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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nzc | ||||||
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タイトル | Structural Analysis of Pneumocystis carinii and Human DHFR Complexes with NADPH and a Series of Five Potent 5-(omega-carboxy(alkyloxy)pyrido[2,3-d]pyridine Derivativea | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / pneumocystis carinii DHFR inhibitor complexes / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cody, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of Pneumocystis carinii and human DHFR complexes with NADPH and a series of five potent 6-[5'-([omega]-carboxyalkoxy)benzyl]pyrido[2,3-d]pyrimidine derivatives 著者: Cody, V. / Pace, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 742.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 748.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23918.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-D2O / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.36 % |
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 30-36% PEG 2K, 46-52 mM MES, 100 mM KCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.975 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 17462 / Num. obs: 16731 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 0.073 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1469 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 83.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3cd2 解像度: 2→32.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.917 / SU ML: 0.141 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.197 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.227 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→32.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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