PDB-3nyo: Crystal Structure of G Protein-Coupled Receptor Kinase 6 in Compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nyo

タイトル

Crystal Structure of G Protein-Coupled Receptor Kinase 6 in Complex with AMP

要素

G protein-coupled receptor kinase 6

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / GRK / RGS homology domain / G protein-coupled receptor kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

G-protein-coupled receptor kinase / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of signal transduction / Wnt signaling pathway / G alpha (s) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / ATP binding / membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Tesmer, J.J.G. / Singh, P.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Molecular basis for activation of G protein-coupled receptor kinases.
著者: Boguth, C.A. / Singh, P. / Huang, C.C. / Tesmer, J.J.

履歴

登録	2010年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nyo.cif.gz	458.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nyo.ent.gz	384.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nyo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nyo_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nyo_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3nyo_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	3nyo_validation.cif.gz	54 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nynC 2acx C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nyn-1 3nyn-2 3syk-d 6zl1-2 3syl-d 6zl1-1 5lk8-d 4ny0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (3)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (3)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: G protein-coupled receptor kinase 6

B: G protein-coupled receptor kinase 6

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: G protein-coupled receptor kinase 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: G protein-coupled receptor kinase 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.574, 154.574, 208.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: SO4 / End label comp-ID: SO4 / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 3 - 584 / Label seq-ID: 3

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A - J
2	B	B - S

#1: タンパク質	G protein-coupled receptor kinase 6 / G protein-coupled receptor kinase GRK6 分子量: 65981.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPRK6, GRK6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High-Five / 参照: UniProt: P43250, G-protein-coupled receptor kinase
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 10 mg/ml GRK6 mixed 1:1 with well containing 1.6 M AMS and 100 mM Bis-Tris, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 34428 / % possible obs: 55.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
2.9-2.95	4.3	0.455	1.3
2.95-3	3.5	0.702	3.8
3-3.06	3.4	0.492	6.2
3.06-3.12	3.6	0.526	9
3.12-3.19	3.9	0.431	12.7
3.19-3.27	4.1	0.471	16.6
3.27-3.35	4.2	0.413	20.6
3.35-3.44	4.3	0.352	26.9
3.44-3.54	4.3	0.354	33.5
3.54-3.65	4.4	0.304	42.2
3.65-3.78	4.5	0.325	55.9
3.78-3.94	4.5	0.34	82.9
3.94-4.11	4.5	0.289	100
4.11-4.33	4.5	0.206	100
4.33-4.6	4.5	0.148	100
4.6-4.96	4.5	0.136	100
4.96-5.45	4.5	0.115	100
5.45-6.24	4.5	0.107	100
6.24-7.85	4.5	0.067	99.8
7.85-40	4.3	0.039	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.92→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 30.305 / SU ML: 0.261 / SU R Cruickshank DPI: 0.4037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2533	1795	-	RANDOM
R_work	0.22172	-	-	-
obs	0.22172	34329	56.21 %	-
all	-	32534	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 132.743 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.97 Å²	2.98 Å²	0 Å²
2-	-	5.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.92→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8908	0	123	8	9039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	9222
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.988	1.99	12450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.862	5	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.632	23.591	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.883	15	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.906	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	6966
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.79	1.5	5518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.426	2	8888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.643	3	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.171	4.5	3562
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2208	tight positional	0.2	0.05
2293	medium positional	0.38	0.5
2208	tight thermal	0.17	0.5
2293	medium thermal	0.23	2

LS精密化シェル

解像度: 2.918→2.993 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.282	109	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	2.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0963	-0.0037	0.1383	0.032	0.1103	1.3006	-0.0735	0.0659	0.0956	-0.0228	-0.0604	-0.0154	0.4208	-0.0215	0.1339	0.5811	0.0094	0.0049	0.1871	0.0537	0.115	-72.669	25.553	20.379
2	0.552	1.1064	0.6908	2.7913	1.4323	1.1784	-0.1877	0.1272	0.0131	-0.0206	0.163	-0.139	-0.1585	0.468	0.0247	0.2997	-0.1231	-0.0627	0.5364	-0.0334	0.0973	-51.343	50.307	13.525
3	0.6335	0.3497	-0.6588	0.2917	-0.3978	1.4546	-0.2771	0.1403	0.0291	-0.0642	0.1202	0.0928	-0.0596	0.2619	0.1569	0.4121	-0.344	-0.0262	0.5886	0.142	0.117	-56.277	50.515	-42.5
4	0.4856	0.1432	0.0795	3.4431	0.725	1.006	-0.1574	0.1381	-0.1348	-0.3155	0.1293	0.3076	0.2444	0.2561	0.0281	0.4991	-0.0214	0.0525	0.2495	-0.1364	0.1409	-66.194	19.62	-34.929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	155 - 527
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	576 - 585
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	528 - 543
5	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1 - 7
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	75 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	544 - 557
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	155 - 527
10	X-RAY DIFFRACTION	3	B	576 - 584
11	X-RAY DIFFRACTION	3	A	528 - 543
12	X-RAY DIFFRACTION	3	D	3 - 4
13	X-RAY DIFFRACTION	4	B	75 - 154
14	X-RAY DIFFRACTION	4	A	544 - 557

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