PDB-3nyy: Crystal structure of a putative glycyl-glycine endopeptidase lytM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nyy

タイトル

Crystal structure of a putative glycyl-glycine endopeptidase lytM (RUMGNA_02482) from Ruminococcus gnavus ATCC 29149 at 1.60 A resolution

要素

Putative glycyl-glycine endopeptidase lytM

キーワード

HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

: / LytM, N-terminal domain / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / metalloendopeptidase activity / membrane / Peptidase, M23 family

機能・相同性情報

生物種

Ruminococcus gnavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative glycyl-glycine endopeptidase lytM (RUMGNA_02482) from Ruminococcus gnavus ATCC 29149 at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nyy.cif.gz	121.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nyy.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nyy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nyy_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nyy_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3nyy_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	3nyy_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6qj2-d 2noo-d 6bmw-1 5hm4-d 6bmy-1 5epc-1 5hsh-2 6uiq-1 1vkl-1 1uiu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 416854

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative glycyl-glycine endopeptidase lytM

ヘテロ分子

30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative glycyl-glycine endopeptidase lytM

ヘテロ分子

A: Putative glycyl-glycine endopeptidase lytM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.336, 61.572, 52.804
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.500, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-468- HOH

#1: タンパク質	Putative glycyl-glycine endopeptidase lytM 分子量: 28982.424 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 29-279 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruminococcus gnavus (バクテリア) 遺伝子: RUMGNA_02482 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A7B4J8
#2: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT (RESIDUES 29-279) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 29-279) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30.000000000% PEG-400, 0.200000000M LiSO4, 0.1M Cacodylate pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.95369,0.97951,0.97905

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月9日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.95369	1
2	0.97951	1
3	0.97905	1

反射

解像度: 1.6→28.576 Å / Num. all: 36639 / Num. obs: 36639 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.68 Å² / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.6-1.64	3.1	0.393	1.9	8369	2681	0.393	100
1.64-1.69	3.1	0.348	2.2	8240	2623	0.348	100
1.69-1.74	3.1	0.291	2.6	8052	2565	0.291	100
1.74-1.79	3.1	0.23	3.3	7884	2509	0.23	100
1.79-1.85	3.1	0.197	3.8	7584	2409	0.197	100
1.85-1.91	3.1	0.164	4.3	7359	2337	0.164	100
1.91-1.98	3.2	0.136	5.4	7150	2268	0.136	100
1.98-2.07	3.2	0.117	6	6785	2150	0.117	100
2.07-2.16	3.2	0.101	6.9	6556	2060	0.101	100
2.16-2.26	3.2	0.091	7.5	6430	2025	0.091	100
2.26-2.39	3.2	0.085	7.6	6034	1900	0.085	100
2.39-2.53	3.2	0.086	7.5	5700	1796	0.086	100
2.53-2.7	3.2	0.08	8.1	5348	1673	0.08	100
2.7-2.92	3.2	0.073	8.6	5021	1577	0.073	99.9
2.92-3.2	3.2	0.063	9.6	4600	1441	0.063	99.7
3.2-3.58	3.2	0.056	10.8	4160	1303	0.056	99.7
3.58-4.13	3.2	0.056	10.5	3717	1164	0.056	99.6
4.13-5.06	3.2	0.053	11	3131	978	0.053	99.3
5.06-7.16	3.2	0.059	10.3	2403	757	0.059	99
7.16-28.576	3.1	0.061	9	1313	423	0.061	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELX		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
SCALA	3.3.15	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→28.576 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 2.724 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.076
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1751	1825	5 %	RANDOM
R_work	0.1491	-	-	-
obs	0.1504	36638	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.56 Å² / B_iso mean: 22.2315 Å² / B_iso min: 7.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.64 Å²	0 Å²	0.77 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.576 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1994	0	82	269	2345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	1.979	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.022	3	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.077	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.963	23.889	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.347	15	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.879	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.801	3	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.471	3	536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.954	5	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.094	8	949
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.871	11	932

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	125	-
R_work	0.223	2550	-
all	-	2675	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 30.0873 Å / Origin y: 38.2348 Å / Origin z: 0.661 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.004 Å²	0.0018 Å²	-0.0044 Å²	-	0.0022 Å²	-0.0026 Å²	-	-	0.018 Å²
L	0.3325 °²	0.0423 °²	-0.3672 °²	-	0.3335 °²	0.0543 °²	-	-	1.1882 °²
S	0.0074 Å °	0.0038 Å °	-0.0033 Å °	0.0223 Å °	0.0102 Å °	-0.0048 Å °	0.0346 Å °	0.0226 Å °	-0.0176 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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