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- PDB-3nzs: Structure-based Optimization of Pyrazolo -Pyrimidine and -Pyridin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nzs
タイトルStructure-based Optimization of Pyrazolo -Pyrimidine and -Pyridine Inhibitors of PI3-Kinase
要素Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase p110 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis ...negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / phosphorylation / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / neutrophil chemotaxis / ephrin receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of endothelial cell migration / T cell activation / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / platelet aggregation / endocytosis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / kinase activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NZS / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Murray, J.M. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Structure-based optimization of pyrazolo-pyrimidine and -pyridine inhibitors of PI3-kinase.
著者: Staben, S.T. / Heffron, T.P. / Sutherlin, D.P. / Bhat, S.R. / Castanedo, G.M. / Chuckowree, I.S. / Dotson, J. / Folkes, A.J. / Friedman, L.S. / Lee, L. / Lesnick, J. / Lewis, C. / Murray, J.M. ...著者: Staben, S.T. / Heffron, T.P. / Sutherlin, D.P. / Bhat, S.R. / Castanedo, G.M. / Chuckowree, I.S. / Dotson, J. / Folkes, A.J. / Friedman, L.S. / Lee, L. / Lesnick, J. / Lewis, C. / Murray, J.M. / Nonomiya, J. / Olivero, A.G. / Plise, E. / Pang, J. / Prior, W.W. / Salphati, L. / Rouge, L. / Sampath, D. / Tsui, V. / Wan, N.C. / Wang, S. / Wiesmann, C. / Wu, P. / Zhu, B.Y.
履歴
登録2010年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7702
ポリマ－109,3821
非ポリマー3881
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.966, 67.965, 106.989
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.570, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform / PtdIns-3-kinase subunit gamma / PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / Phosphatidylinositol-4 / 5- ...PtdIns-3-kinase subunit gamma / PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / Phosphatidylinositol-4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit gamma / PtdIns-3-kinase subunit p110-gamma / p120-PI3K


分子量: 109381.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: pik3cg / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-NZS / 6-(1,1-dioxidothiomorpholin-4-yl)-N-(3-methoxyphenyl)-1-methyl-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 388.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N6O3S

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, 0.2M NH4SO4, 0.1M Tris-HCl 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.111
シンクロトロンALS 5.0.121
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年7月24日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年4月10日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLEx-ray1
2SINGLEx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 8.1 % / 数: 220944 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.06 / D res high: 2.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27142 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.925099.810.0391.0168
4.75.9210010.041.098.4
4.114.710010.0451.0958.5
3.734.1110010.0611.1598.5
3.463.7310010.0951.2248.5
3.263.4610010.1511.0918.5
3.13.2610010.2521.0418.5
2.963.110010.390.9898.4
2.852.9699.410.5530.937.8
2.752.859410.7070.9026.3
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 27142 / Num. obs: 27142 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2.66 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.048

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 38.35
最高解像度最低解像度
Rotation2.75 Å19.97 Å
Translation2.75 Å19.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIXdev_392精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→19.973 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7975 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 1363 5.05 %
Rwork0.2098 --
obs0.2115 26966 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.262 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 257.03 Å2 / Biso mean: 98.2346 Å2 / Biso min: 17.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3296 Å20 Å23.2702 Å2
2---4.2703 Å2-0 Å2
3----0.0593 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→19.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6712 0 27 0 6739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0016898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4999340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351055
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8132561
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7503-2.84830.37321390.34852428256795
2.8483-2.9620.41051160.32372574269099
2.962-3.09640.36761340.287625362670100
3.0964-3.2590.2911480.257125352683100
3.259-3.46220.2611140.229725972711100
3.4622-3.72790.27951550.21825222677100
3.7279-4.10010.21451270.194426002727100
4.1001-4.68670.20491530.161325632716100
4.6867-5.87970.23291440.193625882732100
5.8797-19.97340.20251330.195526602793100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.86040.19012.26721.43690.60081.88020.11051.7519-1.7513-0.30540.1965-0.29680.37230.6192-0.38560.38590.1965-0.15890.7812-0.54810.856637.6804-18.935411.6009
23.043-1.30260.61531.38520.45222.69520.1451-0.8303-1.33680.31220.27290.81970.1464-1.3994-0.5340.35330.03830.22040.95440.55550.990110.462-11.849836.3181
32.68950.23292.50051.9788-1.71536.09940.06071.6959-0.496-0.1309-0.2794-0.385-0.16292.87960.05290.21720.05140.04311.6802-0.20230.21463.9138-5.260313.9273
43.6810.39381.35980.936-0.02290.90890.19521.7722-0.2247-0.3704-0.2346-0.079-0.03481.3717-0.22920.44880.25430.09561.1706-0.28660.166855.4018-6.403412.4076
56.2653-1.1052.88780.8449-0.1564.20470.2165-0.1708-0.9280.10010.19270.20590.010.2191-0.32250.25020.0116-0.00210.12670.0290.271246.1045-10.459934.1653
64.5168-2.04810.14262.56840.41620.68330.39271.4114-0.4824-0.5575-0.3280.7484-0.2094-0.7569-0.2230.43090.2921-0.07640.81530.15560.41216.61794.442211.7125
71.6322-0.44120.71940.99820.01240.4195-0.4090.18280.56411.28070.2210.1954-0.6299-0.64120.12870.98130.25540.24330.35010.00640.399329.19814.734634.752
84.0107-0.95730.61033.5163-0.72340.21220.09861.22531.14940.9512-0.1367-0.3456-0.43210.2890.11890.4830.19110.03680.65960.10860.401526.54665.008218.4762
97.824-0.74880.87832.5785-0.6351.3345-0.7816-0.47552.07551.30760.2509-0.0503-0.778-0.17370.33781.01390.2584-0.07520.2175-0.12110.681429.189418.881936.885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 144:190)A144 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 191:321)A191 - 321
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 350:488)A350 - 488
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 495:533)A495 - 533
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 544:725)A544 - 725
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 726:836)A726 - 836
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 837:866)A837 - 866
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 867:881)A867 - 881
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 882:1090)A882 - 1090

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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