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- PDB-3nz1: Crystal Structure of Kemp Elimination Catalyst 1A53-2 Complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nz1
タイトルCrystal Structure of Kemp Elimination Catalyst 1A53-2 Complexed with Transition State Analog 5-Nitro Benzotriazole
要素Indole-3-glycerol phosphate synthase
キーワードLYASE / Tim Barrel / Kemp Elimination Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Indole-3-glycerol phosphate synthase, conserved site / Indole-3-glycerol phosphate synthase signature. / Indole-3-glycerol phosphate synthase domain / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-nitro-1H-benzotriazole / L(+)-TARTARIC ACID / Indole-3-glycerol phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Lee, T.M. / Privett, H.K. / Kaiser, J.T. / Mayo, S.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2012
タイトル: Iterative approach to computational enzyme design.
著者: Privett, H.K. / Kiss, G. / Lee, T.M. / Blomberg, R. / Chica, R.A. / Thomas, L.M. / Hilvert, D. / Houk, K.N. / Mayo, S.L.
履歴
登録2010年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indole-3-glycerol phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,20111
ポリマ-30,0111
非ポリマー1,19110
3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.720, 60.720, 120.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Indole-3-glycerol phosphate synthase / IGPS


分子量: 30010.518 Da / 分子数: 1
変異: E51A, S81A, L83A, K110W, L131A, L157A, E159V, G178E, N180A, E210W, S211Q, L231G
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌)
遺伝子: INDOLE-3-GLYCEROLPHOSPHATE SYNTHASE, SSO0895, trpC
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q06121, indole-3-glycerol-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-3NY / 5-nitro-1H-benzotriazole


分子量: 164.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H4N4O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C4H6O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 potassium sodium tartrate, 2M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate/citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.013 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月4日 / 詳細: Flat mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→52.585 Å / Num. all: 37246 / Num. obs: 37246 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.56-1.6440.5041.22142053860.504100
1.64-1.7440.3312.12026250630.331100
1.74-1.8640.2291.51908747740.229100
1.86-2.0140.1412.21799044730.14199.9
2.01-2.2140.0856.61663141250.08599.8
2.21-2.4740.0678.61510437380.06799.8
2.47-2.8540.0589.81348433350.05899.9
2.85-3.4940.0556.61142128480.055100
3.49-4.9340.0569.2886722390.05699.8
4.93-40.063.70.0413.3472212650.0495.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 44.26 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å40.06 Å
Translation2.5 Å40.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.12データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→52.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.2228 / WRfactor Rwork: 0.1842 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.8659 / SU B: 3.752 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.0823 / SU Rfree: 0.0861 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2104 1856 5 %RANDOM
Rwork0.1723 ---
obs0.1742 37189 99.7 %-
all-37246 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.94 Å2 / Biso mean: 13.5747 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20.29 Å2-0 Å2
2--0.58 Å2-0 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→52.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2007 0 72 181 2260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0222190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3972.0022969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1355267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17623.465101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.29515410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8231523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1980.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3541.51299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.11322116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.383891
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.324.5852
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.601 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 134 -
Rwork0.298 2579 -
all-2713 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67571.22180.03375.77551.14443.0242-0.0280.1952-0.1035-0.24910.0310.03830.0483-0.0897-0.00310.10520.011-0.00410.12940.00730.1236.472-17.1978-3.9497
22.81412.31160.75898.442-8.195712.80580.01010.2587-0.2181-0.2483-0.1739-0.60060.38180.76220.16380.09540.0083-00.1333-0.06180.213741.3529-19.18493.9798
33.4614-1.4915-0.14181.5358-0.35760.3628-0.1178-0.3951-0.22990.22140.05540.1410.05390.05020.06240.1664-0.01480.01010.1099-0.01570.133332.9903-22.03822.2391
42.0082-3.29475.10266.3749-9.468814.60610.022-0.2533-0.20790.13960.1094-0.01270.1183-0.177-0.13140.2148-0.0056-0.03890.2190.07470.22217.5001-16.508319.4034
57.6991-0.97810.07442.9581.24567.0776-0.0134-0.0323-0.10570.0704-0.01440.28030.0629-0.26590.02790.0905-0.01530.00410.08940.00660.08898.8131-8.164617.108
60.58370.3860.10150.4087-0.00670.46740.01-0.00830.0219-0.0049-0.0007-0.0662-0.00790.0755-0.00930.10040.0037-0.0010.08690.00080.093530.8162-1.763813.0948
79.3208-1.1117-0.78252.69090.0073.5677-0.0184-0.429-0.08870.3169-0.0107-0.08710.02540.02720.02920.1283-0.0037-0.0010.0961-0.00490.107427.6197-1.814124.4616
88.5011-4.4063-2.909810.0231-4.4045.73630.019-0.89410.7840.92870.1577-0.6553-0.68360.4019-0.17670.1492-0.0416-0.01070.20740.01540.167918.6279-1.229322.6729
94.950.496-2.70561.6506-0.31834.29010.0244-0.09050.0652-0.02660.0034-0.1680.00390.2313-0.02780.1059-0.0031-0.01390.078-0.00260.095436.238-9.724411.9002
101.581-0.4436-0.60261.03560.691.21-0.0013-0.08810.05740.0640.0126-0.0222-0.04440.0229-0.01140.1036-0.0056-0.00190.08480.01060.105930.0899-13.147618.8814
110.9043-0.35090.08230.5482-0.2092.6001-0.014-0.0449-0.14780.02860.01330.01680.17670.04360.00060.0922-0.0113-0.00050.0872-0.00170.106228.8136-21.19413.858
122.57030.6935-1.12191.2684-0.17353.6984-0.02440.105-0.0349-0.06850.0216-0.02340.11980.02610.00290.0740.0126-0.00970.0695-0.00640.095925.2638-25.10914.9852
131.92120.7333-0.94722.8968-1.87625.9635-0.00580.11480.0111-0.1274-0.0095-0.00980.00770.06240.01520.06780.0134-0.00210.0826-0.0130.116421.9006-15.22570.0311
141.0533-0.22650.15722.82240.99073.0245-0.0211-0.0243-0.13370.07540.01530.04810.1848-0.0910.00570.07250.006-0.00610.09790.00420.098717.4215-17.73351.3912
159.75740.00330.67492.1307-0.35573.25050.05480.2105-0.0554-0.1328-0.0386-0.06520.0810.1001-0.01620.1309-0.00990.0040.0758-0.00020.081724.3614-3.6462-4.1787
160.9621-0.47610.32791.586-0.75746.6316-0.0460.0839-0.1089-0.10310.08320.36460.2951-0.4654-0.03720.09890.01030.00050.0978-0.00350.117311.9628-11.55280.91
171.7684-0.9577-0.59644.3961.22310.8789-0.007-0.05090.22250.0220.0329-0.1026-0.1451-0.0464-0.02580.1216-0.0053-0.00390.13060.0040.101819.27392.34626.104
186.39484.6882.32268.84051.3535.8492-0.08520.23480.3854-0.26830.06140.2974-0.4022-0.18680.02380.1250.02070.00560.13350.0030.128611.24311.04364.1448
193.1591.54241.17911.34630.73471.1964-0.0792-0.01820.2398-0.04560.00480.0789-0.13920.04040.07450.09530.00840.00390.0860.00460.087423.3010.703411.8085
209.41761.15942.64522.66672.5262.999-0.01740.02290.5422-0.1153-0.04640.0795-0.3786-0.08770.06380.24450.02540.050.10760.01880.131418.41356.49316.4534
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3A19 - 28
4X-RAY DIFFRACTION4A29 - 34
5X-RAY DIFFRACTION5A35 - 44
6X-RAY DIFFRACTION6A45 - 64
7X-RAY DIFFRACTION7A65 - 74
8X-RAY DIFFRACTION8A75 - 79
9X-RAY DIFFRACTION9A80 - 91
10X-RAY DIFFRACTION10A92 - 114
11X-RAY DIFFRACTION11A115 - 134
12X-RAY DIFFRACTION12A135 - 153
13X-RAY DIFFRACTION13A154 - 165
14X-RAY DIFFRACTION14A166 - 180
15X-RAY DIFFRACTION15A181 - 196
16X-RAY DIFFRACTION16A197 - 208
17X-RAY DIFFRACTION17A209 - 217
18X-RAY DIFFRACTION18A218 - 226
19X-RAY DIFFRACTION19A227 - 240
20X-RAY DIFFRACTION20A241 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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