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- PDB-3ny0: Crystal Structure of UreE from Helicobacter pylori (Ni2+ bound form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ny0
タイトルCrystal Structure of UreE from Helicobacter pylori (Ni2+ bound form)
要素Urease accessory protein ureE
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / urease maturation protein
機能・相同性
機能・相同性情報


urea metabolic process / nickel cation binding / unfolded protein binding / フォールディング / protein-containing complex assembly / 細胞質
類似検索 - 分子機能
UreE urease accessory, N-terminal / Urease accessory protein UreE, C-terminal domain / Urease accessory protein UreE / UreE urease accessory, N-terminal domain superfamily / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE, C-terminal domain / Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain ...UreE urease accessory, N-terminal / Urease accessory protein UreE, C-terminal domain / Urease accessory protein UreE / UreE urease accessory, N-terminal domain superfamily / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE, C-terminal domain / Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Alpha-Beta Plaits / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Urease accessory protein UreE
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Shi, R. / Munger, C. / Assinas, A. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Apo and Metal-Bound Forms of the UreE Protein from Helicobacter pylori: Role of Multiple Metal Binding Sites
著者: Shi, R. / Munger, C. / Asinas, A. / Benoit, S.L. / Miller, E. / Matte, A. / Maier, R.J. / Cygler, M.
履歴
登録2010年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urease accessory protein ureE
B: Urease accessory protein ureE
C: Urease accessory protein ureE
D: Urease accessory protein ureE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7095
ポリマ－77,6504
非ポリマー591
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area31950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.057, 91.057, 202.823
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Urease accessory protein ureE


分子量: 19412.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 43504 / 遺伝子: HP_0070, ureE / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q09064
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 13% PEG 20000, 0.1M MES pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.4849 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4849 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→46.63 Å / Num. obs: 14069 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.226 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.1-3.215.70.2936171.22138.9
3.21-3.346.60.2978361.25352.4
3.34-3.497.20.25511391.30970.8
3.49-3.6880.22615001.23493.3
3.68-3.9110.30.20215971.25799.1
3.91-4.2111.80.15416251.29499.7
4.21-4.6311.90.11216321.35299.7
4.63-5.311.90.09416371.18799.7
5.3-6.6711.70.08416821.18199.8
6.67-5010.80.04918041.04799.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3LA0

3la0


解像度: 3.09→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 51.461 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.591 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 695 4.9 %RANDOM
Rwork0.2453 ---
obs0.2477 14043 85.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.52 Å2 / Biso mean: 93.598 Å2 / Biso min: 23.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.57 Å20 Å20 Å2
2--3.57 Å20 Å2
3----7.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.09→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4773 0 1 0 4774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0571.9776519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.1725592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.29224.189222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.6815946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8671536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8491.52965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62424784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95331882
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6244.51735
LS精密化 シェル解像度: 3.092→3.172 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 15 -
Rwork0.275 414 -
all-429 -
obs--36.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.5265-1.06043.00394.1624-0.2452.53920.12960.2439-0.04270.03610.16180.17470.0681-0.2273-0.29140.1984-0.00490.03580.26360.06160.0887-8.725713.7271-2.7572
23.62750.1387-0.74522.4685-0.44275.0378-0.10170.0506-0.0292-0.13470.0604-0.01530.43620.18010.04140.2450.03870.0170.2003-0.02950.03218.22868.403117.1754
35.5542-0.0533-1.54445.33910.17523.804-0.06990.65930.2619-0.18090.1475-0.36490.04650.5047-0.07750.0967-0.0495-0.02230.4830.0240.048711.414435.9477-0.9606
43.3647-1.61790.49072.2924-0.38084.42030.06020.09230.17410.1261-0.0404-0.1039-0.1021-0.4919-0.01980.2223-0.0132-0.01680.2583-0.00940.0573-4.109335.573120.323
56.22240.272-1.42332.4559-1.95437.19580.0141-0.0626-0.13510.2064-0.0290.57020.4771-0.86080.01490.3753-0.1436-0.00040.1602-0.08080.2531-7.726329.452158.3406
62.580.94091.86122.6438-0.0094.04550.04120.00410.00160.38830.04-0.089-0.5318-0.161-0.08110.354-0.0161-0.05040.23980.00320.07895.971837.6736.6168
74.39130.63052.68021.88393.46126.928-0.4315-1.2863-0.0542-0.0220.7393-0.2446-0.23570.7072-0.30780.46770.0363-0.02410.9080.04190.231213.40867.847555.3389
83.1163-1.0948-0.8933.4216-1.45737.2284-0.0629-0.1929-0.0183-0.12180.14510.23520.36-0.3742-0.08220.2556-0.02040.03610.23740.04980.0507-2.29356.622633.9812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2A78 - 148
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 77
4X-RAY DIFFRACTION4B78 - 154
5X-RAY DIFFRACTION5C2 - 77
6X-RAY DIFFRACTION6C78 - 149
7X-RAY DIFFRACTION7D2 - 77
8X-RAY DIFFRACTION8D78 - 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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