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- PDB-3nxk: Crystal Structure of Probable Cytoplasmic L-asparaginase from Cam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nxk
タイトルCrystal Structure of Probable Cytoplasmic L-asparaginase from Campylobacter jejuni
要素Cytoplasmic L-asparaginase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta-alpha sandwich / cytoplasmic L-asparaginase
機能・相同性
機能・相同性情報


asparagine metabolic process / asparaginase activity
類似検索 - 分子機能
L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. ...L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / L-asparagine amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Probable Cytoplasmic L-asparaginase from Campylobacter jejuni
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic L-asparaginase
B: Cytoplasmic L-asparaginase
C: Cytoplasmic L-asparaginase
D: Cytoplasmic L-asparaginase
E: Cytoplasmic L-asparaginase
F: Cytoplasmic L-asparaginase
G: Cytoplasmic L-asparaginase
H: Cytoplasmic L-asparaginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,57937
ポリマ－287,9418
非ポリマー2,63829
水19,0961060
1
A: Cytoplasmic L-asparaginase
B: Cytoplasmic L-asparaginase
C: Cytoplasmic L-asparaginase
D: Cytoplasmic L-asparaginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,50421
ポリマ－143,9704
非ポリマー1,53317
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18230 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area40630 Å2
手法PISA
2
E: Cytoplasmic L-asparaginase
F: Cytoplasmic L-asparaginase
G: Cytoplasmic L-asparaginase
H: Cytoplasmic L-asparaginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,07516
ポリマ－143,9704
非ポリマー1,10512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16670 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area40820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.321, 127.653, 149.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Cytoplasmic L-asparaginase


分子量: 35992.586 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: ansA, Cj0029 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q0PC96, asparaginase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1060 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 104817 / Num. obs: 104817 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 33.22 Å2 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique all: 5244 / Rsym value: 0.663 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
BALBES位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 1NNS

1nns


解像度: 2.4→36.911 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 5211 4.99 %random
Rwork0.166 ---
all0.169 104427 --
obs0.169 104427 99.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.09 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8912 Å2-0 Å2-0.2648 Å2
2---0.787 Å2-0 Å2
3----0.1042 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.911 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19399 0 152 1060 20611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00819862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11726856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4627226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0723205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043366
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3995-2.48530.30374570.233396131007096
2.4853-2.58480.2925420.2101988810430100
2.5848-2.70240.29185150.2144992910444100
2.7024-2.84480.27485430.2987210415100
2.8448-3.02290.26755440.187991110455100
3.0229-3.25620.26265000.1743995719457100
3.2562-3.58370.2215190.167997710496100
3.5837-4.10160.2015370.1468998510522100
4.1016-5.16540.17485360.1218995710493100
5.1654-36.91550.20115180.15681012710645100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2699-0.11990.18320.6446-0.09730.12650.01680.0393-0.0204-0.20220.03730.1471-0.02270.039-0.03490.09970.0304-0.0570.02560.0330.0258-2.412617.380543.273
20.3505-0.06060.03950.6585-0.18750.05340.04540.0661-0.0173-0.1813-0.04250.03620.0650.0945-0.00040.11850.0383-0.01140.106200.050814.1812-17.767654.1164
30.07940.1313-0.11870.9918-0.01220.2098-0.0018-0.06490.05420.04440.03480.4427-0.0169-0.0106-0.02710.0164-0.00040.01960.07910.00480.2279-7.1147-4.447171.2525
40.3702-0.12140.01280.5156-0.11240.0242-0.0199-0.00410.0201-0.01620.0108-0.06380.0274-0.02330.00670.0628-0.00540.0310.037-0.0210.029724.637616.453357.4623
50.045-0.1191-0.06440.5326-0.09950.47060.00980.00640.0457-0.0006-0.0326-0.1085-0.04360.05990.02150.05970.00490.01270.0830.01670.076-20.0754-38.0159.5116
60.07150.0671-0.02010.2745-0.01510.3373-0.04370.0088-0.01950.1210.0301-0.08420.05010.04270.0030.04970.0467-0.01950.02140.02460.0614-14.7235-73.821329.6054
70.0505-0.0683-0.06260.5864-0.0550.3285-0.059-0.03460.0067-0.0890.0426-0.03420.02560.00760.01490.0284-0.02030.02590.0434-0.01010.0557-20.447-72.2849-0.4421
80.137-0.1575-0.11310.4127-0.04240.2207-0.05230.0164-0.03740.11690.06170.073-0.0163-0.1043-0.00660.06320.00250.02930.0944-0.00620.0296-41.7318-51.357326.504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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