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- PDB-3ny8: Crystal structure of the human beta2 adrenergic receptor in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ny8
タイトルCrystal structure of the human beta2 adrenergic receptor in complex with the inverse agonist ICI 118,551
要素Beta-2 adrenergic receptor, Lysozyme
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G Protein-coupled receptor / Lysozyme / Fusion / Transducer / Adrenergic / G-Proteins / Arrestins / Adrenalin / ICI 118 / 551 / Glycosylation / Palmitoylation / Phosphorylation / HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D / GPCR Network / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


beta2-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / positive regulation of AMPA receptor activity / norepinephrine binding / positive regulation of autophagosome maturation / heat generation / Adrenoceptors / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...beta2-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / positive regulation of AMPA receptor activity / norepinephrine binding / positive regulation of autophagosome maturation / heat generation / Adrenoceptors / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of lipophagy / negative regulation of multicellular organism growth / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / response to psychosocial stress / endosome to lysosome transport / adrenergic receptor signaling pathway / diet induced thermogenesis / positive regulation of protein kinase A signaling / neuronal dense core vesicle / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / bone resorption / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / brown fat cell differentiation / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / regulation of sodium ion transport / viral release from host cell by cytolysis / response to cold / peptidoglycan catabolic process / receptor-mediated endocytosis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / lysozyme / lysozyme activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / early endosome / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / endosome / defense response to bacterium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-JRZ / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / TRIETHYLENE GLYCOL / Endolysin / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Wacker, D. / Fenalti, G. / Brown, M.A. / Katritch, V. / Abagyan, R. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D) / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Conserved Binding Mode of Human beta(2) Adrenergic Receptor Inverse Agonists and Antagonist Revealed by X-ray Crystallography
著者: Wacker, D. / Fenalti, G. / Brown, M.A. / Katritch, V. / Abagyan, R. / Cherezov, V. / Stevens, R.C.
履歴
登録2010年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月23日Group: Database references
改定 1.32012年8月8日Group: Other
改定 1.42017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2 adrenergic receptor, Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1548
ポリマ－55,9581
非ポリマー2,1967
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.711, 76.148, 174.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-2 adrenergic receptor, Lysozyme / BETA-2 ADRENORECEPTOR, BETA-2 ADRENOCEPTOR, LYSIS PROTEIN, MURAMIDASE, ENDOLYSIN / BETA-2 ADRENORECEPTOR / BETA-2 ADRENOCEPTOR / LYSIS PROTEIN / MURAMIDASE / ENDOLYSIN


分子量: 55957.926 Da / 分子数: 1
断片: Chimeric protein of Beta-2 Adrenoreceptor 1-230, Lysozyme 2-161, Beta-2 adrenergic receptor 263-348
変異: E122W, N187E, C1054T, C1097A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR, E / プラスミド: PFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P07550, UniProt: P00720

-
非ポリマー , 6種, 29分子

#2: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#3: 化合物 ChemComp-JRZ / (2S,3S)-1-[(7-methyl-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl)oxy]-3-[(1-methylethyl)amino]butan-2-ol


分子量: 277.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27NO2
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細LIGAND JRZ REFERS TO ICI 118,551

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 9

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 293 K
詳細: 100 mM Tris/HCl pH 7.5-8.0, 200-500 mM Na-formate, 5% 1,4 butanediol, 27-32% PEG 400, Lipidic Cubic Phase (LCP) Crystallization, temperature 293-295K
PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.0332
シンクロトロンAPS 23-ID-D21.0332
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2009年11月19日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2009年12月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→40 Å / Num. all: 13472 / Num. obs: 12177 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.52 % / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.84→2.99 Å / 冗長度: 3.27 % / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique all: 1875 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 72.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2RH1

2rh1


解像度: 2.84→37.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 21.078 / SU ML: 0.409 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.475 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29073 609 5 %RANDOM
Rwork0.22585 ---
obs0.22912 11566 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.899 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.84 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3----4.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→37.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3527 0 149 22 3698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223764
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.141.9795101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87436337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4725438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12323.072153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.02615623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6981522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4231.52182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0471.5889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.823542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.86331582
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4724.51559
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.913 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 33 -
Rwork0.304 630 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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