.3164	0.0609	0.0461	0.117	0.0055	0.0844	-0.1171	-41.572	-40.012	16.073
10	0.8814	-1.0358	-0.3122	3.3401	-2.9401	5.2621	-0.1769	-0.0506	-0.0558	-0.1259	0.0335	-0.0143	0.5434	0.016	0.1434	0.0414	-0.0698	-0.043	0.0305	0.0328	-0.033	-44.174	-30.523	2.186
11	2.7499	-1.4669	3.8836	4.1491	-3.6505	15.5925	-0.0053	0.094	0.0388	-0.1559	-0.3838	-0.0283	2.1103	1.0604	0.3891	0.2938	0.1419	0.08	0.0092	0.0055	-0.008	-39.976	-42.625	-3.183
12	1.1865	1.4794	-1.6804	3.9379	-2.6032	3.2732	-0.103	-0.1138	-0.2825	-0.0074	-0.0841	-0.125	0.3881	-0.0981	0.1871	0.0346	-0.0301	-0.0529	-0.0385	0.0306	0.0369	-44.112	-30.089	-7.733
13	3.0831	1.4787	-2.4248	1.7708	-2.3839	6.0947	0.1622	-0.2901	-0.1517	0.1562	-0.2095	-0.0757	-0.1182	0.2364	0.0473	0.0243	-0.0307	-0.0614	0.0601	0.0281	-0.0052	-35.73	-13.481	-6.787
14	2.5651	0.056	-1.2275	2.787	2.1466	11.2765	-0.0007	0.0807	-0.1241	-0.1138	0.0599	-0.1574	-0.1859	0.9629	-0.0591	-0.011	-0.0956	-0.0962	0.1874	0.0836	-0.089	-24.699	-8.494	-0.439
15	5.762	3.9355	-6.9387	14.0986	-2.5795	8.7645	-0.1177	0.0949	-0.214	0.775	-0.4697	-1.3696	-0.0363	0.4953	0.5874	0.0181	-0.0615	-0.1569	0.081	0.1378	-0.0067	-35.794	-26.178	11.125
16	1.8818	1.9844	-2.6652	3.8927	-2.8962	8.7957	0.2598	-0.2515	0.0009	0.3069	-0.3127	0.0405	-0.4263	-0.1372	0.053	0.0679	-0.0587	-0.0984	0.0985	0.0053	-0.0704	-37.97	-8.283	2.987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4439 - 4496
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	4497 - 4525
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	4526 - 4549
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	4550 - 4577
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	4439 - 4495
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	4496 - 4524
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	4525 - 4549
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	4550 - 4577
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	4442 - 4448
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	4449 - 4495
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	4496 - 4532
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	4533 - 4577
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	4440 - 4496
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	4497 - 4530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	4531 - 4548
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	4549 - 4576

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)